В 1858–1859 гг. Валиханов побывал в Кашгаре, где над ним висела смертельная угроза разоблачения. Истинная цель его поездки сводилась к «изучению наиболее удобных путей сообщения с Кашгаром, а также сбору на месте сведений о стране, имеющей для… [России] важное политическое значение» (АВПРИ. Ф. Отчеты МИД, 1858 г., л. 21706.—218). В ходе миссии, к которой он заранее тщательнейшим образом готовился, изучая материалы, связанные с поездками своих предшественников, Валиханов собрал очень интересные и важные сведения о Кашгаре и прилегавших к нему городах — их политическом и экономическом положении, состоянии местных военных сил, возможностях установления прямых связей с Россией.
В связи с тем что «Положение и Штаты Главного Управления Генерального Штаба» 1863 г. были введены «в виде опыта на два года», то очередная реорганизация высшего военного управления, которая вновь вызвала переименование и соответствующее переподчинение центральных разведывательных органов, пришлась на 1865 г.
31 декабря 1865 г. было «высочайше» утверждено «временное Положение о Главном штабе». «Опыты» над высшим военным управлением продолжались. Главное управление Генерального штаба было объединено с Инспекторским департаментом Военного министерства в «одно управление» — Главный штаб. Военно-топографическая часть ГУГШ «выделялась» в «особое учреждение» — Военно-топографический отдел Главного штаба. Не выполнявший ранее никаких административных функций, Главный штаб Е.И.В. упразднялся. «К кругу действий» Инспекторского департамента принадлежали по организации 1836 г. «укомплектование войск, определение, увольнение и производство генералов, штаб и обер-офицеров, надзор за благосостоянием войск в строевом отношении, и учет людей, военную силу составляющих».
Согласно приказу военного министра от 31 декабря 1865 г., в Главный штаб пошли семь отделений (Приложение № 8). После реорганизации 1865 г. упоминавшееся выше 3-е (Военно-ученое) отделение ГУГШ стало 7-м (Военно-ученым) отделением Главного штаба, на которое была возложена, среди прочих, задача «собирания сведений об иностранных армиях» (Приказы по военному ведомству (далее: ПВВ). СПб., 1865. № 471).
«Для сборников сведений об иностранных армиях, — пояснялось в Положении о 7-м отделении Главного штаба, — …материалами служат:
а) …Сочинения, обнимающие организацию и хозяйство сих армий, а также лучшие заграничные периодические издания;
в) Донесения посланников, сообщаемые Генеральному штабу Министерством иностранных дел;
с) Военные агенты…» (РГВА.Ф. 37967. Оп. 9. Д. 1. Л. 1–8).
Приказом начальника Главного штаба графа Ф.Л. Гейдена от 12 января 1867 г. учреждалась должность Управляющего делами Совещательного комитета и особая канцелярия в составе пяти делопроизводителей. Этим же приказом 7-е (Военно-ученое) отделение было передано в состав Совещательного комитета и сформировало канцелярию Совещательного комитета (Приложение № 9), сформированного для того, чтобы направлять <<ученую деятельность Генерального штаба и корпуса военных топографов по всем отраслям их специальности» (ПВВ. СПб., 1868. №103), Совещательный комитет 30 марта того же года был переименован в Военно-ученый комитет (ВУК) Главного штаба (Приложение № 10).
Впервые комитет с таким названием был образован при военном министерстве в качестве особого учреждения — «Особенные установления», — непосредственно подчиненного военному министру в 1812 г. Цель учреждения комитета заключалась в «усовершенствовании ученой части военного искусства и в распространении военно-научных сведений в войсках». В 1836 г. ВУК подразделяется на три отделения: генерального штаба, артиллерийское и инженерное. В 1862 г. ВУК упраздняется, взамен его в 1863 г. при Главном управлении Генерального штаба был учрежден Совещательный комитет.
Азиатская часть, переименованная в 1867 г. из Азиатского отделения, стала подразделением Главного штаба. Функции Азиатской части определялись следующим образом: «В Азиатской части сосредоточиваются дела, касающиеся военных округов: Кавказского, обоих Сибирских, Оренбургского и Туркестанско-го, а именно: I) по составлению предположений о занятиях и действиях войск 6 означенных краях империи и составление из военных журналов известий для обнародования; 2) по устройству там военно-народных управлений, а также укреплений и путей сообщения; 3) по снаряжению туда военно-ученых и других экспедиций» (Приказ военного министра № 103 от 30 марта 1867 г. // Сборник приказов по военному ведомству за 1867 год. СПб., 1868). Ее штат был сокращен до двух сотрудников — «заведующего азиатскими делами» и его помощника, за счет перераспределения части прежних обязанностей Азиатского отделения между другими подразделениями Главного штаба. Подобная «новация», безусловно, не могла не оказать отрицательного влияния на качество отслеживания состояния «восточных» дел военным министерством. Прежде всего это относилось к проблеме присоединения Средней Азии к России. Именно военные круги в этот период претендовали на важную роль в планировании среднеазиатской политики российского правительства. При этом на фоне умаления места азиатской части наиболее дальновидные военные, а именно к таким принадлежал военный министр Д.А. Милютин (1681–1881 г.), отдавали себе отчет в том, что для борьбы за присоединение Средней Азии необходимо всестороннее научное изучение этого края. Без точного представления о географии и природных ресурсах Туркестана, о быте и обычаях среднеазиатского населения, наконец, об истории этих народов невозможно успешное решение политических задач. В письме к туркестанскому генерал-губернатору К.П. Кауфману от 5 июня 1870 г. Д.А. Милютин писал: «Малая известность этого края, разнообразие богатств природы, начинающееся развитие промышленности, быт среднеазиатского населения, в среду которого мы впервые проникли так далеко и т. д., — все это представляет богатый и интересный материал для исследований».
Разведывательные функции Азиатской части были ограничены статистическим изучением вновь присоединенных территорий в Средней Азии и на Кавказе. Задачи же «составления военно-статистических сведений» об азиатских странах должны были решаться, насколько это было возможно, в Канцелярии ВУКа.
Образование Туркестанского генерал-губернаторства благодаря К.П. Кауфману вызвало в крае оживленную деятельность по исследованию края. Главной целью работ было изучение края в географическом, естественно-историческом и статистическом отношениях, но были также приняты меры для изучения и его прошлого. Наделенный правом осуществления самостоятельных внешних сношений со странами, граничившими с Туркестанским генерал-губернаторством, генерал-лейтенант Кауфман организовывал военно-научные экспедиции для изучения сопредельных территорий.
Как и в некоторых районах Кавказа, в Туркестанском генерал-губернаторстве было введено так называемое военно-народное управление. Согласно этой системе, вся полнота власти была сосредоточена в руках генерал-губернатора, одновременно командующего войсками военного округа, подчинявшегося непосредственно во״ енному министру. На все основные административные посты также назначались офицеры, а «народность» состояла лишь в том, что на низшие административные должности допускались избираемые местным населением лица с последующим утверждением кандидатур военными властями. Таким образом, вся жизнь Туркестанского края, в том числе и научная деятельность, направлялась военным ведомством. Примером могут служить экспедиции известного путешественника А.П. Федченко в 1868–1871 гг.
