Начало декабря: создан Особый отдел ВЧК Южного фронта.
В декабре в партийных большевистских кругах и прессе активно дебатируется вопрос о необходимости существования ВЧК как самостоятельной государственной структуры.
8 декабря: на основании Приказа Реввоенсовета Республики от 7 октября 1918 года в Москве открыта Академия Генерального штаба РККА.
13 декабря: Реввоенсоветом Республики приняты Общее положение о фронтовых особых отделах и Общее положение об армейских особых отделах.
18 декабря: видный чекист М.И. Лацис в газете «Известия ВЦИК» опубликовал статью «Трудноизлечимая язва», где резко раскритиковал систему военного контроля.
19 декабря: на заседании Бюро ЦК РКП(б) принято Постановление об объединении деятельности ВЧК и Военного контроля. При этом вопрос о ведомственной принадлежности объединенного органа военной контрразведки решен не был. На пост руководителя Военного контроля рекомендован М.С. Кедров.
29 декабря: сотрудник Регистрационного (Разведывательного) управления Реввоенсовета Г.И. Теодори подал рапорт на имя члена Реввоенсовета С.И. Аралова (в копиях на имя председателя ВЦИК Я.М. Свердлова и наркома по военным делам Л.Д. Троцкого), где выступил против передачи контрразведывательных функций в армии в ведение ВЧК и аргументировал необходимость подчинить военную контрразведку Реввоенсовету.
К концу года на территории, контролируемой советской властью, действовало 40 губернских и 365 уездных ЧК.
В Петрограде издана книга В.К. Агафонова «Заграничная охранка».
1919 год
4 января: М.С. Кедров направил во все органы Военного контроля, а также губернские, фронтовые и армейские ЧК Приказ № 1 по Особому отделу Республики, в котором предлагал на основе совместного постановления Реввоенсовета Республики и ВЧК немедленно приступить к слиянию подразделений Военного контроля и армейских ЧК на местах путем образования особых отделов. Центральный орган военной контрразведки именовался Особым отделом Республики.
8 января: член Бюро ЦК РКП(б), член Президиума ВЦИК Л.Б. Каменев направил на имя В.И. Ленина проект резолюции о немедленной ликвидации ВЧК и всех ее органов.
20 января: зампредседателя ВЧК Я.Х. Петерс представил на имя В.И. Ленина проект резолюции, предусматривающий сохранение ВЧК и наделения ее функциями центрального органа для особых отделов.
24 января: декретом ВЦИК упразднены уездные ЧК.
24 января: в Инструкции Особого отдела ВЧК определены задачи особых отделов — обнаружение, обследование и пресечение деятельности контрреволюционных и шпионских организаций в РККА.
Январь: Особым отделом ВЧК по подозрению в шпионаже арестована машинистка Полевого штаба РККА В. Троицкая. Впоследствии расстреляна.
29 января: Президиум ВЧК принял решение об образовании постоянно действующих курсов по подготовке чекистов.
Февраль: ЦК РКП(б) направил коммунистам — работникам чрезвычайных комиссий специальное обращение, где было указано, что «ЧК созданы, существуют и работают лишь как прямые органы партии, по ее директивам и под ее контролем».
3 февраля: Президиум ВЧК утвердил проект Положения об особых отделах при ВЧК и направил его для утверждения во ВЦИК.
6 февраля: Президиум ВЦИК принял Постановление, в котором утвердил Положение об особых отделах при ВЧК.
9 февраля: Особым отделом ВЧК арестован сотрудник комиссии по исследованию и изучению опыта войны при Всероссийском главном штабе, генерал-лейтенант, выпускник Николаевской академии Генерального штаба В.И. Селивачев. В ответ сотрудник Регистрационного управления Реввоенсовета Г.И. Теодори — выпускник Академии Генерального штаба 1917 года — организовал среди выпускников Академии Генштаба сбор подписей под коллективным ходатайством в Особый отдел ВЧК об освобождении В.И. Селивачева.
19 февраля: М.С. Кедров направил на места телеграмму с указанием сообщить о дате слияния органов Военного контроля и армейских ЧК и дате начала функционирования особых отделов.
16 марта: скончался председатель ВЦИК Я.М. Свердлов.
22 марта: по личному распоряжению начальника Особого отдела ВЧК М.С. Кедрова по «подозрению в пособничестве шпионажу» арестован сотрудник Регистрационного управления Реввоенсовета Г.И. Теодори — противник передачи функций военной контрразведки в ВЧК.
Март: Постановлением ЦК РКП(б) и Совнаркома в состав Коллегии ВЧК введен М.С. Кедров.
24 марта: 36 выпускников Академии Генерального штаба выпуска 1917 года направили на имя предсовнаркома В.И. Ленина телеграмму с просьбой о рассмотрении дела Г.И. Теодори.
17 апреля: тридцать шесть выпускников Академии Генерального штаба выпуска 1917 года повторно направили на имя предсовнаркома В.И. Ленина телеграмму с просьбой о рассмотрении дела Г.И. Теодори.
13 мая: В.И. Ленин подписал Положение Совета обороны «О подчинении особых отделов фронтов и армий», где указывалось, что «Особый отдел фронта или армии непосредственно подчиняется одному из членов реввоенсовета по назначению последнего. Особому отделу ВЧК принадлежат общее руководство работой особых отделов фронтов и армий и контроль над их деятельностью».
31 мая: председателем Совета рабочей и крестьянской обороны В.И. Лениным и наркомом внутренних дел Ф.Э. Дзержинским подписано воззвание «Берегитесь шпионов».
1–3 июня: состоялась Третья Всероссийская конференция чрезвычайных комиссий.
8 июня: Ленин в записке зампредседателю Реввоенсовета Э.М. Склянскому указал: «Надо усилить взятие заложников с буржуазии и с семей офицеров — ввиду учащения измен. Сговоритесь с Дзержинским».
12 июня: на сторону белых войск перешли 1-й Кронштадтский, 2-й Кронштадтский и 105-й полки советской группировки войск, оборонявшей Петроград. Начался вооруженный мятеж на форте «Красная Горка» и артиллерийской батарее «Серая лошадь», расположенных на берегу Финского залива. Восставших поддержал экипаж тральщика «Китобой». Мятежники обратились с просьбой о помощи к финскому военному командованию и эскадре английского ВМФ, находившейся в Балтийском море.
16 июня: вооруженный мятеж на форте «Красная Горка» и батарее «Серая Лошадь» подавлен.
8 июля: по подозрению в измене и участии в военном заговоре арестован Главнокомандующий всеми Вооруженными Силами РСФСР полковник царской армии, выпускник Академии Генштаба 1909 года И.И. Вацетис.
18 августа: на заседании Организационного бюро ЦК РКП(б) председателем Особого отдела назначен председатель ВЧК Ф.Э. Дзержинский.
Сентябрь: ВЧК в Москве ликвидирована контрреволюционная военная организация «Штаб Добровольческой армии Московского района», состоявшая из бывших офицеров и генералов.
