28 ноября арестован начальник 4-го (Особого) отдела ГУГБ НКВД СССР Н.Н. Федоров.
Декабрь: по решению Политбюро ЦК ВКП(б) направлены на работу в органы НКВД более 1500 партийных и советских работников, военнослужащих командного и политического состава РККА, передовых производственников.
«За принадлежность к контрреволюционной организации» к восьми годам заключения в исправительно-трудовом лагере (ИТЛ) осужден видный теоретик советских спецслужб, автор фундаментального труда «Шпионаж» С.С. Турло.
За год по материалам НКВД арестованы 638 509 человек, осуждены — 554 258, приговорены к высшей мере наказания — 328 618.
1939 год
7 января: нарком внутренних дел Л.П. Берия представил на имя И.В. Сталина проект Положения об особом техническом бюро при народном комиссаре внутренних дел, в котором в целях использования заключенных, имеющих специальные технические знания и опыт, предлагалось организовать конструирование и производство новых средств вооружения армии и флота.
10 января: секретарям обкомов, крайкомов партии и руководству НКВД-УНКВД направлена шифротелеграмма за подписью Сталина, где говорилось: «ЦК ВКП разъясняет, что применение физического воздействия в практике НКВД было допущено с 1937 года с разрешения ЦК ВКП… Опыт показал, что такая установка дала свои результаты, намного ускорив дело разоблачения врагов народа… Нисколько не опорочивается сам метод, поскольку он правильно применяется на практике… ЦК ВКП считает, что метод физического воздействия должен обязательно применяться и впредь…».
11 января: принято Постановление Политбюро ЦК ВКП(б) «О работе особых отделов НКВД». Постановлением подтвержден особый статус органов военной контрразведки, выполняющих «специальные задачи по борьбе с контрреволюцией, шпионажем, диверсией, вредительством и всякого рода антисоветскими проявлениями» в армии, на флоте, в пограничных и внутренних войсках.
13 января: подписан совместный Приказ НКО и НКВД СССР «О работе особых отделов НКВД СССР».
15 марта: Германия захватила Чехию.
10 апреля: по обвинению в руководстве антисоветским заговором в органах и войсках НКВД, измене Родине, шпионаже, подготовке вооруженного восстания и террористических актов в целях захвата власти, подрывной работе в партийном и советском аппарате, вредительстве, убийствах и мужеложстве арестован бывший нарком внутренних дел в 1936–1938 годах Н.И. Ежов. Осужден, расстрелян, в реабилитации отказано.
Апрель: арестован бывший руководитель Особого отдела ВЧК в 1919 году М.С. Кедров. По личному распоряжению Берии, согласованному с прокурором СССР В. Бочковым, Кедров расстрелян без суда 1 ноября 1941 года. Реабилитирован 4 августа 1954 года.
11 мая: по приговору Военной коллегии Верховного Суда СССР во внутренней тюрьме НКВД расстрелян председатель Русского Обще-Воинского союза генерал Е.К. Миллер.
Начались боестолкновения на маньчжуро-монгольской границе в районе реки Халхин-Гол.
17 июня: подписан Приказ НКВД СССР «О порядке вызова военнослужащих в органы НКВД», где предлагалось вызовы военнослужащих в органы НКВД производить только с ведома и согласия комиссара части.
23 августа: в Москве заключен Договор о ненападении между СССР и Германией (пакт Молотова — Риббентропа). Согласно дополнительному секретному протоколу к Договору, Западная Украина и Западная Белоруссия отходили к советской сфере влияния.
1 сентября: Германия напала на Польшу. Началась Вторая мировая война.
16 сентября: завершены боевые действия советских и монгольских войск против японской армии в районе реки Халхин-Гол.
17 сентября: на территорию Западной Украины и Западной Белоруссии введены войска Красной Армии.
28 сентября: в Москве между СССР и Германией заключен Договор о дружбе и границе с приложением одного конфиденциального и двух секретных протоколов.
5 октября: территория Польши, за исключением ее восточных областей, занятых Красной Армией, полностью оккупирована германским войсками.
8–12 октября: изданы декреты Гитлера о ликвидации Польского государства.
Отделом Абвер-2 сформирована рота специального назначения, позднее преобразованная в диверсионно-террористический батальон, с дислокацией в Бранденбурге.
9 ноября: издан приказ НКВД СССР о недостатках в следственной работе органов НКВД.
28 ноября: СССР денонсировал Договор 1932 года с Финляндией о ненападении.
30 ноября: после мощной артподготовки советские войска перешли границу с Финляндией.
12 декабря: советские войска вышли к переднему краю главной полосы «линии Маннергейма».
В конце года обострились отношения между сотрудниками следственных органов НКВД и прокуратуры. Прокуроры в массовом порядке освобождали арестованных НКВД лиц за недостаточностью улик, переквалифицировали дела о контрреволюционных преступлениях на общеуголовные.
В «Воениздате» вышли в свет мемуары бывшего руководителя австрийских спецслужб в годы Первой мировой войны М. Ронге «Разведка и контрразведка».
За год по материалам НКВД осуждены 63 889 человек, приговорены к высшей мере наказания — 2552.
1940 год
24 января: издан совместный Приказ НКО и НКВД СССР «О мероприятиях по борьбе с дезертирством».
3 февраля: Военной коллегией Верховного Суда СССР приговорен к расстрелу бывший руководитель военной контрразведки НКВД в мае — ноябре 1938 года Н.Н. Федоров. Не реабилитирован.
4 февраля: Военной коллегией Верховного Суда СССР приговорен к расстрелу бывший руководитель военной контрразведки НКВД в 1937–1938 годах Н.Г. Николаев-Журид. Не реабилитирован.
11 февраля: Красная Армия начала штурм боевых укреплений финской армии на Карельском перешейке.
3 марта: «за изменнические действия, повлекшие тяжелые последствия во время военных действий с финской белогвардейщиной» органами военной контрразведки НКВД арестованы командир 18-й стрелковой дивизии Г.Ф. Кондрашев и помощник начальника штаба артиллерии дивизии Б.Б. Новиченков.
12 марта: в Москве подписан Договор о прекращении боевых действий между СССР и Финляндией.
По итогам советско-финской войны 1939–1940 годов безвозвратные потери Красной Армии и Флота составили около 130 000 человек; финская армия потеряла 48 243 человека.
18 апреля: к награждению орденами и медалями СССР представлены 757 сотрудников НКВД.
Весна: по инициативе Абвера на базе батальона создан диверсионно-террористический полк «Бранденбург-800».
28 июня: войска Красной Армии вступили на территорию Бессарабии и Северной Буковины.