8 июля: в целях пресечения деятельности германской разведки по организации восстаний, диверсионных и террористических актов на Кавказе и в Туркмении издана директива НКВД и НКГБ СССР «О мероприятиях по предотвращению переброски с территории Ирана агентуры германской разведки».
10 июля — 10 сентября: Смоленское сражение, в ходе которого сорван план безостановочного наступления немецких войск на Москву. Потери Красной Армии — 759,9 тысячи человек, потери противника — 250 тысяч человек.
10 июля: издана директива 3-го Управления НКО СССР «Об усилении агентурно-оперативной работы по обслуживанию аэродромов».
13 июля: в соответствии с Постановлением Государственного комитета обороны в системе военной контрразведки армии и флота созданы подразделения военной цензуры.
17 июля: постановлением Государственного Комитета Обороны органы 3-го Управления РККА преобразованы в Особые отделы с подчинением их НКВД СССР.
17 июля: начальник 3-го Управления НКО СССР комиссар госбезопасности 3-го ранга А.Н. Михеев назначен начальником Особого отдела НКВД Юго-Западного фронта.
17 июля: издан оперативный приказ начальника Главного управления имперской безопасности Германии Гейдриха об отношении к советским военнопленным. Основное содержание Приказа: фильтрация; выявление неблагонадежных элементов и лиц, представляющих оперативный интерес; вербовка осведомителей; использование национальных групп; карательные меры.
19 июля: начальником Управления особых отделов НКВД СССР назначен заместитель наркома внутренних дел комиссар госбезопасности 3-го ранга В.С. Абакумов.
20 июля: Постановлением Политбюро ЦК ВКП(б) НКВД и НКГБ объединены в единый Наркомат внутренних дел.
22 июля: Военной коллегией Верховного Суда СССР к смертной казни с конфискацией имущества и лишением воинского звания приговорены генералы из числа командования Западным фронтом: командующий фронтом Д.Г. Павлов, начштаба В.Е. Климовских, начальник связи А.Т. Григорьев, начальник артиллерии Н.А. Клич, замначальника ВВС А.И. Таюрский, командующий 4-й армией А.И. Коробков, командир 14-го мехкорпуса С.И. Оборин. Отмечено, что подсудимые в период боевых действий проявили трусость, бездействие власти, нераспорядительность, допустили развал управления войсками, сдачу оружия противнику без боя и самовольное оставление боевых позиций. Все осужденные реабилитированы 31 июля 1957 года.
26 июля: при Высшей школе НКВД начали функционировать курсы по подготовке сотрудников особых отделов численностью 2850 человек.
28 июля: издана директива Управления особых отделов НКВД СССР «Об усилении работы заградительных отрядов по выявлению и разоблачению агентуры противника, перебрасываемой через линию фронта». Директивой предписывалось, что все без исключения опросы задержанных заградотрядами и выявленных в частях подозрительных лиц должны проводиться только оперативным составом особых отделов.
30 июля: в утвержденной ЦК ВКП(б) и СНК СССР в новой структуре НКВД создано Управление особых отделов.
4 августа: на совещании с генералитетом Гитлер признал ошибочность разведывательных оценок военного потенциала СССР накануне принятия решения о начале войны.
4 августа: издан приказ Главного управления имперской безопасности Германии о реорганизации разведывательной и контрразведывательной службы на военный период.
11 августа: принято Постановление Государственного комитета обороны «О порядке ареста военнослужащих».
16 августа: издан Приказ Ставки ВГК № 270 «О случаях трусости и сдачи в плен и мерах по пресечению таких действий».
25 августа: согласно директиве Ставки Верховного главнокомандования пограничники Бахарденского, Каахкинского, Серахского, Каракалинского пограничных отрядов Туркменского пограничного округа НКВД и Ленкораньского, Пришибского, Нахичеваньского пограничных отрядов Азербайджанского пограничного округа НКВД скрытно перешли границу и уничтожили на территории Ирана 126 пограничных постов, 16 гарнизонов и 13 жандармских управлений.
Войска Закавказского фронта и Среднеазиатского военного округа введены на территорию Ирана. Одновременно в Иран введена группировка британских войск.
29–30 августа: иранская армия капитулировала перед британскими и советскими войсками.
30 августа: издана директива НКВД СССР начальникам особых отделов фронтов и армий об усилении мероприятий по предотвращению измены Родине в частях Красной Армии. Приказано усилить агентурную работу среди военнослужащих, семьи которых находятся на занятой врагом территории; взять под наблюдение лиц, интересующихся фашистскими листовками; обеспечить сбор и уничтожение сбрасываемых фашистами листовок.
Управлением особых отделов НКВД в подчиненные органы направлена ориентировка о переброске через линию фронта агентуры немецкой разведки для проведения шпионской и диверсионной работы в тылу Красной Армии.
Конец августа: более 1,5 миллиона советских военнослужащих оказались во вражеском плену.
4 сентября: УНКВД по Смоленской области сообщило в органы военной контрразведки об использовании немецкой разведкой в сборе данных о Красной Армии детей и подростков от 11 до 16 лет.
12 сентября: подписана директива Ставки ВГК «О создании заградительных отрядов в стрелковых дивизиях». Заградотряд подчинялся непосредственно командиру дивизии.
13 сентября: в органы военной контрразведки направлена директива НКВД СССР об улучшении взаимодействия в агентурно-оперативной работе особых отделов и местных территориальных органов госбезопасности.
21 сентября: в бою героически погиб начальник Особого отдела НКВД Юго-Западного фронта комиссар госбезопасности 3-го ранга А.Н. Михеев.
30 сентября — 5 декабря: оборонительный этап битвы за Москву. Остановлено продвижение группы армий «Центр». Проведена массовая эвакуация промышленных предприятий, органов власти и военного управления, золотого запаса страны, населения.
Осень: Абвером сформирован спецбатальон «Бергман» численностью 1500 человек с задачей ведения подрывной деятельности на Кавказе.
8 октября: в органы военной контрразведки направлена директива НКВД о мероприятиях по устранению недостатков в работе шифровальных органов, сохранности шифров и предотвращению разглашения военной тайны.
Согласно докладу замначальника Управления особых отделов НКВД СССР С.Р. Мильштейна наркому внутренних дел Берии, с начала войны по 10 октября 1941 года оперативными заслонами особых отделов задержаны 249 878 человек. Особыми отделами арестованы 25 878 человек, из них 1505 шпионов, 308 диверсантов, 2621 изменников. По постановлениям особых отделов и приговорам военных трибуналов расстреляны 10 201 человек.
12 октября: Главным командованием сухопутных сил Германии издана директива № 1571/41 группе армий «Центр» о порядке захвата Москвы и обращении с ее населением. Изложена тактика действий при захвате Москвы. Согласно директиве, предусматривалось полное блокирование Москвы с последующим массированным применением артиллерии и авиации, при том что «ни один немецкий солдат не должен вступать в эти города (имелся в виду еще и Ленинград. — Авт.)».