Спустя всего лишь сутки после отказа занять пост Главковерха, 29 августа 1917 года, Временным правительством Клембовский отстранен от должности главнокомандующего армиями Северного фронта и назначен членом Военного Совета, то есть реально и, как оказалось, НАВСЕГДА выведен из сферы высших должностных лиц российской армии, из сферы непосредственного ВЛИЯНИЯ на армию.
Очевидно, устав перебирать доставшуюся от царя в наследство затертую генеральскую колоду и предполагая вероятный эксцесс исполнителя от очередного неуправляемого кандидата на должность Верховного, еще через сутки, 30 августа, — Верховным главнокомандующим стал сам министр-председатель Временного правительства А.Ф. Керенский.
После октябрьского 1917 года эсеро-большевистского переворота весной и летом 1918-го В.Н. Клембовский находился в тюрьме в качестве заложника советской власти. Затем был освобожден и мобилизован на службу в РККА, однако непосредственно в Гражданской войне не участвовал, занимаясь научной работой. Проживал в непривычных для царского генерала стесненных условиях в московской коммунальной квартире недалеко от Гранатного переулка. С августа по октябрь 1918 года был председателем Военно-исторической комиссии по изучению опыта мировой войны, а затем просто ее рядовым членом. В 1920 году вошел в состав Особого совещания при Главкоме РККА, чему предшествовали следующие обстоятельства.
1 мая 1920 года, вскоре после начала Польской кампании, все еще легендарный генерал Брусилов, ранее всячески избегавший какого-либо сотрудничества с большевиками, прислал своему бывшему подчиненному по Юго-Западному фронту, а во время описываемых событий — начальнику Всероглавштаба Н.И. Раттэлю (по удивительному совпадению еще и соседу Клембовского по коммунальной квартире) письмо, в котором поделился некоторыми взглядами на военный конфликт с Польшей. Со своими мыслями Брусилов ознакомил и ближайшего сподвижника по Брусиловскому прорыву, коллегу по работе в Военно-исторической комиссии Клембовского. Вероятно, Клембовским соображения А.А. Брусилова были истолкованы как желание оказать посильную помощь РККА и в таком свете были устно донесены до Н.И. Раттэля. Исполнительный начальник Всероглавштаба сообщил о письме А.А. Брусилова руководителю Реввоенсовета Республики Л.Д. Троцкому, который мгновенно оценил, какие солидные дивиденды принесет появление такой авторитетной в офицерской среде фигуры, как Брусилова, в раздираемом противоречиями и конфликтами стане командиров и штабистов Красной Армии.
Безотлагательно, уже 2 мая, издан Приказ о создании во главе с Брусиловым Особого совещания при главнокомандующем РККА. В состав Особого совещания, кроме назначенного председателем А.А. Брусилова, вошли: бывшие царские военные министры А.А. Поливанов и А.И. Верховский, главнокомандующие армиями фронтов в годы войны П.С. Балуев, А.Е. Гутор, В.Н. Клембовский, командующие армиями Н.А. Данилов, А.А. Цуриков, Д.П. Парский, а также А.М. Зайончковский — военный историк, бывший командир корпуса, и М.В. Акимов — помощник главного интенданта армии. Без контроля царский генералитет никто оставлять не собирался, поэтому от советской власти в Особое совещание были делегированы А.Н. Александров, К.Х. Данишевский, Л.П. Серебряков, И.И. Скворцов-Степанов.
Особое совещание на правах вспомогательно-консультативного органа находилось в непосредственном подчинении главкома РККА С.С. Каменева.
Главный результат Особого совещания был достигнут на поприще не военном, как многими ожидалось, а на сугубо пропагандистско-политическом.
23 мая 1920 года в газете «Правда» опубликовано воззвание «Ко всем бывшим офицерам, где бы они ни находились», подписанное всеми членами Особого совещания:
«В этот критический исторический момент нашей народной жизни мы, ваши старшие боевые товарищи, обращаемся к вашим чувствам любви и преданности родине и взываем к вам с настоятельной просьбой забыть все обиды, кто бы и где бы их вам ни нанес, и добровольно идти с полным самоотвержением и охотой в Красную Армию, на фронт или в тыл, куда бы правительство Советской Рабоче-Крестьянской России вас ни назначило, и служить там не за страх, а за совесть, дабы своей честной службой, не жалея жизни, отстоять во что бы то ни стало дорогую нам Россию и не допустить ее расхищения, ибо в противном случае она безвозвратно может пропасть, и тогда наши потомки будут нас справедливо проклинать и правильно обвинять за то, что мы из-за эгоистических чувств классовой борьбы не использовали своих боевых знаний и опыта, забыли свой родной русский народ и загубили свою матушку-Россию».
Надо отдать должное глубинному политическому предвидению Троцкого — воззвание вызвало не только ШОК среди противников и сторонников большевиков. Оно окончательно РАСКОЛОЛО российское офицерство на красных и на белых, на ВЕРНЫХ присяге ненарушимой и на других…
Иллюзии востребованности новой властью мощнейшего совокупного военного интеллекта «бывших» развеялись скоро, причем декоративность Особого совещания стала понятна после опубликования воззвания и большинству его участников. Брусилов впоследствии вообще оценил его как «шитую белыми нитками» инсценировку: «Делать дела они нам не давали, не веря нам». В сентябре 1920 года совещание распустили. Все предельно прагматично: структура создавалась под конкретную задачу — задача выполнена — структура упразднена за ненадобностью. Генералов цинично использовали, а затем вежливо распустили по домам.
Знал ли всесильный создатель Красной Армии и председатель Реввоенсовета Троцкий о Клембовском только как о формальном «подписанте» исторического воззвания, одном из безмолвных актеров-статистов гениально срежиссированной им инсценировки с воззванием? Или видел в его личности реальную дальнейшую перспективу?
Очевидно, не только знал, ибо проявлял внимание и посильную заботу.
В 1920 году Клембовский некоторое время находился в распоряжении командующего Кавказским фронтом. Архивы сохранили документ, свидетельствующий о том, что в июне 1920 года через Полевой штаб РВСР Л.Д. Троцкий потребовал от командующего армиями Кавказского фронта В.М. Гиттиса «вполне обеспечить В.Н. Клембовского как квартирой, так и прочими видами довольствия, дабы он не чувствовал в этом недостатка».
Несмотря на лояльность и готовность к сотрудничеству, демонстрируемую значительной частью царского генералитета, и весомые перспективы для качественного улучшения военной интеллектуальной составляющей РЕЖИМА, общее недоверие большевистской партии, ЧК и военной контрразведки к так называемым военспецам превалировало над здравым смыслом и необходимостью использовать уникальных носителей военной мысли для обороны государства. Это в полной мере отразилось на судьбе семьи Клембовского.
В декабре 1920 года его старший брат генерал-майор Артур-Оскар Клембовский был расстрелян ЧК в Ялте, где проживал после ранения на германском фронте. В связи с арестом Артура Клембовского в Ялтинскую ЧК поступило коллективное прошение жителей окрестных улиц с просьбой освободить его из-под ареста. Безрезультатно…
Младший брат — полковник лейб-гвардии Измайловского полка Наполеон Наполеонович Клембовский под угрозой репрессий вынужден был покинуть родину.