С началом войны возникла насущная необходимость перестройки системы управления и обеспечения армии применительно к условиям военного времени.
В связи с Русско-японской войной действительно наблюдается ряд дополнений к структуре Военного министерства, однако перестройки как таковой не было. Изменения имели эпизодический характер, проводились довольно вяло и не поспевали за ходом событий.
31 января 1904 г. Николай II утвердил общий план железнодорожных перевозок на Дальний Восток
. Для объединения всей работы железных дорог в условиях войны появилась необходимость тесной связи между управлением военных сообщений Главного штаба и управлением железных дорог Министерства путей сообщения. С этой целью 10 февраля 1904 г. при Управлении военных сообщений была образована особая комиссия во главе с генерал-лейтенантом Н.Н. Левашевым — начальником управления
.
В состав комиссии входили сотрудники управления и представители Министерства путей сообщения. Решения комиссии, не вызывающие разногласий обоих ведомств, подлежали немедленному исполнению. Те вопросы, по которым члены комиссии не могли договориться, разрешались по соглашению министров. Иногда, при рассмотрении особо важных вопросов, на заседания приглашались представители Министерства финансов, Морского министерства и Государственного контроля. Приказом № 17 по военному ведомству за 1904 г. комиссии было присвоено наименование «Исполнительного комитета по управлению железнодорожными перевозками». В это же время при Главном штабе была образована эвакуационная комиссия, на которую возлагалось руководство эвакуацией больных и раненых с Дальнего Востока
[19].
5 марта 1904 г. при Главном штабе создается Особый отдел, на который возлагалась обязанность сбора сведений об убитых, раненых и пропавших без вести. Сведения об офицерах и генералах публиковались в газете «Русский инвалид». Сведения о нижних чинах направлялись губернаторам для оповещения семей
. На этом перестройка аппарата приостановилась на довольно длительный срок. Следующее нововведение относится к 26 июля и не связано напрямую с событиями Русско-японской войны. В этот день император распорядился учредить Главный крепостной комитет, в функции которого входило всестороннее обсуждение вопросов, касающихся вооружения и снабжения крепостей и осадной артиллерии, а также согласование этих вопросов с соответствующими главками Военного министерства (артиллерийским, инженерным, медицинским и интендантским). В состав комитета вошли представители главных управлений, заинтересованных в крепостном деле
. Работать комитет начал только через 4 месяца. Первое заседание состоялось 30 ноября 1904 г., незадолго до сдачи Порт-Артура
[20].
Осенью 1904 г. начала наконец работу созданная еще в 1898 г. комиссия по пересмотру «Наставления для мобилизации инженерных войск». Председателем комиссии стал генерал от инфантерии М.Г. фон Мевес
.
За неделю до начала боев под Мукденом, 29 января 1905 г., заведующий химической лабораторией Николаевской инженерной академии и училища статский советник Горбов передал начальнику Главного инженерного управления великому князю Петру Николаевичу записку со статистическими данными, характеризующими зависимость некоторых отраслей нашей промышленности от рынков Западной Европы. Автор записки высказал справедливую мысль, что государственная оборона России может оказаться в затруднительном положении в случае осложнений с западными государствами. Великий князь полностью с ним согласился, после чего довел записку до сведения военного министра и начальников других главков
. Военный министр признал необходимым рассмотреть поднятую проблему в особой комиссии, состоящей из представителей заинтересованных главных управлений (артиллерийского, инженерного, интендантского и военно-медицинского) с участием представителя Министерства финансов
.
Прошло почти полгода. До конца войны оставалось меньше двух месяцев, когда 22 июня 1905 г. комиссия, наконец, была образована и начала работу. Ее председателем был назначен генерал-лейтенант П. 3. Костырко
. Удивляет та медлительность, с которой проводились перестройки в аппарате Военного министерства, даже непосредственно связанные с ведением боевых действий. Так, только под конец войны, 1 апреля 1905 г., была учреждена инспекция для осмотра оружия в войсках Маньчжурских армий, на которую возлагалась функция наблюдения за сохранностью оружия в армии во время военных действий
.
Уже с начала войны стало ясно, что развитие вооруженных сил России значительно опередило организацию военного управления, которая не отвечала современным условиям, требовала упорядочения и значительного изменения. Когда в 1865 г. путем соединения двух департаментов — Генерального штаба и инспекторского, — был создан Главный штаб, это не вызвало никаких затруднений, давая одновременно экономию в финансах и облегчая согласование распоряжений по строевой и инспекторской частям
.
Однако со временем функции Главного штаба значительно расширились. Введение всеобщей воинской повинности, мобилизационной системы и создание для этой цели различных разрядов запасных; использование для военных перевозок постоянно расширяющейся сети железных дорог; все это при резком увеличении численности армии крайне усложнило работу Главного штаба и заставило довести его состав до таких размеров (по данным на 1905 г. — 27 отделений и 2 канцелярии), что управлять им стало довольно сложно, тем более что начальнику Главного штаба, помимо выполнения своих прямых обязанностей, приходилось постоянно заседать в высших государственных органах, где он заменял военного министра, а также исполнять обязанности последнего во время его болезни или отсутствия. Больше всего от этого страдала служба Генерального штаба. Начальник Главного штаба числился одновременно и начальником Генерального штаба, но фактически не имел возможности выполнять эту обязанность.
Война сразу обнажила все недостатки системы управления армией, и в военном ведомстве началось обсуждение назревшей реформы. Военному министру подавались различные проекты, общая суть которых сводилась к следующему: разделить центральное управление материальной частью и личным составом
.
