21 декабря «Д-3» перешла на мурманский завод НК РП, где начала давно заслуженный текущий ремонт. По существовавшим положениям он заключался во вскрытии, разборке и очистке вспомогательных механизмов, осмотре деталей, определении их износа, замене уплотнителей и прокладок, настройке и регулировке механизмов в работе, а также замене изношенных деталей и осмотре подводной части. Реальный объем выполненных работ для мелкого завода с устаревшим станочным парком был поистине уникален. Рабочие заменили 18 квадратных метров обшивки, опрессовали 12 цистерн, прочеканили 140 м швов, полностью перебрали механизмы носовых и кормовых горизонтальных рулей, вертикального руля, отремонтировали все кингстоны, а также массу других приборов и механизмов. Корабль вступил в строй 6 февраля 1942 года. Наиболее ярким событием, пришедшимся на данный период, стало награждение «Красногвардейца» орденом Красного Знамени, о чем было объявлено 17 января. В тот же день вышел указ о присвоении И.А. Колышкину звания Героя.
За то время пока «Д-3» находилась в ремонте, на северном морском театре произошли важные изменения. Во-первых, наладилось движение союзных конвоев с ленд-лизовскими грузами. Как известно, первые иностранные суда прибыли в Мурманск и Архангельск в августе 1941-го, но лишь с января 1942-го противник приступил к нарушению этой коммуникации, сначала подводными лодками, но затем также силами надводных кораблей и авиации. Во-вторых, обеспокоенное активными действиями советских подводных лодок, германское командование предприняло ряд мер по усилению защиты коммуникаций. На театр были переброшены дополнительные силы эскортных кораблей, с января началась постановка «фланговых» противолодочных минных заграждений. Как правило, они ставились против подводных лодок, идущих на перископной глубине на участках, где отмечалась наибольшая активность субмарин, либо у береговых навигационных ориентиров. Конвои стали крупнее, их охранение усилилось. С весны немцы приступили к формированию тактических групп охотников за подводными лодками (2–4 охотника), которые могли осуществлять поиск субмарин в определенных районах, либо усиливать охранение конвоев на опасных участках. 20 февраля, в период осуществления всех этих мероприятий, «Красногвардеец» вышел в свой шестой боевой поход.
С утра 22-го корабль находился на позиции в районе устья Танафьорда — м. Нордкин. Первые дни погода явно не баловала. Темнота и сумерки, занимавшие большее время дня, дополнялись обильными снегопадами. 24-го из-за плохой видимости не удалось атаковать неустановленное судно, спустя несколько часов — пару охотников из-за внезапного изменения ими курса. Почти сразу выявились недостатки произведенного ремонта. В тот же день из-за пропуска верхней головки оказался залит водой командирский перископ. В дальнейшем вплоть до окончания похода лопнули масляная магистраль правого дизеля (неисправность была замечена не сразу, в результате чего в трюм вылилось две тонны масла), крышка компрессора левого дизеля и один из выхлопных клапанов. Экипаж мужественно устранял неисправности, одновременно пытаясь нанести урон врагу.
Первая реальная возможность для этого появилась 27 февраля. В этот день в окуляре перископа показался крупный германский конвой (норвежские транспорта «Тайвань» (5502 брт), «Нерва» (1564 брт), германский танкер «Лизелотте Эсбергер» (1593 брт), сторожевые корабли «Полярзонне», «Полярмеер», «Убир», тральщик «М 1507»), следовавший на восток. Интересно отметить, что буквально за несколько часов до этого караван подвергся неудачной атаке подлодки «Щ-402», действовавшей на соседней позиции в устье Порсангер-фьорда. «Красногвардейцу» тоже не удалось открыть счет. В момент обнаружения лодка находилась слишком далеко от берега, чтобы сблизиться для атаки. На глазах Бибеева караван зашел в порт Мехамн. К сожалению, после этого командир совершил вторую ошибку. Он не занял позицию у берега восточнее порта, поэтому, когда спустя два часа германские корабли продолжили движение в направлении Киркенеса, ему оставалось лишь грозить им вслед. Попытка «реабилитироваться» проникновением в Мехамн-фьорд, предпринятая на следующий день, ничего не дала — судов там не оказалось. 2 марта Бибеев повторил попытку — и снова неудачно. Лодка дважды коснулась грунта на мелководье (лодочный эхолот продолжал давать неправильные показания), в результате чего погнула ограждение вертикального руля. Теперь руль стал перекладываться с заметным усилием. Вечером следующих суток оказалась упущена возможность атаковать пару тральщиков. Субмарина уже начала отход в район зарядки и находилась слишком далеко от берега. В последующие пять дней не удалось обнаружить вообще ничего, несмотря на то, что командование периодически передавало данные о переходе вражеских конвоев. Наконец, в ночь на 8 марта последовал приказ о переходе на позицию прикрытия союзного каравана PQ-12. В 11:43 лодка начала переход, но спустя три с половиной часа, задолго до прибытия в назначенный квадрат, на горизонте появились дымы, а вскоре и множество судов, двигавшихся на восток. Поскольку в штабе Северного флота до начала 1944 года допускалась возможность существования вражеских коммуникаций на большом удалении от берега, Бибеев по определению не мог идентифицировать контакт и был вынужден погрузиться для торпедной атаки. По счастью, очень скоро выяснилось, что «Д-3» находится на кормовых курсовых углах каравана — встреча с оснащенным «асдиками» эскортом PQ-12 не сулила «старушке» ничего хорошего.
Двое следующих суток «Д-3» провела на позиции прикрытия. Конец патрулированию положила очередная шифровка из штаба флота, полученная в 02:10 11 марта, — лодке надлежало оказать помощь «соседке» «Щ-402», внезапно оказавшейся в центре Баренцева моря без топлива. Соляр, как об этом всегда писалось в мемуарах и исторических исследованиях, вытек в море через треснувшие в результате бомбардировки глубинными бомбами швы топливно-балластных цистерн. Данная информация не выдерживает проверки архивными документами. На самом деле топливо из внешних цистерн было продуто в море по приказу самого командира лодки капитан-лейтенанта Н.Г. Столбова. Столбов обнаружил утечку топлива и демаскирующий соляровый след, ввиду чего и принял свое решения, считая, что топлива во внутренних цистернах вполне достаточно для возвращения в базу. Весьма характерно, что свой приказ он отдал, не потребовав доклада у командира БЧ-5 об истинном наличии соляра внутри прочного корпуса. Замер, произведенный лишь на следующее утро, показал, что топлива осталось всего на несколько часов движения. Выработка внутренних цистерн вместо внешних произошла вследствие неправильной установки запорного клапана на замещение соляра при последнем заводском ремонте субмарины. В 22:11 10 марта дизеля встали и в штаб флота полетела срочная радиограмма с просьбой о помощи. Командование направило в район «Д-3» и «К-21» из Полярного. Пока «щука» болталась на волнах, ее сигнальщики обнаружили плавающую мину, о чем Столбов сделал оповещение «по флоту». Если бы противник уделял борьбе с нашими подводными лодками больше внимания и сил, то радиопеленгование этого сигала наверняка имело бы фатальные последствия. Тем временем народные умельцы из экипажа «Щ-402» предложили использовать в качестве топлива смесь керосина и машинного масла. Эксперимент оказался удачным, и в 16:20 11 марта «щука» возобновила движение в сторону базы. Поэтому неудивительно, что когда «Д-3» прибыла в указанную точку, она ничего не обнаружила. Помощь «щуке» оказала лунинская «К-21», обнаружившая ее около полудня 13-го — спустя шесть часов после того, как на ней вторично остановились дизеля. Что же касается «Д-3», то еще утром 12-го она получила приказ вернуться на позицию прикрытия (конвой PQ-12 к этому времени уже втягивался в Кольский залив), а спустя еще сутки — на свою позицию у норвежского побережья.
