Действительную военную службу И.В. Прохватилов проходил на Черноморском флоте. После ее завершения поступил в Севастопольскую морскую школу водолазов. Закончив учебное заведение в 1932 году, направлен на Дальний Восток в подразделение ЭПРОНа (Тихоокеанская экспедиция). И.В. Прохватилов освоил ответственные подводные подрывные работы, строил пирсы во Владивостоке и Совгавани, участвовал в спасении ряда кораблей, среди которых оказался и «Кузнец Лесов». Что касается последнего, то иностранные фирмы, специализирующиеся в спасательных работах, считали это делом невозможным. Учитывая высокие профессиональные и организаторские качества молодого специалиста, в 1936 году И. Прохватилов направлен на курсы офицерского состава при Военно-морском водолазном техникуме. В 1941 году он закончил спецклассы Высшего военно-морского училища имени М.В. Фрунзе, получив квалификацию штурмана. Здесь его застала война.
Получив предложение о назначение на должность командира спецподразделения легководолазов, лейтенант И.В. Прохватилов принял его. Вместе с политруком АФ. Маценко и военврачом 1-го ранга И.И. Савичевым он в кратчайшие сроки подготовил личный состав к выполнению боевых заданий. Местом дислокации роты особого назначения была определена школа на острове Декабристов (о. Голодай). По документам разведуправления подразделение числилось как рота подводников ЭПРОНа. Личный состав именовался «подводными пехотинцами». Сначала подразделение комплектовалось из состава водолазов ЭПЮНа и легководолазов, а затем из числа добровольцев 1-го Балтийского флотского экипажа. После сокращенной подготовки рота особого назначения 07.09.1941 года была передана в подчинение разведотдела Штаба БФ. Курировал подразделение заместитель начальника отдела по агентурной разведке капитан 3-го ранга Л.К. Бекренев.
Большинство операций, проведенных ротой особого назначения легководолазов-разведчиков БФ под командованием И.В. Прохватилова, не нашло отражения в отчетах. Однако известно, что на начальном этапе диверсантам приходилось решать несвойственные задачи. Это было связано со сложностью обстановки под Ленинградом. Сам И.В. Прохватилов в 1943 году заметил: «С началом войны и до осени 1942 года рота особого назначения самостоятельных разведывательных операций не производила, а занималась подготовкой легководолазов-разведчиков и направляла их в оперативные разведывательные группы РО КБФ». Коротко остановимся на двух операциях, проведенных спецподразделением, ставших известными благодаря сохранившимся документам и воспоминаниям участников событий.
С целью блокирования действий Балтийского флота немцы предпринимали попытки минирования фарватера между Кронштадтом и Ленинградом Они не достигали ожидаемой эффективности. Тогда противник принял решение о строительстве нового пирса вместо сгоревшего причала в районе Петергофа. Цель — создание базы быстроходных минных катеров. Легководолазы подразделения И.В. Прохватилова во время разведки своевременно обнаружили намерения немцев. Командованием поставлена задача — отслеживать ситуацию и по готовности пирс взорвать. Для этого был разработан вариант использования двух корабельных мин с часовым механизмом.
Учиться пришлось на ходу. Минеры обучили легководолазов пользованию минами, погрузке и разгрузке их со шлюпки в воду. После получения разведданных, что пирс практически готов к эксплуатации, принято решение о начале операции. Руководителем группы, идущей на задание, назначен старшина А.Н. Корольков. Двумя бронекатерами, имевшими на буксире быстроходный катер и шлюпку, пять легководолазов во главе со старшиной А.Н. Корольковым глубокой ночью доставляются в район исходной точки проведения операции.
На удалении двух километров от берега группа была высажена в шлюпку и отбуксирована быстроходным катером ближе к невидимому в темноте пирсу. В дальнейшем гребцы должны были вывалить мины за борт, а легководолазы, ориентируясь по компасу с помощью буксирных концов, подтянуть их к пирсу. Так и случилось. После того как мины были привязаны к сваям, старшина Корольков установил на них взрыватели с контрольным временем взрыва по часовому механизму на 9 часов утра. После выполнения задачи группа успешно покинула опасную зону и вскоре была обнаружена И.В. Прохватиловым в районе Ольгино. В этот же день получено донесение, что в 9 часов 12 минут почти одновременно прозвучавшими двумя взрывами Петергофская пристань уничтожена. Немцы больше так и не решатся ее восстанавливать.
Другая операция, выполненная подразделением И.В. Прохватилова, связана с уничтожением базы немецких штурмботов — быстроходных катеров с подвесным мотором. Они были способны перевозить до 30 человек на скорости около 40 км/час. Суда могли подходить к самому берегу, без особого труда вытаскивались на него и маскировались. Особенно активизировалась деятельность штурмботов с началом навигации 1942 года. Основное направление действий — прибрежная полоса Финского залива между Стрельной и Петергофом. Все попытки обнаружить базу катеров даже с помощью авиации успеха не имели. Крайняя озабоченность командования была выражена в том, что с помощью этих нехитрых скоростных плавсредств можно было в короткие сроки и при минимальных затратах минировать фарватеры предназначенные для прохода кораблей Балтийского флота. Перед подразделением легководолазов И.В. Прохватилова поставлена лаконичная задача — найти базу катеров и уничтожить. Для ее поиска созданы две группы. Они работали бессменно по два, три дня подряд.
Напряжение возрастало.
Когда вторая группа дошла до Стрельнинского парка, начались потери. После паузы поиск возобновился. Теперь легководолазы подходили к предполагаемому месту разведки под водой. Противник стал нервничать, что говорило о близости разведчиков к цели. Пришлось опять делать паузу, а затем продолжить поиск ораниенбауманской группой. Наконец легководолазу Никитину и его напарнику удастся обойти дамбу Стрельнинского парка по болотистому участку, считавшемуся немцами непроходимым. Они обнаружили катера противника тщательно охраняемые и замаскированные. Остальное было делом техники. Вскрыта система связи и охраны, определено место базирования небольшого гарнизона, распорядок дня и так далее.
Для уничтожения базы катеров созданы четыре группы. На первую возлагалась задача повреждения связи и удержание подкреплений противника, вторая должна уничтожить катера, третья — блокировала гарнизон, четвертая — прикрывала отход всех групп. Первый выход на операцию обернулся неудачей. Из-за ветра катера снесло, и И.В. Прохватилов принял решение вернуться в базу. Нужно было действовать наверняка. Перед началом второй попытки, используя легководолазное снаряжение, на берег занятый противником, высажен наводчик — краснофлотец Ананьев. Он должен был в условленное время выставить световой ориентир, на который будут выходить диверсионные группы. С наступлением темноты подразделение вышло на операцию. Высадка прошла успешно. Через час после нее на берегу раздались взрывы.
Чуть позже к катерам стали подходить шлюпки с диверсантами. Нужно было срочно уходить, т.к. немцы открыли ураганный огонь. С этой операции не вернулась группа прикрытия за исключением старшины Данилова.
Спецподразделение легководолазов штаба Краснознаменного Балтийского флота выполнило более 200 разведывательно-диверсионных заданий. О них писала флотская газета «Красный Балтийский флот», из уст в уста передавались легенды. Именно легенды, так как боевые операции, выполнявшиеся ими, не встречали поддержки со стороны советской оборонной промышленности. Легководолазы индивидуально совершенствовали снаряжение, изобретали его. Практически все специальное оборудование и вооружение производил шестой взвод подразделения (учебный). Но потери в людях оказались огромны. Из 145 человек, входивших в первый состав РОН БФ, в живых осталось только 20 человек.
