Ввиду того, что противник подошел к Либаве, командующий флотом вечером 22 июня приказал командиру Либавской ВМБ все корабли, не участвовавшие в боевых действиях, направить в порты Рижского залива. До 24 июня в Усть-Двинск и Пярну были отправлены шесть подводных лодок, пять транспортов и танкер «Железнодорожник», загруженный топливом. В Виндаву ушел БТЩ «Фугас». Переходы транспортов и боевых кораблей из-за отсутствия сил охранения совершались в одиночку без охранения. Подводные лодки С-3 и М-78 на переходе погибли. В Ригу ушла 18-я отдельная железнодорожная батарея.
Потерпев неудачу на южных подступах к Либаве, немецко-фашистские войска начали обходить город с востока и к вечеру 23 июня перерезали железную дорогу Либава — Рига.
Значительные потери в личном составе вынудили командира 67-й стрелковой дивизии сократить фронт обороны и отступить к городу, заняв внутренний рубеж обороны. Таким образом, 24 июня гарнизон Либавы оказался отрезанным от своих войск, но продолжал героически защищать город и базу.
Из состава гарнизона ВМБ были сформированы отряды моряков, которые приняли участие в боях за город. 24 июня отряды моряков несколько раз контратаковали противника в районе Гробиня. Эсминец «Ленин», подводные лодки С-1, М-71, М-80, «Ронис», «Спидола» стояли в ремонте на заводе «Тосмаре». Корабли не могли выйти в море. 24 июня около 18.00 противник начал атаку на восточном участке фронта, наши войска стали отходить к заводу «Тосмаре», возникла угроза захвата кораблей. Тогда командир «Ленина» капитан-лейтенант Ю.М. Афанасьев, как старший группы ремонтирующихся кораблей, приказал взорвать эсминец и подводные лодки. На них подняли сигнал «Погибаю, но не сдаюсь!». В ночь на 25 июня корабли были подорваны. Их экипажи влились в ряды защитников Либавы. Впоследствии за этот приказ, отданный без согласования с командиром базы М.С. Клевенским, Ю.М. Афанасьева расстреляли, обвинив в паникерстве.
С приближением противника к городу 24 июня в бой вступили 130-мм батареи береговой обороны. Батарея № 27, расположенная южнее Либавы, открыла огонь по колонне танков в районе хутора Бернати и уничтожила несколько машин, батарея № 23, расположенная севернее Либавы, вела огонь по скоплению танков и пехоты противника в районе Гробиня.
Береговые батареи сильно мешали продвижению противника, поэтому немцы неоднократно подвергали их ударам с воздуха. Батареи имели лишь по одному комплекту боезапаса (1300 снарядов) и к 26 июня на них оставалось по 10 снарядов на пушку, на зенитных батареях — 30% боезапаса.
Вечером 26 июня командиры 67-й дивизии и Либавской ВМБ на основании приказов приняли решение на совместный отход на Виндаву. 27 июня в 2.30 береговые батареи, расстреляв боезапас, были взорваны, а в 3.00 начался прорыв защитников города из Либавы. Последним из порта в 4.00 вышел транспорт «Виениба» с семьями военнослужащих и ранеными под конвоем трех торпедных катеров. Между Либавой и Ужавой транспорт и ТКА № 27 были потоплены авиацией противника. На шлюпке спаслось 25 человек, остальные погибли. В этом же районе ТКЛ № 17 и 47 выдержали бой с шестью немецкими торпедными катерами. В бою ТКЛ № 47 получил тяжелые повреждения и оставлен командой. ТКА № 17, на котором находился командир базы М.С Клевенский со штабом, прорвался на о-в Сарема.
К этому времени основные силы 8-й армии отошли к Риге. 30 июня основная часть войск 67-й дивизии вышла к Западной Двине и присоединилась к частям армии.
Следует отметить, что с 23 по 26 июня командир Либавской ВМБ получил от командования флотом три взаимоисключающих приказа: 23 июня — в случае отхода Красной Армии — отходить; 25 июня — Либавы не сдавать; 26 июня — немедленно отходить.
Итак, в первые дни войны КБФ потерял в Либаве эсминец, пять подводных лодок, около 15 тыс. т топлива, 146 торпед, 3532 мины и минных защитника, 51 трал, около 3000 глубинных бомб. Вот что значит не учитывать уроки истории.
Начало Великой Отечественной войны па Рижском рейде встретили корабли отряда легких сил. На крейсере «Киров» держал флаг командир отряда контр-адмирал В.П. Дрозд. Днем 22 июня 1941 г. корабли вступили в бой, отражая налет фашистской авиации на Ригу.
В первый же день войны из Усть-Двинска в Финский залив ушел отряд прикрытия в составе крейсера «Максим Горький» и 1-й дивизион эсминцев — половина ОЛСа. Оставшийся 2-й дивизион эсминцев произвел постановку минных заграждений в Ирбенском проливе.
Уже 27 июня части вермахта вышли к Западной Двине, началась эвакуация Риги. В тот же день командующий КБФ дал указание об эвакуации Прибалтийской военно-морской базы. Приказ об эвакуации базы был получен ее командиром в 3.00 27 июня, срок окончания эвакуации был установлен к исходу того же дня. В Риге началось восстание антисоветских элементов, связь со штабами ПрибОВО и 8-й армии прервалась. В 18.00 отряд легких сил — «Киров» и пять эсминцев в сопровождении четырех торпедных катеров (на них возлагалась противолодочная оборона кораблей на переходе) — вышел из Усть-Двинска и в 1.07 28 июня прибыл на рейд Куйвасге. Кроме того, здесь уже находились несколько транспортов. Для обеспечения безопасности стоянки в дозор к южному входу в Моонзунд был выслан эсминец «Сердитый».
В 2 часа 28 июня из Риги в Моонзунд вышла 1-я бригада подводных лодок и несколько транспортов в обеспечении двух тральщиков и двух торпедных катеров. Транспорты уходили из Риги недогруженными.
В Усть-Двинске оставались несколько малых кораблей и два транспорта под командованием командира Охраны рейдов. Личный состав Охраны рейдов должен был взорвать портовые объекты и затопить на фарватере в устье Западной Двины оба транспорта. К утру 28 июня транспорты были затоплены, но они полностью не загородили, а только стеснили вход в устье реки. Из-за поспешного отхода не было произведено минирование реки.
Противник не смог помешать выходу наших кораблей и транспортов из района Моонзундских островов. Прикрытие кораблей и отражение налетов вражеской авиации осуществляла перебазированная 27 июня на остров Сарема 12-я авиаэскадрилья.
Однако организация перехода кораблей и транспортов из Рижского залива в Моонзунд имела ряд существенных недостатков. Командир Прибалтийской ВМБ, не имея связи со штабом 8-й армии, не знал обстановки и хода боевых действий на фронте. Неправильно оценив обстановку, он форсировал отправку транспортов из Риги, вследствие чего часть ценных грузов базы была взорвана, а часть оказалась просто оставленной и досталась противнику.
Ввиду отсутствия централизованного руководства эвакуацией переход кораблей был организован плохо. Особенно плохо было организовано охранение на переходе. Отряд легких сил имел в охранении четыре торпедных катера, а бригада подводных лодок — два тральщика и два торпедных катера. Не была организована служба оповещения. Так, например в 2.15 29 июня дозорный эсминец «Сердитый» обнаружил на подходе к южному входу в пролив Муху-Вяйн подводную лодку. Не зная о движении наших подводных лодок, командир дозорного корабля запросил об этом по радио (УКВ) командира ОЛСа, находившегося на крейсере «Киров». Но адмирал сам не знал обстановки и ничего не мог ответить на запрос командира эсминца. Поэтому с «Сердитого» был открыт огонь по подводной лодке. После двух выстрелов подводная лодка дала свои опознавательные — это была С-9. Огонь немедленно был прекращен, и лодка без повреждений пришла на рейд Куйвасту.
