В феврале 1942 г. в Паневежском округе литовской полиции безопасности (начальник Антанас Лиепа — Antanas Liepa) работало 35 сотрудников, к нему относились Рокишкский, Биржайский, Купишский и Пасвальский районы. В Мариямпольском округе литовской полиции безопасности (начальник Пятрас Банис — Banys Petras, позже Иозас Андрашюнас — Juozas Andrašūnas) в то время работало 37 сотрудников, и ему принадлежали Алитусский, Вилкавишский, Шакяйский, Лаздияйский, Пренайский, Сувалкяйской Калварии и Мариямпольский района. В Укмергском округе литовской полиции безопасности (начальник Алексас Бразюкайтис — Aleksas Braziukaitis, позже — Мечис Пашкявичюс — Mečys Paškevičius) работали 24 сотрудника, и ему принадлежали Утянский, Зарасайский и Дукштайский районы
.
Директор Департамента государственной безопасности (ДГБ) С. Ченкус 22 июля 1941 г. обратился к директору Департамента полиции с просьбой, чтобы полиция порядка и железнодорожная полиция получили указание ежедневно представлять в ДГБ короткие и ясные сведения обо всех политических, уголовных и важных событиях
.
Немецкие солдаты осматривают достопримечательности Укмерге
Приказом директора Департамента государственной безопасности С. Ченкуса с 1 ноября 1941 г. районные подразделения Уголовной полиции Каунаса и Вильнюса были упразднены, а для расследования отдельных уголовных преступлений были созданы девять комиссариатов:
I комиссариат — убийства, самоубийства, телесные повреждения, пропавшие без вести и неопознанные трупы, грабёж, пожары и поджоги, аборты, катастрофы и несчастные случаи, связанные с потерей жизни.
II комиссариат — воровство и рецидивизм.
III комиссариат — воровство и присвоение, самовольное использование чужого имущества.
IV комиссариат — обман, подлог, шантаж и вымогательство, преступления служащих в учреждениях.
V комиссариат — спекуляция, чёрный рынок, накопление запасов и другие преступления военного времени.
VI комиссариат — сексуальные преступления и дела малолетних преступников.
VII комиссариат — идентификация.
VIII комиссариат — розыск.
IX комиссариат — канцелярия.
Преступления, не вошедшие в компетенцию вышеупомянутых комиссариатов, начальник округа должен был определить любому комиссариату на своё усмотрение
.
Для литовской уголовной полиции были установлены следующие должностные звания:
криминальный ассистент,
криминальный старший ассистент,
криминальный секретарь,
криминальный инспектор,
криминальный старший инспектор,
криминальный чиновник,
криминальный старший чиновник,
криминальный комиссар,
начальник уголовной полиции округа.
Литовская уголовная полиция вела общую для всего края картотеку отпечатков пальцев. Это ответственное дело организовал и контролировал начальник Идентификационной дирекции Альбинас Клемас (Albinas Klemas). В картотеке были собраны отпечатки пальцев свыше 30 000 лиц
. Все учреждения литовской полиции были обязаны дактилоскопировать всех преступников и подозреваемых.
В конце 1943 — начале 1944 г. в Каунасе действовал Институт криминальной техники при командире немецкой полиции безопасности и СД в Генеральном округе Литвы. Он помещался в бывшем здании Департамента государственной безопасности (проспект Витаутаса, 67). В Институте были отделы письма, техники, биологии, фотохимии и химии. В них производились исследования рукописей и машинописи, оружия, боеприпасов, следов взлома и инструментов, крови, спермы, волос, подделок документов, чернила, разных следов и пр.
.
В середине войны немецкая служба безопасности перестала доверять литовской полиции безопасности и намеревалась её ликвидировать. Начальник литовской полиции безопасности С. Ченкус 27 августа 1943 г. написал аргументированную служебную записку командиру немецкой полиции безопасности и СД в Генеральном округе Литвы штандартенфюреру СС К. Ягеру о сохранении Литовского отдела порции безопасности. В своём письме он указал, что литовская полиция безопасности активно участвовала и в будущем будет участвовать в борьбе с большевизмом и в поддержании спокойствия в стране. С. Ченкусу удалось доказать немцам полезность литовской полиции безопасности в поддержании безопасности и спокойствия в стране, и она продолжала действовать до конца войны
. В Латвии и Эстонии таких отделов создано не было. Структуры литовской полиции были обязаны тесно сотрудничать с литовской полицией безопасности и предоставлять ей всевозможную помощь и информацию. Так, один из руководителей полиции безопасности Вильнюса — Н. Микшис — просил начальника Вильнюсской вспомогательной полиции, чтобы начальники участков полиции информировали безопасность о происходящих на их участках эксцессах политического характера
.
Руководство немецкой уголовной полиции во время войны очень часто менялось. Каждый новый руководитель старался претворить в жизнь ту или другую реформу литовской уголовной полиции, внести что-то новое, изменить установленный порядок. Несмотря на множество изменений, она выжила и была в силах выполнять стоящие перед ней большие задачи. Литовская уголовная полиция при раскрытии преступлений руководствовалась законами Литвы, материалы произведенного дознания передавались литовским судам, контроль осуществлялся литовской прокуратурой. Все дознания выполнялись на литовском языке, поэтому руководство немецкой уголовной полиции их контролировать не могло.
Немецкая полиция безопасности и СД в Генеральном округе Литвы строго следила за работой учреждений литовской полиции безопасности и уголовного розыска. Как видно из документов, этот контроль особенно усилился в конце июля 1941 г. Немецкая полиция безопасности и СД требовала информировать ее обо всех арестах и получать санкцию на освобождение арестованных литовской полиции безопасности. С 1942 г. аппарат немецкой полиции безопасности и СД в Каунасе издавал «Ведомости криминальной полиции» на двух языках (редактор — П. Паматайтис) для всего Генерального округа Литвы. Ранее, с 1 октября 1941 г., издание выпускал Департамент госбезопасности. 3 сентября 1942 г., по требованию командира немецкой полиции безопасности и СД в Литве штандартенфюрера СС и полковника полиции К. Ягера, все дела арестованных по окончании дознания и вынесения наказания были передаваемы на утверждение ему или отделу II F его учреждения. Наказание всегда было жестоким
. Решения гестапо не мог отменить даже Высший суд Германии.
До 1 марта 1944 г. расследованием уголовных преступлений, слежкой за уголовными преступниками (подозреваемыми) и сбором криминальной статистики занималось центральное учреждение Уголовной полиции в Каунасе, позже эту работу выполняли учреждения Уголовной полиции округов
.
