Командир 4-го батальона литовской полиции на Украине майор Леонардас Юркшас (Leonardas Jurkšas)
Во второй половине августа 1941 г. в Вильнюсе начал действовать штаб литовских частей самообороны Вильнюсского округа, начальником которого был назначен полковник генерального штаба И. Краунайтис. Штаб разместился в казармах, ул. Иезуиту, 3. Основные функции штаба были следующие: поддержание связи с немецкими учреждениями, с немецким комендантом и командиром немецкой полиции, сбор информации, регистрация, поддержание связи с выбывшими из Вильнюса и находящимися в Вильнюсе и его окрестностях батальонами, забота о семьях полицейских, обеспечение униформой, обувью и др. вильнюсских литовских батальонов самообороны.
Вскоре штаб ЛЧС, в подчинении которого были и вильнюсские, и каунасские части полиции, был переведён из Вильнюса в Каунас. 15 сентября 1941 г. приказом начальника немецкой полиции порядка в Литве майора полиции А. Энгеля командиром ЛЧС был назначен А. Шпокявичюс
, а 1 октября начальником вновь созданного Штаба вместо ставшего бургомистром г. Вильнюса К. Дабулявичюса — подполковник Генерального штаба Ионас Юкнявичюс (Jonas Juknevičius)
. 3 ноября 1941 г. была упразднена должность командира частей самообороны, а штаб ЛЧС переименован в штаб инспектора ЛЧС (начальником штаба Инспекции литовских полицейских батальонов в Литве был назначен полковник Генерального штаба А. Реклайтис, инспектором ЛЧС — А. Шпокявичюс)
. Таким образом, были сильно ограничены права литовских офицеров, им были оставлены лишь инспекторские функции. Штаб был размещён в предвоенном здании городской комендатуры (ул. Гедимино, 29), напротив собора, в помещениях Центрального ведомства внутренних дел.
Стремясь унифицировать организационную структуру, во всех литовских частях самообороны были установлены следующие должности: командир самообороны Литвы, начальник штаба самообороны Литвы, командир округа, командир отдельного батальона, командир батальона, командир роты, командир взвода, ротный (старшина), взводный (унтер-офицер), отделённый (младший унтер-офицер), заместитель отделённого (ефрейтор), боец
.
Начальник штаба Инспекции литовских полицейских батальонов в Литве полковник Генерального штаба литовской армии Антанас Реклайтис (Antanas Rėklaitis)
В отношении дислокации и управления ЛЧС была разделена на четыре округа: Вильнюсский — командир полковник Генерального штаба И. Краунайтис, начальник штаба подполковник И. Юкнявичюс; Каунасский — командир подполковник Казис Лабутис (Kazys Labutis), начальник штаба подполковник Иозас Янкаускас (Juozas Jankauskas); Шяуляйский — командир подполковник Генерального штаба Пятрас Вертялис (Petras Vertelis), начальник штаба подполковник Александрас Андрюлайтис (Aleksandras Andriulaitis) и Паневежский — командир полковник Пятрас Гянис (Petras Genys), начальник штаба майор Эрнестас Блюдникас (Ernestas ßliudnikas)
. Командиры округов и их штабы были подчинены местным командирам немецкой полиции порядка. Прежние службы СВВ и их референтуры были названы 1-м, 2-м и 3-м батальонами. До октября 1941 г. в Вильнюсе было полностью сформировано пять батальонов самообороны, все они имели свои номера (например, 1-й Вильнюсский батальон самообороны и т.д.). По состоянию на 24 октября 1941 г. личный состав вильнюсских литовских батальонов самообороны был следующим: 1-й — 10 офицеров и 334 солдата, 2-й — 18 офицеров и 450 солдат, 3-й — 24 офицера и 607 солдат, 4-й — 8 офицеров и 253 солдата, 5-й — 22 офицера и 228 солдата
. Из упомянутых пяти батальонов 2-й Вильнюсский батальон самообороны в составе 500 бойцов и 3-й Вильнюсский батальон самообороны в составе 600 бойцов были полностью сформированы и ждали приказа немцев убыть за пределы Литвы для выполнения охранных или боевых функций. 5-й Вильнюсский батальон самообороны приказом военного коменданта Вильнюса был прикреплен к охране железной Дороги. Этот батальон охранял два участка железнодорожной линии: Вильнюс — Даугавпилс и Вильнюс — Молодечно; тем временем 1-й Вильнюсский батальон самообороны почти всю войну выполнял полицейские функции в самом городе Вильнюсе.
Командир 1-го Вильнюсского батальона охраны, затем начальник штаба полицейских батальонов Вильнюсского уезда полковник-лейтенант И. Юкнявичюс (J. Juknevičius)
С 1 декабря 1941 г. все литовские части самообороны, кроме Гарнизонов Вильнюса и Каунаса, перешли в подчинение командира немецкой жандармерии в Литве капитана жандармерии Николауса Брогмуса (Nikolaus Brogmus)
. Делами окружных батальонов и частей в Каунасе начал заниматься Штаб офицера связи при командире немецкой полиции порядка в Литве, который был создан 1 июня 1942 г. после упразднения штаба инспектора ЛЧС. Штаб офицера связи поддерживал тесные отношения с батальонами, комплектовал их, обучал новобранцев, заботился о семьях бойцов. Непосредственного влияния на руководство частями и распределение задач штаб не имел. Задачи батальонам ставили те части и учреждения немецкой полиции или армии, к которым они были прикреплены, они же занимались вопросами снабжения батальонов.
В то время (осень 1942 г.) в Вильнюсском округе ЛЧС уже были сформированы семь батальонов самообороны, из которых 2-й, 3-й, 4-й и 15-й покинули Вильнюс, а в городе Вильнюсе и его окрестностях остались 1-й сторожевой, 6-й железнодорожный и вновь создаваемый батальон новобранцев. В сентябре 1942 г. батальон новобранцев был послан на учения в район восточнее Вильнюса, в городок Пастовяй Швенчёнского уезда. Здесь ему был присвоен постоянный номер — 254Е. Командиром был назначен капитан Повилас Барейшис (Povilas Bareišis). Вскоре батальон был послан в городок Шарковщина (Белоруссия) и перешёл в подчинение командира немецкой полиции порядка в Белоруссии. Приказом командира немецкой полиции 1 октября 1942 г. Вильнюсский округ ЛЧС был упразднён
.
В разных районах Литвы формировавшиеся вооружённые отряды были называемы по-разному — активистами, партизанами, охранными отрядами, вспомогательной полицией, а кое-где — Отрядами охраны национального труда (Tautinės darbo apsaugos būrys — TDА). Из-за такой путаницы одно и то же подразделение в документах часто называлось по-разному. Большинство членов этих отрядов по указанию немцев на рукавах носили белые повязки. Поддерживающие порядок сотрудники TDA были обязаны на левом рукаве иметь повязку с надписью «T.D.A. Nr.»
. Случалось, что во время грабежей использовались поддельные знаки TDA или мошенники под видом сотрудников уголовной полиции или полиции безопасности проводили обыски в квартирах жителей. Поэтому бургомистр города Каунаса К. Пальчяускас 8 июля 1941 г. сообщил жителям, что настоящий знак штаба ФЛА есть «белая повязка на рукаве с чёрными буквами TDA и печатью штаба Фронта литовских активистов»
. По приказу командования вермахтом все вооруженные отряды должны были быть преобразованы в регулярные части полиции. Следует подчеркнуть, что немцы с самого начала не желали присвоить им название полиция и называли их батальонами порядка, охранными батальонами, батальонами самообороны. В конце концов после передачи их немецкой полиции порядка они стали называться батальонами вспомогательной полиции. На первом этапе войны, до начала ноября 1941 г., в Каунасе было сформировано пять батальонов (всего около 3470 человек)
, в Вильнюсе — пять, а в Шяуляйском и Паневежском округах — по одному батальону.
