Однако со временем дисциплина в батальонах литовской полиции стала портиться. Сами немцы провоцировали эту ситуацию своей политикой. С конца 1942 г. участились случаи, когда сотрудники литовской полиции подавали своему руководству рапорты с просьбой освободить их от службы по состоянию здоровья или по нетрудоспособности, прилагая к рапорту справку от врача, верить которой у руководства полиции не было достаточных оснований. Поэтому генеральный директор Главного управления здоровья д-р Б. Матулёнис, договорившись с генеральным советником внутренних дел И. Наракасом, 10 декабря 1942 г. издал распоряжение, что пригодность полицейского к дальнейшей службе определяет только врачебная комиссия
.
Министр занятых Восточных территорий рейхслейтер НСДАП Альфред Розенберг (Alfred Rosenberg)
Созданные приказом рейхсфюрера СС и начальника немецкой полиции Г. Гиммлера на занятых Восточных территориях вспомогательные полицейские соединения (так называемые Schutzmannschaften des Einzeldienstes), как полицейские соединения для выполнения особых задач, были подсудны суду СС и полиции (SS, Waffen-SS und Polizeigericht)
[115]: Право утверждать приговоры суда СС и полиции о допущенных нарушениях бойцами полиции Гиммлер оставил за собой. Уголовные дела должны были быть предъявлены Главному управлению суда СС. Полицейский суд был компетентен разбирать дела только тех преступлений, которые совершили полицейские после их назначения во вспомогательную полицию. Такие преступления обычно рассматривались с применением немецкого права, законов военного времени, однако учитывая совокупность особых обстоятельств и личности преступника
. Основываясь на приказе Г. Гиммлера, прокурор немецкого суда в Литве д-р Мартин Хенниг (Martin Hennig) 2 декабря 1942 г. указал прокурору Апелляционного суда изъять из компетенции литовских судов все дела, касающиеся «бойцов литовских частей самообороны, литовской безопасности, служащих уголовной полиции и полиции общественного порядка». Эти дела будут переданы немецкому прокурору, а он их передаст «судам СС и полиции, потому что все такие дела подсудны этим судам».
Распоряжением министра занятых Восточных территорий от 12 января 1942 г. кроме обыкновенных и особых судов были учреждены военные суды для рассмотрения особенно важных и срочных дел
. Военные суды не рассматривали дела граждан Третьего рейха и лиц немецкой национальности.
Рейхсфюрер СС и начальник немецкой полиции Г. Гиммлер
Дознания по жалобам на сотрудников литовской полиции не проводились, а передавались соответствующему прокурору окружного суда, который по установленному порядку через прокурора Апелляционного суда их передавал немецкому прокурору при Немецком суде в Каунасе. Таким образом, провинившихся сотрудников литовской полиции судили военные суды СС и полиции, в качестве наказания чаще всего была смертная казнь. Таким образом было казнено немало литовских полицейских. Литовская полиция вообще не была любима немцами. Частые аресты, допросы и отправки на фронт были для литовских полицейских обычным делом. Отношениям литовского народа с нацистами все более обострялись, служба в полиции стала невыносимой. В полиции хватало дезертиров. Их было зарегистрировано более 1000 человек, хотя в действительности их было намного больше. Только в Вильнюсском уезде дезертировало 500 полицейских
. Чаще всего дезертирство происходило во время командировок или во время передислокации на новое место службы. В уездных учреждениях полиции постоянно скрывались сбежавшие с фронта полицейские, которых свои не выдавали.
Впервые в истории литовской полиции дезертиры появились тогда, когда первые отряды LSD были посланы во вновь созданные уезды Вильнюсского округа для борьбы с советскими партизанами. Позже их число увеличилось, когда части полиции стали насильно посылаться на фронт. Из самого первого отряда дезертировало 57 бойцов
.
В 1942 г. из 251-го батальона полиции дезертировали 16 полицейских, а уже только за 23–25 января 1943 г. из него самовольно устранились 16 полицейских и 5 младших унтер-офицеров
. В конце концов 31 января 1943 г. приказом руководства немецкой полиции в Литве, 251-й батальон (командир капитан Пятрас Назарас — Petras Nazaras) был расформирован и включён в состав 2-го полицейского батальона
. 3 февраля 1943 г., перед отправкой одного литовского батальона на Восток, из него сбежал 171 человек. 56 полицейских суд СС и полиции приговорил к тюремному заключению, а одного — к расстрелу
. После оглашения 6 июня 1943 г. приказа директора Департамента полиции В. Рейвитиса об амнистии более половины дезертировавших вернулось на службу. Всего же до 17 марта 1944 г. дезертировали 2300 полицейских, из них 430 были пойманы и наказаны.
К позорящим литовскую полицию дезертирам В. Рейвитис предлагал применять строгие санкции, вплоть до расстрела, что положительно бы подействовало на остальных
. Кроме того, он предлагал создать в Каунасе штрафную роту, в которой бы под строгим контролем проходили бы службу недисциплинированные, непослушные полицейские, а срок нахождения в роте зависел бы от тяжести проступка.
На основании приказа офицера суда СС и полиции В. Рейвитис 13 января 1944 г. издал указ, устанавливающий, что если оставивший самовольно службу полицейский сам возвращается на службу, то он не арестовывается (ему разрешается выполнять служебные обязанности), но насчёт его побега немедленно проводится служебное расследование и отзывается его поиск. Материалы дознания передаются в суд СС и полиции, который, учитывая добровольное возвращение, смягчает наказание. Распоряжением командира немецкой полиции порядка в Литве от 26 февраля 1944 г. дезертиры литовских батальонов полиции и учреждений полиции вычеркивались из списков через два месяца со дня их самовольного ухода, если в течение этого времени они не были арестованы, а дело прекращено
. Поиски дезертиров с помощью литовской полиции не давали желаемых результатов, потому что продолжающие служить полицейские поддерживали тесные связи со своими дезертировавшими товарищами. Суд СС и полиции очень медленно рассматривал дела дезертиров, а это отрицательно сказывалось на дисциплине.
Не доверяя литовцам, в 1943 г. немцы в некоторые участки литовской полиции и почти во все волостные управы определили своих представителей.
Ещё в начале войны руководство немецкой полиции проинформировало Департамент литовской полиции о том, что всё находящееся в распоряжении литовской полиции и используемое на службе имущество (автомобили, лошади, повозки, велосипеды, оружие, боеприпасы, форменная одежда и др.) и в дальнейшем остаётся в распоряжении литовской полиции и без ведома Департамента его никому нельзя передавать
. До августа 1943 г. (в течение двух лет) для обмундирования 5600 тысяч литовских полицейских со складов немецкой полиции было получено:
