С конца XV века для тюремного заключения в Московском государстве использовались различные места. Некоторые родственники великого князя помещались под домашний арест или заключались в Кремле. Брат Ивана III Андрей содержался в неволе на Казенном дворе с 1491 года. Князь Василий Иванович Шемячич, троюродный племянник Василия III, в 1524 году томился «в полате в набережной». Князья Юрий Иванович и Андрей Старицкий также содержались там в 1533 и 1537 годах. Дядя Ивана IV князь М.Л. Глинский был в 1534 году заключен в «каменный дворец позади царского дворца», а в 1538 году его место занял князь Иван Федорович Телепнев-Оболенский
[219]. Князь Иван Бельcкий был заключен под стражу в 1538 году в Кремлевском доме князя Федора Мстиславского, бывшего в свойстве с самым влиятельным на тот момент боярином Василием Шуйским. Наемник Генрих фон Штаден сообщал, что в 1560-х годах тюрьмы и пыточные застенки располагались внутри Кремля у северных ворот. Борис Годунов, еще будучи фаворитом, а потом и во время царствования иногда заточал своих соперников, таких как Шуйские и Романовы, в их собственных усадьбах, оставляя им при этом их челядь
[220].
Указы XVI века возлагали функции тюрем на губные избы, которые, согласно указу 1555 года, должны были заменить прославившиеся коррупцией и злоупотреблениями частные тюрьмы, а уголовников следовало отделять от других преступников
[221]. Монастыри использовались в качестве тюрем для содержания клириков, людей, виновных в религиозных или моральных проступках, и даже для заключения политических соперников
[222]. Источники XVII века дают нам больше информации для понимания условий содержания в тюрьмах. В монастырских казематах раскаяние вызывали ужасные условия, описанные в случае ссылки монаха в Тихвинский монастырь в 1687 году: «Велено тое тюрму и двери, и окна заделать кирпичем, толко оставить одно окно неболшое для даче хлеба и воды, и его стеречь накрепко»
[223]. Менее суровые меры применили к суздальскому архиепископу [Иосифу Курцевичу], сосланному в Сийский монастырь в 1634 году за недостойный святителя образ жизни. Ему была предоставлена отдельная келья для содержания, а также личный повар и слуга, но было запрещено посещать церковь, причащаться, если только он не был при смерти, а также иметь бумагу и чернила
[224].
Миряне, заточенные в монастыри, страдали от схожих условий содержания. Женщину, заключенную под стражу в 1676 году за убийство мужа, велено было «держать в кандалах под самым крепким началом» и принудительно водить на церковные службы («приводить к церкви Божии»). Дворянин, отправленный в 1628 году в монастырь Св. Николая в Карелии за внебрачную сексуальную связь (он прижил незаконнорожденного сына с троюродной сестрой), содержался в ножных кандалах и принуждался к ежедневному монастырскому труду; «сеяти мука и из печи выгребать пепел». Его дневной рацион был урезан в половину, ему запрещалось посещать литургию, а исповедь и причастие были разрешены ему только на смертном одре. С другой стороны, сибирского царевича, отправленного в ссылку в монастырь за пьянство в 1667 году, недвусмысленно велели ежедневно доставлять в церковь на службу, как он «вытрезвится». В конце столетия указы также требовали, особенно применительно к раскольникам, чтобы монастыри не предоставляли заключенным доступ к чтению или к орудиям письма
[225].
В XVII столетии организация светских тюрем в Москве устоялась. Григорий Котошихин отмечал, что в Москве «устроены для всяких воров тюрмы» и 50 палачей трудились в столице, скорее всего, в приказных судах и тюрьмах. Среди приказов Разрядный, Разбойный и Холопий располагали тюрьмами рядом со своими зданиями. Таким образом, преступники разных категорий находились отдельно друг от друга. Тюрьма Разрядного приказа впервые упоминается в 1672 году, когда туда, «за решотку», бросили человека за противозаконное хранение табака. В том же году упоминается и «Черная палата» – тюрьма Разбойного приказа, которая в 1670-е годы была настолько переполнена, что уже не принимала новых узников. Тюрьма Посольского приказа известна по поручной записи 1672 года, данной ее приставу
[226]. Приказы также часто могли переводить заключенных в тюремный двор в Кремле или неподалеку. Выдающийся историк Кремля Иван Забелин установил местонахождение двух тюрем в XVI–XVII веках – около Троицких ворот и чуть за территорией Кремля у Константиновских ворот. Обе тюрьмы упоминаются в документах 1630–1680-х годов
[227].