В соответствии с третьим сценарием вирусы отвечают за горизонтальный перенос генов (ГПГ). Затем гены и вирусы перемещаются горизонтально и используются для переноса генов. Нам известно о существовании горизонтального переноса генов в обоих направлениях – от вирусов к клеткам и от клеток к вирусам. Это вполне соответствовало бы большому количеству параллельных линий. Такого не могло быть на первых этапах существования жизни на Земле, но могло появиться позже.
Строго говоря, теоретически возможен еще один вариант развития событий: вирусы и клетки формируются по большому количеству вертикальных линий, которые развиваются параллельно. В этом случае могло быть много источников. Патрик Фортер из Парижа предположил наличие трех источников; рибосомы-содержащие клетки он назвал рибовироклетками, которые продуцируют белки и вирусы. Вирусы стали «изобретателями» ДНК в трех доменах жизни независимо друг от друга. А как возникли РНК-содержащие клетки?
Существовал ли «первичный», «примордиальный» или «протовирус» – единственный вирус-предок, от которого произошли все остальные вирусы, нечто похожее на «первичное растение» Иоганна Вольфганга Гёте? Такой вопрос поднимался часто. Это могла быть самая примитивная РНК в форме вироида, но у вироидов нет специфической последовательности, а РНК, состоящая из 50 нуклеотидов, обеспечивает 450 (или 1030) возможностей, то есть сумму всех возможных последовательностей как квазивидов. Это не был настоящий первичный вирус. Пространство последовательностей, сумма всех возможных последовательностей, названное «генным пулом», до сих пор не используется всеми биологическими системами на нашей планете. Мы только недавно узнали, что РНК можно без труда получить в пробирке, о чем свидетельствует опыт, проведенный Сазерлендом. Но это не РНК-содержащий пре-протовирус, имеющий всего одну последовательность.
В 2009 г. в статье «Десять доводов в пользу исключения вирусов из древа жизни», опубликованной в Nature Reviews Microbiology, была сформулирована крайняя точка зрения. Эта статья с вызывающим названием спровоцировала выход десяти статей в ответ. И никто из десяти ученых не согласился с точкой зрения автора оригинальной статьи.
И тут вступаю я со своим личным заключительным апофеозом вирусов. Все органисты знают, что у Иоганна Себастьяна Баха после прелюдии следует фуга, которая заканчивается слиянием всех голосов и полным звучанием максимального числа труб – tutti. И вот я со своим tutti – резюме – применительно к вирусам.
Вирусы с самого начала существовали повсюду как первые способные к репликации биомолекулы, такие как вироиды. Они перепробовали все, что можно, и эволюционировали по линии комбинаторной репликации и «взаимодействия компонентов», создав многообразие в форме квазивидов. Мы можем выстроить в одну линию все имеющиеся в настоящее время вирусы и определить большинство этапов их развития. Это удивляет больше всего, поскольку практически все промежуточные виды и формы жизни вымерли. Геномы вирусов содержат в себе больше информации, чем все клетки, вместе взятые; кроме того, структура геномов вирусов более сложная, чем у всех других видов организмов, и может содержать все – РНК и/или ДНК, одноцепочечные, двухцепочечные или и те и другие, линейные, кольцевые, сегментированные, структурированные, кодирующие и некодирующие. По сравнению с таким разнообразием геномных структур наша двухцепочечная ДНК имеет на удивление простую конфигурацию. ДНК обеспечивает стабильную консервацию наиболее эффективных продуктов, увековеченных вирусами, которые являются самыми изобретательными экспериментаторами. ДНК не является стабильным «конечным продуктом», поскольку наличие транспозируемых вирусоподобных элементов гарантирует бесконечную эволюцию. Кроме того, существует многочисленные модели репликации и регуляции вирусов. Сначала в вирусах, а позднее в клетках было обнаружено большое число механизмов – сплайсинг, обратная транскриптаза, «ножницы», сдвиг рамки считывания и т.д. Вироиды выполняют в клетках человека такое число функций, как сотни белков, например осуществляют репликацию, расщепление, присоединение, эволюционное развитие, защиту. Размер вирусных геномов варьируется в пределах пяти порядков (примерно от 10 до 2,5 млн нуклеотидов), и при этом размер частиц колеблется в следующих пределах: от частиц размером с молекулу, если речь идет о безоболочечных частях РНК, до гигантских вирусов размером с бактерию, а число генов колеблется от нуля до 2500. Ноль генов у вироидов, которые «еще» не способны кодировать белки и могут осуществлять большое количество функций без генетического кода, на основании чего можно предположить, что они существовали до появления генетического кода. Они были необходимы для образования белков и кода. Другая крайность – Pandovirus dulcis, у которого генов в пять раз больше, чем у многих бактерий. Упоминалось о нескольких странных химерных вирусах: некоторые из них имеют форму странных реликтов или переходных форм и являются свидетельством промежуточных стадий или стадий развития. К ним относятся очень редкие ретрофаги или ретровироиды, а также странные белки с «забытыми» РНК-хвостами. Вирусы являются двигателем эволюции, дизайнером нашего генома и формируют наш организм.
Вирусы и клетки учатся друг у друга, обмениваются генами, рекомбинируют их в обоих направлениях, то есть мы имеем дело с коэволюцией. В последние годы у нас неоднократно вызывали удивление результаты наблюдений, согласно которым различные экосистемы – от тех, что обитают в кишечнике человека, до состава микробиома океана – мирно сосуществуют. Я слушала доклад Эрика Карсенти об океанической экспедиции. Его удивило мирное сосуществование компонентов, составляющих микробиом Мирового океана. Меня же удивило, что 73% микробиома Мирового океана и кишечника человека, состоящего из вирусов и фагов, родственны с функциональной точки зрения и что самый распространенный белок – обратная транскриптаза.
Подверженная ошибкам обратная транскриптаза ретровирусов или ретроэлементов является самым щедрым поставщиком новой информации. Полученные свидетельства подтверждают, что ретроэлементы являются предшественниками ретровирусов. Ретроэлементы могут заполнять 75% генома кукурузы и 50% генома риса. Приобретя оболочку, они становятся подвижными и могут покинуть клетку. Обратная транскриптаза и РНКаза Н – самые распространенные белки в мире, и их структуры в ретровирусах, дрожжах, бактериях, планктоне, растениях или организме млекопитающих и человека практически ничем не отличаются.
Лично для меня удивительно, что я стала свидетелем открытия обратной транскриптазы и что до сих пор, по прошествии более 45 лет, это открытие сохраняет свою важность, что мои исследования расщепляющего фермента РНКазы привели меня к ретровирусам и позволили проследить весь эволюционный путь, а также иммунологические защитные системы. Вирусы создали противовирусную защиту. Интегрированные ретровирусы, ДНК-содержащие провирусы как клеточные гены легкодоступны для противовирусной защиты.
И те и другие используют один и тот же инструментарий. Вирусные компоненты создают противовирусные эффекты, такие как РНК-интерференция, сайленсинг, интерферон и иммуноглобулины, у которых очень схожие механизмы расщепления по принципу действия РНКазы. Ретроэлементы являются двигателем эволюции. Вероятно, даже ядра эукариотов произошли от вирусов. Возможно, они сформировали эукариоты. И наконец, скорость репликации вируса в миллионы раз быстрее, чем при прочих способах. Вирусов огромное количество, и они очень успешны.
