Нет никаких сомнений, что без постоянных личных усилий Дженнера и проявленных им в последующие годы блестящих качеств политика вакцинация не утвердилась бы в медицинской практике. Живя в Челтенхеме, он по-прежнему боролся за свое детище, с горечью отмечая упрочение позиций тех врачей, хирургов и фармацевтов, которые отвергали вакцинацию. Все меньше людей подвергались вакцинации, и все больше — вариоляции. В результате в 1805 году в Лондоне от оспы умерли более восьми тысяч человек. Дженнер неустанно писал письма в защиту вакцинации.
Новые неурядицы потребовали его возвращения в Лондон. Долги оставались не выплаченными, а в Англии того времени все должники попадали в тюрьму. Парламент отсрочил положенное вознаграждение, а когда оно было наконец выдано, то оказалось, что его обложили огромными налогами и вычетами. Чтобы свести концы с концами, Дженнеру пришлось прекратить вакцинацию бедняков, и он попросил одного из своих друзей взять на себя эту задачу. Затем возникла проблема, связанная с доктором Уокером из Королевского Дженнеровского общества. Дженнер посчитал, что должен разрешить ее, но это решение было неразумным — он оказался втянутым в серьезные неприятности.
Именно Дженнер в свое время предложил назначить Уокера ординатором, отвечающим за прививки в Королевском Дженнеровском обществе. Уокер работал в так называемом Сентрал-хаусе, где беднякам делали вакцинации бесплатно. Он был грубым и нелюбезным человеком. Малейшие ошибки больных выводили его из себя. Если мать клала одежду ребенка на его стол, он швырял ее на пол; если она случайно вставала на его пути, он отталкивал ее и ставил, словно расшалившегося ребенка, лицом в угол. Если мать, по его мнению, неразборчиво произносила свое имя, он заставлял ее повторять его по буквам, медленно и громко, десять раз подряд, чтобы тем самым преподать ей урок; а если после всего этого напуганная женщина порывалась уйти, он загораживал дверь — и все это сопровождалось крайне язвительными замечаниями.
Кроме того, Уокер начал брать деньги с некоторых больных. После долгих споров Общество решило позволить ему делать это в определенных ситуациях. И тогда он совершил то, что Дженнер расценил как непростительный грех: в сентябре 1804 года Уокер написал письмо редактору «Physical and Medical Journal» и предложил новый метод получения вакцины для одних больных из пустул, развившихся после прививки у других больных. Дженнер и многие его коллеги тут же заявили, что подобная процедура снижает эффективность вакцинации. После этого на страницах журнала разгорелась жаркая полемика между Уокером и другими врачами. Дженнер упрямо стоял на своем, отвергая любые компромиссы, и многие считали, что его упрямство стало основной причиной последовавших затем катастрофических событий. Дженнер потребовал, чтобы Общество уволило Уокера. Начались острые споры, разделившие Общество на сторонников и противников Уокера. В конце концов 8 августа 1806 года он подал в отставку.
Впрочем, сдаваться Уокер не собирался. Прежде всего он отказался уйти из своего кабинета в Сентрал-хаусе, а когда наконец выехал оттуда, то забрал с собой все истории болезни. После этого он организовал кабинет в соседнем доме и получил возможность перехватывать больных, направлявшихся в Сентрал-хаус. И наконец, 21 августа 1806 года он начал открытые боевые действия, учредив Лондонский институт вакцинации, президентом которого стал лорд-мэр Лондона.
2 октября 1806 года Дженнеровское общество назначило на должность, которую ранее занимал Уокер, двадцатидвухлетнего врача Джеймса Шеридана Ноулза. Через два года Ноулз попал в долговую тюрьму. Это событие сыграло роль пресловутой соломинки, сломавшей спину верблюда; Королевское Дженнеровское общество прекратило свое существование.
Теперь угроза долговой тюрьмы нависла и над самим Дженнером. Он опять обратился к старым друзьям и попросил их оказать давление на парламент, дабы тот снова принял решение выделить ему средства.
Парламент проголосовал за обращение к лондонскому Королевскому колледжу врачей с просьбой об учреждении Комитета по вакцинации, который в свою очередь заслушал свидетельства Дженнера и других специалистов как в поддержку вакцинации, так и против нее. Кроме того, парламент попросил лондонский Королевский колледж врачей узнать мнение эдинбургского и дублинского Королевских колледжей врачей и дублинского, эдинбургского и лондонского Колледжей хирургов по этому поводу. Лондонский Королевский колледж врачей разослал своим членам, выступавшим в поддержку вакцинации, соответствующий опросный лист. Лондонский колледж хирургов, обидевшись на то, что парламент не обратился к нему напрямую, не представил никаких выводов. Дженнер горько сожалел, что такие уважаемые люди позволили чувству обиды одержать верх над научными соображениями.
А тем временем информация о бедственном финансовом положении Дженнера дошла до самых удаленных уголков планеты. В Индии граждане Калькутты собрали для него четыре тысячи фунтов, Бомбей направил две тысячи, а президент Мадраса — 1383 фунта. Наконец 29 июля 1807 года парламент проголосовал за выделение Эдварду Дженнеру гранта в размере двадцати тысяч фунтов стерлингов.
После закрытия Королевского Дженнеровского общества Дженнер стал ходатайствовать о проведении бесплатной вакцинации уже не перед частными лицами или организациями, а перед правительством. Благодаря его усилиям в 1809 году парламент создал Национальное ведомство вакцинации и назначил совет его директоров; главой ведомства стал Дженнер. Многие из членов совета, особенно те, чьи взгляды расходились с его собственными, вызывали у него активное раздражение. Начались внутренние политические распри, в результате которых Дженнер ушел со своего поста еще до первого официального собрания совета директоров. Организация просуществовала до 1867 года, после чего ее функции взял на себя Тайный совет.
Нападки на Дженнера не прекращались. Постоянно поступали сообщения о неудачных вакцинациях. Противники выпускали одну колкую статью за другой, а публике предоставлялась возможность читать язвительные сатирические стихи и даже «Дженнеровскую оперу», напечатанную в журнале «Medical Observer». А Дженнер тратил дни на изучение причин неудачных вакцинаций и на ответы все более многочисленным, все более острым критикам.
Впрочем, даже такого рода политическая борьба не помешала Дженнеру написать шестнадцатистраничную брошюру «Facts, for the Most Part Unobserved or Not Duly Noticed, Regarding Variolous Contagion» («Факты, относящиеся к заражению оспой, оставшиеся по большей части не замеченными или не описанные надлежащим образом»). В ней он описывал небольшую серию повторных заражений оспой — в описанных им случаях ни перенесенная ранее оспа, ни вариоляция не уберегла больных от второго заболевания. Писал он и о том, что оспа может поражать плод, не поражая при этом мать (современные врачи подтвердили это его наблюдение).
В 1809 году, в возрасте шестидесяти лет, Дженнер решил «уйти на покой» — хотя практику он не оставлял до 1822 года и исполнял обязанности мирового судьи в Беркли. Кроме того, он посвящал много времени новым увлечениям: садоводству, фермерству, изучению окаменелостей и геологии. До конца своих дней он оставался истинным ученым, хотя его интеллектуальные способности постепенно слабели. Так, он написал статью «Наблюдения по поводу собачьей чумы», где сообщал, что привил натуральную оспу двадцати собакам и у всех этих собак развилась чума в слабой форме, что, конечно, не могло соответствовать действительности. 31 января 1810 года от туберкулеза умер его старший сын Эдвард. Для Дженнера это был страшный удар. У него началась глубокая депрессия. Он писал другу, что никак не ожидал, что «рана окажется такой глубокой».