В это самое время весьма своеобразно проявилась роль духовенства. От церковных иерархов, конечно же, не могло укрыться происходящее в стране, и они решили вмешаться в ситуацию с целью обеспечения для себя максимальных выгод.
У Соловьева читаем: "Мы видели, как духовенство русское могущественно содействовало утверждению единовластия; но когда московские единовластители вступили в последнюю борьбу с остатками старины, с притязаниями князей и дружины, то духовенство приняло на себя священную обязанность – среди этой борьбы сдерживать насилие, не допускать торжествующее начало употреблять во зло свою победу; усердно помогая московскому государю сломить притязания князей и членов дружины, духовенство в то же время брало этих князей и членов дружины под свой покров, блюло над их жизнию как членов церкви; так утвердился обычай, что митрополит и вообще духовенство печаловались за опальных и брали их на поруку. Митрополит Макарий, получивший митрополию вследствие торжества Шуйских, являлся по просьбе молодого Иоанна ходатаем пред Шуйскими за Воронцова, причем подвергался оскорблениям; он пережил Шуйских, пережил волнения, последовавшие за их падением, умел не сталкиваться с Сильвестром и, если верить Курбскому, защищал последнего при его падении, видел возобновление казней и умер в 1563 году; он хотел несколько раз оставить митрополию, но был удерживаем царем и владыками.
Преемником Макария был монах Чудова монастыря Афанасий, бывший прежде духовником государевым. Выговаривая себе неограниченное право казнить своих лиходеев, учреждая опричнину, Иоанн жаловался на духовенство, что оно покрывало виновных, и требовал у него отречения от обычая печаловаться.
Афанасий был свидетелем учреждения опричнины, получил позволение отпечаловать боярина Яковлева, князя Воротынского и в 1566 году оставил митрополию по болезни. В преемники Афанасию был назначен Герман, архиепископ казанский; но беседы его, по словам Курбского, не понравились любимцам Иоанновым; Германа отстранили и вызвали соловецкого игумена Филиппа, сына боярина Колычева; Филипп объявил, что он согласится быть митрополитом только под условием уничтожения опричнины; Иоанн рассердился; наконец Филипп уступил убеждениям, что его обязанность нейти прямо против царской воли, но утолять гнев государя при каждом удобном случае.
Филипп дал запись: „В опричнину ему и в царский домовый обиход не вступаться, а после поставленья за опричнину и за царский домовый обиход митрополии не оставлять". Но, отказавшись от вмешательства в опричнину, Филипп не отказался от права печаловаться. Начались казни вследствие дела Козлова; опричнина буйствовала; вельможи, народ умоляли митрополита вступиться в дело; он знал, что народ привык видеть в митрополите печальника, и не хотел молчать".
Иоанн Грозный прекрасно отдавал себе отчет, что любая встреча с митрополитом может привести к самым нежелательным последствиям. Ведь если пойдет откровенный разговор (а об ином царю не приходилось и мечтать – уж слишком накалена была атмосфера в стране), то прямой конфликт с Церковью неизбежен. Исход такого конфликта, а точнее, сам такой конфликт был для царя нежелателен, поскольку прямо угрожал его власти. С другой стороны, митрополит стремился к откровенному диалогу с Иоанном Грозным, мечтая умалить его влияние и еще более возвыситься во мнении народном.
"Тщетно Иоанн избегал свиданий с митрополитом, боясь печалований; встречи были необходимы в церквах, и здесь-то происходили страшные сцены заклинаний. „Только молчи, одно тебе говорю: молчи, отец святый! – говорил Иоанн, сдерживая дух гнева, который владел им. – Молчи и благослови нас!" Филипп: „Наше молчание грех на душу твою налагает и смерть наносит". Иоанн: „Ближние мои встали на меня, ищут мне зла; какое дело тебе до наших царских советов?" Филипп: „Я пастырь стада Христова!" Иоанн: „Филипп! Не прекословь державе нашей, чтоб не постиг тебя гнев мой, или лучше оставь митрополию!" Филипп: „Я не просил, не искал чрез других, не подкупом действовал для получения сана: зачем ты лишил меня пустыни?" Митрополит знал, как следует говорить с царем. Исступленная набожность Иоанна Грозного была всем прекрасно известна; грамотно построив беседу, Филипп легко мог привести царя в смятение. В сущности, это ему удалось. Уверенность Иоанна Грозного в справедливости его действий была основательно поколеблена, и он покидал храм в глубоком раздумье. Это уж никак не могло порадовать опричников, а потому они замыслили погубить митрополита: "Царь выходил из церкви в большом раздумье, это раздумье было страшно опричникам; они решили погубить Филиппа и нашли сообщников между духовными, во владыках новгородском, суздальском, рязанском, благовещенском протопопе, духовнике царском; последний явно и тайно носил речи неподобные Иоанну на Филиппа; отправились в Соловецкий монастырь, привезли оттуда преемника Филиппова, игумена Паисия, доносы которого легли в основание обвинений на суде соборном; защитников Филиппу не было, все молчало".
Митрополит Филипп отказывается благословить Иоанна Грозного. Худ. В. Пукирев. 1875 г.
Что ж, симпатии народа переменчивы, а уж русского – в особенности.
Ощутив смертоносную угрозу, исходящую от безжалостной длани опричников, на помощь митрополиту никто не осмелился прийти. Его конец был предопределен; царь же демонстративно устранился от происходящего, предоставив право решения судьбы Филиппа именно опричникам: " 8 ноября 1568 года опричники с бесчестием вывели Филиппа из Успенского собора, народ бежал за ним со слезами. Местом изгнания для Филиппа назначен был Тверской Отроч-монастырь. В 1569 году, проезжая Тверь на походе на Новгород, Иоанн заслал к Филиппу одного из самых приближенных опричников, Малюту Скуратова, взять благословение; но Филипп не дал его, говоря, что благословляют только добрых и на доброе; опричник задушил его. Так пал непобежденным великий пастырь русской церкви, мученик за священный обычай печалования. На место Филиппа возведен был троицкий архимандрит Кирилл". Как могут понять читатели, с устранением церковного владыки такого масштаба Иоанн Грозный освобождался практически от всех сдерживающих механизмов. Результатом этого были новые казни и расправы. Среди жертв оказался даже ближайший царев родственник!
Митрополит Филипп и Иоанн Грозный. Худ. В. Турлыгин (нач. XIX в.)
Как указывает С. Соловьев: "…в 1569 году дошел черед и до того, за приверженность к которому уже многие погибли, дошел черед до двоюродного брата царского, князя Владимира Андреевича. Мы упоминали о клятвенной записи, насильно взятой с Владимира в 1553 году; в следующем, 1554 году, после рождения другого царевича, Ивана, государь взял с двоюродного брата другую запись: держать этого Ивана вместо царя в случае смерти последнего.
До какой степени уже Иоанн не доверял брату после своей болезни, доказывает следующее обещание Владимира: „Жить мне в Москве на своем дворе; а держать мне у себя на дворе своих людей всяких… (число людей стерто), а больше того мне людей у себя на дворе не держать, а всех своих служилых людей держать в своей отчине".
