Внутри империи Сюанье приступил к покорению неханьских народностей Юго-Западного Китая, превращению их из «данников» в обычных подданных империи, замене их правителей общекитайской бюрократией. В собственно китайских провинциях сохранялось спокойствие, и только восстание 1721 года на Тайване, охватившее весь остров, знаменовало собой конец мирного периода и безропотного подчинения китайцев маньчжурам.
Между тем перед Сюанье стояла задача возродить разрушенную войной экономику. Он создавал льготные условия для тех, кто распахивал заброшенные земли — залежи и пустоши, временно отменял налоги, соблюдал режим бюджетной экономии, избегал больших трат на роскошь императорского двора. Зато большие средства направлялись на строительство и ремонт дамб, плотин, водоотводов, оросительных систем и каналов. Только на возведение и укрепление защитных и ирригационных сооружений богдохан ежегодно отпускал свыше 3 миллионов лянов серебра. Особое внимание он уделял восстановительным и профилактическим земляным работам на реке Хуанхэ, стремясь свести к минимуму ее разрушительную силу и повысить судоходность Великого канала. Он совершил шесть поездок в провинции долины Янцзы (с 1684 по 1707 год), чтобы лично инспектировать ход этих работ, принуждая чиновников к большей добросовестности. В районах стихийных бедствий он зачастую отменял сбор налогов. Такого рода недобор с 1662 по 1705 год составил свыше 90 миллионов лянов серебра. После завоевания Тайваня Сюанье отменил введенную его отцом Фулинем политику «морского запрета», которая привела к обезлюдению и опустошению широкой полосы вдоль морского побережья и превращению ее в «мертвую зону». Согнанному в глубь страны населению богдохан разрешил вернуться на прежние места жительства, заниматься морским каботажем и торговлей, в том числе с европейцами — «заморскими варварами».
Сюанье стабилизировал бюджет, его расходная часть стала меньше доходной — иногда на 7 миллионов лянов ежегодно. Накопления казны возросли, по разным оценкам, в 2,5–5 раз. Своему наследнику он оставил более 50 миллионов лянов и большие запасы зерна в казенных амбарах. Стремясь укрепить денежное обращение, Сюанье в 80-х годах установил твердый официальный курс обмена серебра на медную монету. Отныне 1 лян серебра равнялся 1 тысяче медных монет. Этот неизменный курс стал обязательным как для казенных, так и для частных расчетов. С 1688 года право на отливку монеты Сюанье объявил монополией центрального казначейства, чем пресек рост бесконтрольной медноденежной эмиссии на местах — в провинциях и наместничествах.
В 1712 году Сюанье провел налоговую реформу. Ставки налогов и уровень обложения на 1712 год были объявлены постоянными и неизменными, что способствовало восстановлению сельской экономики. Налоговая реформа проводилась постепенно, распространялась на все новые провинции и растянулась до конца XVIII века. Начиная с 90-х годов XVII века Сюанье повел борьбу с укрытием частных — помещичьих и крестьянских — полей от регистрации в земельных кадастрах и от налогообложения. Виновные подлежали суровому наказанию. В ходе этой кампании был проведен обмер полей и вскрыты огромные массивы неучтенных земель. Проводимая Сюанье экономическая политика способствовала быстрому возрождению сельского хозяйства, ремесла, торговли, транспорта и горнодобывающей промышленности, характеризуя его как заботливого и рачительного хозяина, как прогрессивного и «честного чиновника».
Завершив завоевание Китая, Сюанье встал перед необходимостью покончить с глубокой пропастью, разделившей маньчжуров и покоренных им китайцев. С окончанием военных действий грубые силовые методы по отношению к населению, особенно китайской элите, становились опасным пережитком. Еще верный слуга монгольских завоевателей Китая Елюй Чуцай (1190–1244), один из советников Чингисхана, Угэдэя и Хубилая, говорил: «Хотя мы империю получили, сидя на лошадях, управлять ею, сидя на лошадях, невозможно». Между тем маньчжуры долго не хотели «сойти с лошадей». Особенно жестко придерживался старых силовых приемов Обой, что обострило политический кризис. Поняв, что это тупиковый вариант, Сюанье запретил наиболее грубые методы насилия над китайцами. В первую очередь он положил конец практике «окружения земли», то есть прямого захвата полей, жилищ и имущества, приглянувшихся завоевателям. Произволу он противопоставил силу закона, ибо ему нужен был гражданский мир в разоренной стране. Желая привлечь на сторону завоевателей как можно больше состоятельных китайцев, Сюанье разрешил продажу им ученых степеней и званий. Если Фулинь, Обой и Сонготу видели в китайских шэныпи и интеллигенции только завоеванных, Сюанье рассмотрел в них будущую опору цинского режима. По его приказу в 1679 году впервые после более чем сорокалетнего перерыва состоялись экзамены на ученые звания. Когда же многие из патриотов демонстративно отказались участвовать в них, Сюанье просто сделал вид, что не заметил этого.
Восстановив китайскую экзаменационную систему и сеть конфуцианских учебных заведений, Сюанье привлекал ко двору авторитетных ученых-конфуцианцев. Даже маньчжурская знать теперь вынуждена была давать своим детям классическое китайское образование. По распоряжению богдохана на маньчжурский язык были переведены китайские классические книги, изданы маньчжурско-китайский и монголо-китайский словари. Вместе с тем он беспощадно пресекал всякое смешение маньчжурской крови с китайской, боясь растворения малочисленной касты победителей в гигантской среде побежденных. Чтобы привлечь китайских шэньши и интеллигенцию на сторону цинского режима, Сюанье организовал массовые «литературные работы» — подготовку многотомных энциклопедий, антологий, словарей и комментариев к древним текстам. По его указанию переиздавались произведения древней и средневековой китайской литературы. Над всем этим трудилось множество ученых — историков, литературоведов, филологов, а также редакторов, писателей, поэтов, каллиграфов, художников и граверов. На эти цели богдохан выделял большие средства из казны. Такого рода масштабной, хорошо оплачиваемой работой, выгодными литературными и редакторскими заказами Сюанье стремился погасить неприязнь шэньши и ученых к завоевателям, переключить этот огромный интеллектуальный потенциал на службу династии Цин, занять интеллигенцию конкретным делом.
В этом проявилась сама натура императора. Получив классическое китайское образование, богдохан приобрел многие черты интеллигента-гуманитария — любовь к знаниям, учебе, стихосложению и чтению. Сын Неба сам стал, по сути, «ученым мужем», шэньши, переняв у китайцев «культ кисти, тушечницы, бумаги и иероглифа». Он искал и привлекал выдающихся ученых и каллиграфов к себе в секретари, концентрировал их в своей личной канцелярии — Императорском кабинете (Наньшуфан). Для выявления талантов он организовал специальные экзамены, а выдержавшим испытание поручил написать многотомную «Историю династии Мин» («Мин ши»). Тысячи ученых были заняты составлением «Полного собрания книг старых и новых времен» («Гуцзинь тушу цзичэн»), словаря «Канси цзыдянь», «Собрания дотанской исторической литературы» («Юньцзянь лэйхань»), словаря рифм «Пэйвэнь юньфу» и других изданий.
Специальные комиссии и коллегии осуществляли цензурование и фальсификацию произведений, к чему прилагал руку и сам император. С теми шэньши и учеными, кто не покорился маньчжурам, Сюанье был беспощаден. Из книжника и интеллигента он порой превращался в восточного деспота, слегка прикрытого лоском конфуцианской образованности. Так, в 1711 году был брошен в тюрьму, судим и четвертован Дай Минши, включивший в свой труд описание антиманьчжурской борьбы. Члены семьи ученого и его друзья — всего более ста человек — тоже сложили свои головы на плахе. Тем самым Сюанье продолжил «литературную инквизицию», или «письменные судилища» (вэньцзы юй), начатые Обоем. В то же время он расширял участие шэньши и помещиков в штатской администрации, что вело к постепенному укреплению позиций китайского чиновничества и снижению роли «вось-мизнаменного» военного аппарата. Таким образом, Сюанье начал медленную планомерную «китаизацию» маньчжурского режима, видя в этом залог долговечности господства династии Цин. Под маньчжурскую военную машину он подводил прочный штатский фундамент централизованной бюрократической деспотии.