Севернее, в Ливонии, развитие событии привело к тому, что Тевтонский орден вынужден был вмешаться. Епископ Риги страдал от непрерывных набегов со стороны литовских племен, не обращенных до сей поры в христианство, которые угрожали юго-востоку его владений. Несмотря на конфликты, вызванные личными интересами, епископ Риги все же мог рассчитывать на поддержку Ордена меченосцев в борьбе против литовцев. 22 сентября 1236 г. рыцари-меченосцы потерпели крупное поражение в битве на Сольских болотах (битве при Шауляе), тогда погиб великий магистр их ордена. Меченосцы обратились за помощью к тевтонским рыцарям. В свое время великий магистр обратился к великому магистру Тевтонского ордена Герману фон Зальца с предложением объединить оба ордена в один, но фон Зальца ответил отказом. После смерти своего магистра меченосцы обратились к папе. Григорий IX отнесся с пониманием к просьбе меченосцев и передал делегатам ордена две папские буллы от 12 мая 1237 г., в которых значилось, что Орден меченосцев сливается с Тевтонским орденом. Имущество меченосцев переходило под контроль Тевтонского ордена. Единственная уступка, с учетом особенностей Ордена меченосцев, отраженная в булле De unione, заключалась в том, что Ливония оставалась автономной территорией и управлялась местным магистром. Капитул Тевтонского ордена, который заседал в Марбурге, передал Герману Балку пожизненно должность магистра в провинции Ливония, которую он совмещал, в виде исключения, со своими обязанностями в Пруссии. Было принято решение направить в Ливонию шестьдесят рыцарей-тевтонцев для поддержки меченосцев.
В это время нависла новая угроза над окраинами христианской Европы — нашествие зимой 1236-1237 гг. татаро-монголов, которых там называли просто татарами. Последние, разорив степи Южной России, 6 декабря 1240 г. захватили Киев и готовились к вторжению на Запад. Сообщение о татарском нашествии особых эмоций на Западе не вызвало. Только Фридрих II приказал своему сыну приостановить военную кампанию, которую тот вел в Италии против гвельфов, и отправиться в Пруссию, чтобы присоединиться к тевтонцам. Великий магистр Поппон фон Остерна подготовил крепости ордена к обороне и направился с группой рыцарей в Силезию, дабы присоединиться к герцогу Генриху Благочестивомуи князю польскому Болеславу. Битва между христианской коалицией и татарами произошла 9 апреля 1241 г. возле небольшого городка в Силезии (Легница). Христианские рыцари потерпели поражение, а Поппон фон Остерна был тяжело ранен в бою. Однако и татары понесли большие потери, что не позволило им развернуть наступление на запад, и отступили на русские земли, по пути совершив опустошительный набег на Венгрию. Из всего христианского мира только Фридрих II, вечно отлученный от Церкви и единственный правитель, осмелившийся поднять голос перед новой угрозой, нависшей над христианской Европой, тщетно призывал правителей Запада выступить против захватчиков.
Татарское нашествие отозвалось и в Пруссии, где, воспользовавшись уходом рыцарей, местное население восстало при поддержке князя восточной Померании (Померелии) Святополка. Множество крепостей ордена попало в руки пруссов, которые их разрушили, перед этим истребив всех защитников; только Торн, Эльбинг, Реден и Кульм еще оставались в руках тевтонцев. Множество имений было разграблено, их германские владельцы погибли в тяжких муках, тогда как местное население возвратилось к своим прежним языческим верованиям. Папа, как водится, призвал к крестовому походу против Померелии. Магистр ордена Дитрих фон Бернхейм во главе тевтонских рыцарей вместе с польскими князьями захватил померанскую крепость Сартовитзи (Зартавитза), затем крепость Накела. Святополк предпочел пойти на переговоры и запросил мира в 1242 г.: он обязался оставаться верным ордену и уступил крепость Сартовитзи. Эта передышка позволила тевтонцам вновь овладеть Пруссией «огнем и мечем». Два года спустя Святополк возобновил войну и при поддержке пруссов вторгся во владения ордена в Пруссии. Победы и поражения следовали одна за другой в течение почти четырех лет. В очередной раз в Германии призвали к крестовому походу, что вынудило Святополка предложить мир при посредничестве папского легата Жака де Кур-Палье — будущего папы Урбана IV. Князь Померелии торжественно поклялся 24 ноября 1248 г. отказаться от любого союза «с прусскими идолопоклонниками».
Этот договор был дополнен договором в Христбурге 7 февраля 1249 г., заключенным с прусскими правителями, где решался вопрос о правах и обязанностях народов, покоренных орденом, при условии, конечно, что они обратятся в христианство. Орден этим договором признавал за местным населением личные свободы при условии, что они останутся верными своей новой вере — христианству; они получали право приобретать земли и продавать их, передавать по наследству, правда, только прямым наследникам. При отсутствии таковых их имущество переходило ордену. Обращенное местное население пользовалось правовой защитой, имело право заключать таинство брака, становиться христианскими священниками и даже вступать в Тевтонский орден, если они были выходцами из местных землевладельцев. Все должны были в обязательном порядке отказаться от старых языческих обычаев (полигамия, кремация усопших, человеческие жертвоприношения, идолопоклонничество), строго соблюдать религиозные праздники и крестить новорожденных. Они также были обязаны платить ордену десятину, честно ему служить и не уклоняться от воинской повинности.
В доказательство искренности своего обращения в христианство они должны были построить за свой счет тринадцать церквей в Помезании, шесть в Варнии, три в Натангии — все в трехгодичный срок. Обращенные пруссы подчиняются магдебургкому и польскому праву, за исключением судопроизводства и других решений по вопросам, не относящимся к законам Божьим и церковным. Наконец, те, кто до сих пор не приняли крещения, должны это сделать в ближайшее время, в противном случае они подлежат выселению, а их имущество конфискации.
Этот договор однозначно доказывает явный интерес, который Тевтонский орден проявлял к христианизации покоренных народов. Но еще до заключения договора были предприняты меры, через посредничество легата Вильгельма Моденского, направленные на организацию будущей прусской Церкви. Булла от 28 (или 29) июля 1243 г., составленная легатом и утвержденная папой Иннокентием IV, делила Пруссию на четыре епископства: Кульмское, Помезанское и Вармское, четвертое должно было быть создано на землях, которые еще надлежало завоевать. Каждое епископство делилось между епископом и Тевтонским орденом так, чтобы епископу досталась в личную собственность треть территории, по его выбору, но распространял он свое влияние на всю территорию. Защита же территории полностью лежала на ордене, в исключительных случаях епископы должны были принимать активное участие в ее защите. Для контроля над прусской Церковью епископ Риги, которому уже подчинились Ливония и Эстония, распространил свои полномочия и на Пруссию. В булле упоминалось, что Пруссия принадлежит Престолу Святого Петра и что Церковь передала ее ордену вместе с правами и доходами. В 1245 г. документ, изданный Фридрихом II» подтвердил право Тевтонского ордена на владение Ливонией, Курляндией и Хиромантией.
Объединение в одной епархии прусских, ливонских и эстонских земель подтвердило, что, помимо Пруссии, тевтонские рыцари начиная с 1237 г. распространили свою сферу деятельности на Прибалтику. Объединенный орден тевтонцев и меченосцев стремился восстановить свою власть в Ливонии. Однако этот регион находился под вечной угрозой набегов извне. На севере русские добивались выхода к Балтийскому морю и столкнулись с тевтонцами. 5 апреля 1242 г. Александр Невский, новгородский князь, разгромил тевтонцев на Чудском озере, но победа его не имела последствий. Другой угрозой для Ливонии была и осталась Литва, все еще языческая страна, вопреки всем попыткам, предпринимаемым Ригой для ее обращения в христианство. Литовцы всегда были готовы подбивать ливов на бунт. Против литовцев тевтонские рыцари использовали доказавший свою эффективность в Пруссии метод строительства крепостей на границах с вражескими территориями. Так был построен Мемельбург напротив северного конца Куршской косы, на границе Пруссии с территорией жемайтской Литвы. Место было выбрано весьма удачно, так как позволяло контролировать береговую линию, обеспечивающую территориальную целостность Ливонии и Пруссии. У подножья крепости раскинулся город Мемель, который заселили колонисты из северной Германии.
