Все эти меры спровоцировали острое недовольство населения, особенно в городах, которые превратились в очаги оппозиции ордену. В наиболее богатых городах, т. е. в тех, что были более всего затронуты новой системой налогообложения, таких как Данциг и Торн, буржуазия потребовала через суд права контролировать политику ордена. Бургомистр Данцига Конрад Лецкау, несмотря на то что помог ордену финансами, на следующий день после Танненберга был обвинен в мятеже и арестован командором Данцига, братом великого магистра; командор приговорил его к смертной казни, и поскольку палач отказался исполнить приговор, сам командор взял на себя исполнение приговора.
Немецкое дворянство стало отходить от ордена. Члены Лиги Ящериц составили заговор против власти великого магистра, заговор поддержал маршал ордена Микаэль фон Кухмейстер. Заговор был раскрыт. Магистр Генрих фон Плауен попытался успокоить умы и в 1412 г. пригласил на совет ордена представителей городов и провинциального дворянства; эта мера ничего не дала, так как была признана недостаточной буржуазией и слишком революционной большей частью рыцарей ордена.
В атмосфере политических волнений возникали новые затруднения. С начала XV в. в Западной Европе и Священной империи Церковь подвергалась нападкам реформаторов, главным из которых в Центральной Европе был Ян Гус. Гуситские идеи постепенно распространялись среди немецкого народа и проникли на территории, подвластные Тевтонскому ордену. Генрих фон Плауен был обвинен в благосклонности к реформаторам и признан еретиком. Реформаторские идеи нашли своих сторонников среди рыцарей ордена в Германии и Саксонии; племянник магистра Вильгельм фон Кацнелленбоген был весьма к ним расположен. В довершение всего великий магистр благосклонно отнесся к идее Яна Гуса разрешить браки католическим священникам. Религиозный кризис внутри Тевтонского ордена спровоцировал разрыв между немцами Нижней Германии, поддерживающими великого магистра, и немцами Верхней Германии, которые представляли большинство в ордене и были враждебны ко всякой ереси. Последние обратились к папе и императору Сигизмунду с обвинениями в адрес магистра. Трижды Генриха фон Плауена требовал к себе генеральный капитул. Так как магистр не отвечал на послания, генеральный капитул поручил брату Отто фон Берштайну, самому старому рыцарю ордена, привезти его. Отто фон Берштайн в сопровождении рыцарей ордена отправился в замок, арестовал магистра и привез его в крепость Тапио, где тот содержался до вынесения решения Генеральным капитулом. Решением генерального капитула, собравшегося в Мариенбурге в октябре 1413 г., Генрих фон Плауен был отстранен от должности. Госпитальеру и командору Эльбинга Герману Гансу было поручено провести выборы нового магистра. Многочисленные командоры и рыцари, которые сочувствовали ереси, были исключены из ордена, а командор Данцига был арестован за злоупотребления властью.
Новый генеральный капитул, состоявшейся в Мариенбурге 7 января 1414 г., решил выслушать объяснения магистра по поводу тех обвинений, которые были ему предъявлены, но Генрих фон Плауен предпочел согласиться на добровольную отставку. Два дня спустя 9 января генеральный капитул избрал новым магистром Михаэля фон Штернберга, бывшего маршала ордена, основная забота которого состояла в том, чтобы оберегать истинную веру в ордене и в государстве тевтонских рыцарей от еретических идей, распространению которых содействовал его предшественник. Отстраненному магистру тем не менее поручили командорство в Энгельсбурге, где, по сути, он оказался пленником.
Генрих фон Плауен и его двоюродный брат попытались составить заговор против нового магистра. Правда, орден вышел ослабленным из всех этих внутренних конфликтов. Несмотря на осуждение церковным собором Яна Гуса, ересь прогрессировала. Новый командор Данцига Рудольф фон Эйленштайн и бургомистр Герхард Бекк открыто поддерживали священника-реформатора Тедмаиа из Франконии, несмотря на враждебность большей части верного традициям населения. В Торне священник ордена Андрэ Пфаффандорф публично проповедовал в своем приходе Святого Иоанна гуситские идеи, прежде чем обосноваться в Данциге, где его проповеди спровоцировали городские волнения. Эти религиозные распри раскололи страну и орден именно в тот момент, когда единство было так необходимо из-за возрастающей опасности, исходящей извне.
Дворянство и католики, верные Риму, снова объединились под эмблемой «Золотой ладьи»; сторонники Генриха фон Плауена и все те, кто был открыт новым идеям, объединились в общество «Золотое руно». Чтобы вернуться к гражданскому миру, епископ Мармии созвал в феврале 1415 г. собор, в то время как магистр Кухмеистер собрал в Брунсберге 1 января 1416 г. генеральный капитул, чтобы призвать к противостоянию гусистской ереси. Чуть позже на общем Соборе, где впервые присутствовали представители и малых народов, ересь была осуждена официально. Генеральный капитул решил применить санкции против еретиков; еретические книги сжигались на кострах, запрещалось захоронение еретиков на христианских кладбищах, присутствие на их погребениях. Таким образом магистр претворял в жизнь решения, принятые на Церковном Соборе.
Но эти религиозные распри выглядели мелочными по сравнению с опасностью, которая грозила со стороны соседней Польши. Исполнение условий Торнского мира спровоцировало многочисленные инциденты, которыми воспользовались противники нового магистра, в частности бывший магистр ордена и его двоюродный брат, ставшим ректором лицея в Лохштете, которые, не колеблясь, примкнули к Владиславу Ягеллону. Заговор был раскрыт, и Генрих фон Плауен был переведен в крепость Бранден-бург, где умер в 1422 г.
Чтобы рассудить обе стороны, пригласили императора Сигизмунда. 18 мая 1414 г. в своем замке в Буде (Венгрия) император огласил свое заключение посланникам Ягеллона и ордена: он подтвердил решения Торнского договора, что, с точки зрения поляков, совершенно ничего не решало. Король Владислав при поддержке великого князя Литовского Витовта решился силой навязать собственную концепцию договора. В июле 1414 г. войска короля Польши вторглись на прусскую территорию, захватили несколько крепостей второстепенного значения, но были остановлены тевтонскими рыцарями на подступах к Страсбургу. В октябре было заключено двухгодичное перемирие благодаря вмешательству папского легата и достигнута договоренность о рассмотрении конфликта церковным Собором в Констанце, который должен был вскоре состояться. На самом деле главная задача Собора заключалась в борьбе против ереси, так что пришлось долго дожидаться, прежде чем решение было принято. В итоге Церковный Собор в Констанце вынес свое решение 17 июня 1416 г. Что касается Жемайтии, то Собор решил, что эта территория должна находиться под светским правлением императора и под духовной властью будущего епископа; в силу этого Ягеллон и Витовт становились до конца жизни вассалами империи. Это решение позволило продлить перемирие сначала до 20 июля 1418 г., а затем еще на год. Между тем великий магистр встретился лично с Ягеллоном и Витов-том 16 октября 1416 г., затем еще раз 19 октября 1418 г., однако безрезультатно. Король Польши все-таки принял Кошицкий компромисс 8 мая 1419 г., который оставлял императору Сигизмунду право решать вопросы в последней инстанции и продлить перемирие до принятия императором решения. Решение было оглашено в 1421 г. Император подтверждал решения Торнского мира, но Тевтонский орден лишался де факте Жемайтии, отданной Витовту, за исключением прибрежной полосы, которая переходила во владения ордена, так как являлась единственной наземной связью между Пруссией и Ливонией. Орден обязывался выплатить двадцать пять тысяч золотых флоринов в двухгодичный срок на восстановление польской крепости Злотор, разрушенной тевтонскими рыцарями во время предыдущих кампаний. Финансовые затруднения ордена привели к задержке выплат, что едва не спровоцировало новую войну, но папа навязал новое перемирие.