Еще больше, чем это самоуправство, чувствительного Грегора IХ возмутило вмешательство императора во внутриримскую партийную борьбу. Среди дворянских родов города у Фридриха было много сторонников, так что до 1238 года он фактически правил Римом. После триумфа при Кортенуова даже сложилось мнение, будто стремление к автономии дружественного Штауфену городского дворянства может быть согласовано с традиционными функциями Рима как идеального центра для Imperium Romanum, желанного места проведения выборов и резиденции Верховного Пастыря христианства. Для светских претензий Ватикана это означало бы первую угрозу.
Уже в августе 1238 года Грегор послал в Ломбардию заклятого врага Фридриха, прелата Грегора фон Монтелонго, чтобы укрепить враждебные императору города в их бунте. Этому искусному дипломату, который также обладал необычайными полководческими талантами, удалось вновь объединить ослабленные внутренней партийной борьбой города Лиги.
Следующей победой папской политики был союз старых соперников, Генуи (к тому времени там правил подеста родом из Милана) и Венеции (дож хотел отомстить за плененного при Кортенуова сына), объединившихся против общего сицилийского конкурента, чья торговая политика государственной монополии уже давно приносила убытки обоим морским городам. Теперь сицилийские порты должны были спешно готовиться к обороне.
Когда Фридрих в октябре 1238 года потерпел поражение в Брескии, Грегор IХ смог въехать в Рим победителем после того, как его союзникам удалось сдвинуть императорскую партию с ее властных позиций. Папская партия также завоевала первенство в коллегии кардиналов. Только тогда Папа решился на окончательный разрыв с горячо ненавидимым «врагом Святой Церкви», которого он совсем недавно заверил через главу францисканцев, что хочет быть с ним «unus et idem» («одним сердцем и одной душой»).
Дальнейшие переговоры были для него последней передышкой перед большим ударом: в Вербное воскресенье следующего года (20 марта 1239) Папа Грегор IХ во второй раз отлучил от церкви Штауфена, ничуть не удивившегося этому факту. Затем началась решающая фаза борьбы за Рим, сердце духовной и светской Imperium Romanum, которым Папа хотел управлять из Ватикана, а император с Капитолия. Только закат всего правящего рода Гогенштауфенов освободил Папу от суеверного страха, что благодаря «Антихристу» из этого дома оправдаются темные пророчества и секуляризованную католическую церковь может постигнуть ужасная кара.
Первым отзывом Фридриха на отлучение от церкви был моральное осуждение своего судьи. Торжественно восседая на троне, он приказал «своим устам», Петрусу фон Винеа, объявить горожанам Падуи, где его настигло известие об отлучении, что именно этот наместник Христа благодаря своим делам имеет меньше всего права возлагать проклятие на столь «мягкого, справедливого и щедрого императора». Такая аргументация должна была быть тем действенней, что отлучение основывалось на жалобах по поводу действий Фридриха в рамках сицилийской церкви. Оно было обосновано обвинением, что Штауфен якобы организовал в Риме заговор против Папы. Действительный повод, война против ломбардцев, вообще не был упомянут.
Понтифик же зашел в циркуляре от 21 мая 1239 года, в котором объявлялось об отлучении, так далеко, что назвал императора язычником. Так как содержание этого письма было предназначено для дальнейшей передачи в народ, необходимо представить себе, что вследствие недавно ужесточившихся законов о еретиках (дело рук самого императора) такое клеймо значило гораздо больше, чем само отлучение. Последнее же предполагало лишь высшее церковное наказание, что еще можно было поправить.
Вскоре после отлучения в ряды христиан, как огни пожара, полетели манифесты с картинами из откровения Иоанна (13,2). Папа начал: «И вышел из моря зверь, на головах его имена богохульные, с ногами, как у медведя, пастью, как пасть у разъяренного льва и телом барса. И отверз он уста свои для хулы на Бога... Взгляните на голову и тело этой бестии Фридриха, так называемого императора...» В качестве самого сильного оружия под конец Грегор использовал уже названное ранее утверждение, что Фридрих II является автором хулы о трех мошенниках, Христе, Моисее и Магомете, и якобы сказал, будто Христос был зачат и рожден, как любой другой человек. А также, по его мнению, никто не имеет право верить во что-либо, что не имеет разумного подтверждения.
Тем не менее Фридриху не составило большого труда выставить Папу как подлинного язычника и друга язычников, так как его общность с ломбардскими еретиками была известна всем. Не занимать ему было и средств выражения, чтобы повергнуть Папу равноценной риторикой: «Мы утверждаем, что он сам является чудовищем, о котором сказано: и вышел другой конь, рыжий, из моря; и сидящему на нем дано взять мир с земли, и чтобы убивали друг друга». Так Папы сам стал большим драконом, Антихристом, по крайней мере недостойным звания наместника Христа. Бесчисленные верующие наверняка думали, что конец этого грешного мира вскоре наступит.
Германские князья ответили Грегору IХ совместно и каждый в отдельности, что они стоят посередине и служат церкви и императору, а также уклоняются от подтверждения отлучения.
Еще меньших результатов достигла пропаганда Грегора во Франции. Людовик IХ приказал передать посланникам: «Обвинения, исходящие от недругов, а Папа является его злейшим врагом, нельзя принимать на веру. Для нас император все еще невиновен. До сегодняшнего дня он был для нас добрым соседом. Мы не видели он него ничего, что бы противоречило верности и вере в миру или христианской религии. Напротив, мы знаем, что он отправился в поход во славу Господа нашего Иисуса Христа, а также подверг себя опасностям моря и войны. Но у Папы мы до сих пор не нашли такового благочестия. Мы не хотим начинать войну против могущественного Фридриха, которому помогли бы в борьбе против нас многие короли, и который обязательно найдет поддержку своему правому делу. Разве римлян заботит то, что мы прольем нашу кровь, выпустив тем самым их ненависть. Если с нашей помощью и помощью других Папа одолеет Фридриха, князья всего мира припадут к его стопам, он хвастливо поднимет свой кубок и будет он гордиться, что погубил великого императора Фридриха». Если за границей происки Папы вызывали только отчуждение, внутри империи использование отлучения в качестве оружия идеологической борьбы было еще проблематичнее, особенно в Германии, где после отъезда Фридриха положение быстро ухудшилось.
Молодой Конрад рос в Швабии под присмотром штауфенских министериалов, которые приехали с ним из Италии. Пока происходили волнения при Генрихе (VII) император остался тесно связан с ним (пусть даже только по переписке). Наместником в империи был Зигфрид Эппенштайн, с 1230 года приемник Майнцского архиепископа с тем же именем, крайне честолюбивый и скрупулезный феодал, который представлял интересы своего господина ровно столько, сколько это ему представлялось выгодным в личных интересах.
Каким был этот раб Божий и высокопоставленный церковник, а также что тогда происходило в Германии, может проиллюстрировать история отлучения от церкви Конрада Тюрингского. Архиепископ Зигфрид, который впрочем – как и его предшественник – имел резиденцию не в Майнце, а в Эрфурте, вскоре после принятия должности ввел новый специальный налог, чтобы иметь возможность отдать свои долги. Двадцатая часть от всех доходов с церковной собственности должна была идти к нему в карман. Аббат монастыря бенедиктинцев неподалеку от Фридрихроды Райнхардсбрунн сначала, по совету Конрада Тюрингского, отказался платить, но потом сдался. В качестве штрафа, а также для устрашения других его должны были стегать плетьми в течение трех дней перед всей церковной общественностью епархии, собравшейся в Эрфурте. На второй день, когда архиепископ собственноручно хотел взяться за бич, прибыл Конрад. В ярости сын ландграфа бросился на прелата, схватил его и наверняка заколол бы, если бы не свита, остановившая своего господина. Будучи полководцем при своем брате Генрихе Распе он располагал значительными вооруженными силами, с которыми и напал на владения архиепископа Зигфрида, чтобы по старому феодальному обычаю заставить крестьян и горожан поплатиться за дела их господина. На основании жалобы Зигфрида Папе Конрад Тюрингский бы в 1233 году отлучен от церкви.
