По мере возможностей, суда один за другим стали покидать Севастополь. Утром 12 апреля была занята Балаклава, где во избежание захвата большевиками, морские офицеры затопили груженный снарядами транспорт «Батум». Защитить Севастополь от подходившей Красной армии у защитников города возможностей почти не было. Добровольцы располагали только незначительным гарнизоном, в городе имелся батальон греков, несколько батальонов алжирских и сенегальских стрелков и два батальона французского 175-го полка, которые просто отказывались воевать против большевиков. Стоявшие в Северной бухте французские линейные корабли могли, конечно, своей артиллерией создать помеху продвижению красных, но, в случае боев в городе орудийный огонь с кораблей мог причинить ему неисчислимые разрушения. Сами французы также не могли в краткие сроки эвакуировать Севастополь, так как в Северном доке недвижимо стоял их линейный корабль «Мирабо», севший на мель и только что стянутый с камней при помощи крейсера «Кагул». Для заделки пробоин линкора требовалась, как минимум, двухнедельная работа.
15 апреля передовые части Заднепровской дивизии красных заняли Инкерман и подошли к Корабельной слободке. С целью остановить их дальнейшее продвижение, французская полевая артиллерия открыла огонь, но по ошибке обстреляла район Черной речки и находившуюся там добровольческую радиостанцию. В то же утро на флагманский корабль командующего французским флотом адмирала Амета под названием «Жан Бар» прибыли большевистские парламентеры с одним предложением — начать переговоры о заключении перемирия и нейтрализации Севастополя. Их условием было немедленное разоружение отрядов добровольцев и занятых ими кораблей. В связи с этим адмирал Амет послал адмиралу М. П. Саблину письмо следующего содержания, полученное тем лишь вечером 15 апреля: «В интересах сохранности арсенала, которую я вполне надеюсь обеспечить, я Вас прошу приказать „Кагулу“ и остальным кораблям, которые Вы хотите увести отсюда, сняться в течение ночи и ближайшего утра. Это будет также соответствовать положению, что Вы лично вместе с морскими офицерами тоже уйдете отсюда, за исключением командира над портом и тех офицеров, без которых нам нельзя обойтись в деле помощи нам по сбережению портовых учреждений. Я считаю также условленным, что тральщики останутся здесь, чтобы очистить минные поля вместе с помощью летчиков».
Коменданту Севастопольской крепости генералу В. Ф. Субботину и полковнику Нолькену адмирал Амет предложил немедленно оставить город и вывести из него все находившиеся там русские войска. В ответ адмирал М. П. Саблин отправил французскому адмиралу письменный протест. В нем он указал, что такое распоряжение является совершенно неожиданным, ввиду ранее сделанных адмиралом Аметом заявлений, что Севастополь не будет эвакуирован в ближайшее время, а также уведомлял француза о том, что собрать быстро личный состав будет затруднительно, так как многие из людей живут в городе, и что в течение 12 часов нет возможности погрузить на отходящие корабли все необходимое, войска и беженцев. В конечном счете, адмирал Амет, который не имел другой возможности спасти «Мирабо», как заключить перемирие, назначил последним сроком для выхода русских судов 16 апреля в 15 часов, после чего все оставшиеся суда должны были спустить русские флаги.
Ознакомившись с посланием французского адмирала, Саблин приказал всем русским кораблям, имевшим на то возможность, выходить в море для следования в Новороссийск. Один за другим транспорты, некоторые из которых имели на буксире военные корабли, стали покидать Севастополь, и по ним с Корабельной стороны время от времени стреляли из винтовок то ли сами французы, то ли сторонники большевиков. Утром из Северной бухты под флагом адмирала М. П. Саблина вышел «Кагул», а последним кораблем, покинувшим Севастополь в 15 часов, оказалась подводная лодка «Тюлень». В течение двух суток «Кагул», на случай оказания кому-либо помощи, крейсировал у южного берега Крыма, пока не прошли все русские корабли. Своими машинами шли: посыльное судно «Буг», № 7 (бывший миноносец № 273), транспорты и пароходы. Пароход «Дмитрий» вел на буксире подводные лодки «Утка» и «Буревестник». Буксир «Бельбек» — миноносец «Жаркий», «Доброволец» — миноносец «Живой», который с полпути пошел своим ходом. Кроме них шли на буксирах эскадренные миноносцы: «Поспешный» и «Пылкий», «Строгий» и «Свирепый». Шли на буксире и канонерская лодка «Терец», посыльное судно № 10 (бывший миноносец № 258) и транспорт «Рион». Вернувшаяся из Каркинитского залива канонерская лодка № 15 ушла в Керчь.
С утра 16 апреля французские линейные корабли «Жан Бар», «Франс» и «Вернио» начали обстрел Корабельной стороны, района Английского кладбища, Малахова кургана, и снаряды частично падали в пригородных кварталах. Делалось это с единственной целью — задержать продвижение к городу красных частей и, может быть, больше для психологического воздействия. Систематический обстрел продолжался и ночью, был остановлен в 10 часов следующего утра, когда прибыли парламентеры, уполномоченные командованием 2-й украинской Красной армии. Адмирал Амет, как старший на рейде, от имени всех союзников заявил, что к 30 апреля союзные войска будут эвакуированы из города и русские подводные лодки, которые находятся в порту, будут потоплены, а также что все русские миноносцы и боевые корабли будут приведены в негодность путем взрывов цилиндров машин.
Желая спасти корабли, начальник советской делегации спросил, нельзя ли этого избежать, если украинское советское правительство даст гарантию, что корабли не будут употреблены для действий против союзников. На это предложение адмирал ответил, что советское правительство никем не признано и никаких обещаний и гарантий от него он не примет. В конечном результате было заключено перемирие. Вместе с тем на французских кораблях произошли революционные выступления матросов, и 20 апреля в городе была большая манифестация французских солдат и матросов, к которой присоединились и гражданские лица.
Привести в негодность корабли взялись британские офицеры с линейного корабля «Император Индии». Уже за два дня до ухода «Кагула» по распоряжению союзного командования буксиры вывели с базы 12 подводных лодок, на которых не было команд, и поставили на одну бочку Северной бухте. В окружении адмирала М. П. Саблина предполагали, что это было сделано во избежание захвата лодок красными, в случае их внезапного вторжения в город, и для облегчения дальнейшего увода лодок союзными судами. Если бы адмирал Саблин знал, что готовят ему союзники, он, очевидно, принял бы меры для спасения лодок.
Увы, без ведома адмирала 26 апреля 1919 года подводные лодки «Орлан», «Гагара», «Кит», «Кашалот», «Нарвал», «АГ-21», «Краб», «Скат», «Судак», «Лосось» и «Налим» были выведены французами на внешний рейд. Там они были потоплены подрывными патронами на большой глубине. Подрывные команды английских матросов взрывали крышки цилиндров высокого давления и иногда упорные подшипники не только на шести старых линейных кораблях, крейсере «Память Меркурия», эскадренных миноносцах «Быстрый», «Жуткий», «Заветный», но, на старых номерных миноносцах и служившем казармой транспорте «Березань». Лишь штабной корабль «Георгий Победоносец» почему-то избежал этой участи. Французы занялись приведением в негодность орудий береговых батарей и разгромили базу гидроавиации, уничтожив все находившиеся на ней самолеты. Оставшиеся в их распоряжении десять летчиков с капитаном 2-го ранга Михаилом Андреевичем Крыгиным во главе, которые по заданию французского начальника войск вылетали на разведку, получили разрешение грузиться на транспорт «Почин», на котором был поднят греческий флаг, ушедший в Пирей с беженцами-греками.