Спустя всего три года, в 1900 году, образовалась уже не сезонная, хотя и по-прежнему временная, флотилия на Амуре, состоявшая из вооруженных частных барж и пароходов.
Прошли еще несколько лет, прежде чем в апреле 1906 года Морским генеральным штабом было предписано сформировать Отдельный отряд судов Сибирской военной флотилии.
Во время Русско-японской войны Амурская флотилия осуществляла воинские перевозки. С июля 1906 года суда этого отряда использовались для обороны пограничной линии Амурского бассейна и обеспечения водных сообщений по этой же реке.
Спустя еще три года, после подписания между Россией и Японией Портсмутского мирного договора, в ноябре 1908 года хорошо зарекомендовавший себя во время войны транспортный отряд на Амуре был окончательно преобразован в Амурскую речную флотилию, ставшую, таким образом, первым постоянно действующим военно-морским формированием на этой имперской окраине.
Главной базой флотилии стал Осиповский затон, близ Хабаровска. К 1910 году Амурская военная флотилия насчитывала 28 вымпелов, в число которых входили 8 башенных и более 10 мелких канонерских лодок.
Война с Японией заставила по-новому взглянуть на место и роль русского военно-морского флота на Дальнем Востоке.
В 1910 году в Сибирской военной флотилии, главная база которой тогда находилась во Владивостоке, стали происходить качественные изменения по укреплению ее боевой мощи.
В состав флотилии вошли два знаменитых впоследствии крейсера «Аскольд» и «Жемчуг», два дивизиона миноносцев, именуемых Минной бригадой, 13 подводных лодок, канонерская лодка «Маньчжур», два минных заградителя, а также многие вспомогательные и транспортные корабли.
Морской генеральный штаб и его начальник адмирал Русин искренне полагали данное количество единиц флота достаточными для ведения как оборонительных, так и маневренных наступательных операций в данном регионе, однако начавшаяся Великая война преподнесла России ряд неприятных сюрпризов.
20 июля 1914 года командующий Сибирской флотилией императорского флота и Георгиевский кавалер Михаил Федорович фон Шульц, которого в 1919 году в Петрограде расстреляют большевики, получил срочный запрос от российского военного агента из Токио, вопрошавшего: «Для согласования действий союзных эскадр на Дальнем Востоке надо знать:…Где находятся „Аскольд“ и „Жемчуг“, могут ли они действовать активно и на каком расстоянии…»
Фон Шульцу стало ясно, что этот запрос не случаен и что теперь следует ждать неминуемого приближения каких-то весьма значимых событий. Так и оказалось: через десяток дней, 29 июля из Морского генерального штаба на имя командующего Сибирской флотилией поступила другая телеграмма, гласившая: «Минмор приказал прекратить увольнение нижних чинов в запас и отпуски. Находящихся в отпусках немедленно вытребовать».
Учитывая события, происходившие в Европе, фон Шульц был не на шутку встревожен, предполагая, что этот приказ мог означать лишь одно — скорое вступление России в войну. Впрочем, точных сроков командующий предполагать не мог. Но он не сомневался, что силы германской эскадры адмирала графа фон Шпее, находившиеся в то время в Тихом океане, непременно захотят атаковать российский флот сразу же после вступления двух стран в войну.
На следующий день начальник Морского генерального штаба адмирал Русин официально уведомил фон Шульца об осложнении дипломатических отношений с Германией и Австрией, намекнув, между прочим, о предстоящем разрыве отношений, за которым неизбежно последует приказ о всеобщей мобилизации. Последняя, разумеется, не относилась к отдаленному Приамурскому округу и Сибирской флотилии, но в телеграмме, пришедшей в её штаб во Владивостоке в ночь на 31 июля 1914 года, адмирал Русин предостерегал её командующего: «Флотилию, по возможности, держите в боевой готовности».
Фон Шульц затребовал сведения о ситуации с германской эскадрой. Морской генеральный штаб ответил ему, что по донесениям русского военного агента в Японии и дипломатических представителей в Китае эскадра адмирала Шпее в данный момент находится в германской колонии Циндао. Штаб также сообщал Шульцу несколько странные сведения: «по слухам» (!), германская эскадра намерена «предпринять действия против Владивостока»!
Разразившаяся вскоре мировая война по-настоящему затронула русские морские силы на Тихом океане в конце сентября 1914 года, то есть когда развернулось полномасштабное вооруженное противоборство между странами Антанты и Центрального союза.
Союзники не замедлили обратиться к России с просьбой включить крейсеры Сибирской флотилии в состав объединенной эскадры для действий в Тихом и Индийском океанах. Морской министр адмирал Иван Константинович Григорович энергично возражал против распыления немногочисленных русских сил, но командующий Сибирской флотилией контр-адмирал фон Шульц заверил его, что с точки зрения дипломатии будет нелишне продемонстрировать жест доброй воли странам Антанты.
Более того, путем личных связей Шульца и доверия со стороны начальника Морского генерального штаба он получил одобрение на свои действия с личного разрешения государя!
Для защиты русского торгового флота на Тихом океане контр-адмирал фон Шульц предложил сократить их рейсы, а не держать крейсера для конвоя.
4 (17) сентября 1914 года он докладывал адмиралу А. И. Русину: «Ввиду опасности захвата пароходов неприятелем, в первый месяц войны рейсы пароходов Добровольного флота на всех линиях были совершенно прекращены…»
В то же время волей фон Шульца крейсер «Аскольд» был командирован в союзную британскую эскадру вице-адмирала Т.-М. Джеррама и отправлен в составе конвоя из четырех транспортов и вспомогательного крейсера в Сингапур.
На следующий день, 27 сентября, другой русский крейсер «Жемчуг» вышел из Гонконга, где заправлялся углём и водой, в Сингапур с заходом в Хайфон и Сайгон, конвоируя некий французский транспорт.
Конвои русских крейсеров оставались насущной необходимостью не только для торгового флота союзников, но и самой России. Беззащитные русские торговые пароходы еще ходили некоторое время на свой страх и риск без надлежащего прикрытия военно-морских сил, пока гром, наконец, не грянул.
22 июля (4 августа) 1914 года пароход российского Добровольного флота «Рязань» был захвачен немецким легким крейсером «Эмден», оказавшись первым призом, взятым германцами на Тихом океане.
Это событие, произошедшее в нейтральных водах, открыло новую страницу в истории морской войны, показав, что отныне право силы превалирует над силой права.
Капитан «Эмдена» так описал это событие в своих воспоминаниях: «…B предрассветной мгле прямо по носу вырисовывался корпус большого корабля; он шел без огней, и можно было предполагать, что это военное судно. „Эмден“ пошел на сближение с ним, не сбавляя хода. Заметив нас, он резко изменил курс и стал уходить. Целые облака дыма повалили из его труб, и он прибавил ходу, направляясь к японским берегам, до которых было около 15 миль. Тяжелые клубы дыма стлались по воде и окутывали нас непроницаемой пеленой. От убегающего корабля виднелись лишь верхушки стеньг, и распознать его было совершенно невозможно. Но поведение его доказывало, что это не нейтральный корабль.
