Растерянные командиры и команды русских судов были вынуждены подчиниться, ибо приказ исходил от объединенного командования союзных армий.
Иные верные союзническому долгу командиры даже отдали приказ лечь на курс и держать путь в турецкие воды. В то время как на другой морской базе Белого флота, в Новороссийске, под защитой сухопутных войск Вооруженных сил Юга России, в портовых доках продолжалась работа по ремонту кораблей, а в Морском штабе ВСЮР — мобилизации офицерских кадров для Белого флота.
Первые попытки формирования национальных военно-морских сил в содружестве с Добровольческой армией были предприняты 25 июля 1918 года при занятии Ейска кубанскими казаками под командованием профессионального авиатора, в то время командовавшего кубанцами генерал-лейтенанта Виктора Леонидовича Покровского.
В порту казаки обнаружили неисправное судно «Ястреб», принадлежавший некогда российской пограничной страже, а также еще несколько катеров и малых буксиров, брошенных командами.
Назначенный Кубанским правительством начальником порта капитан 2-го ранга Григорий Федотович Дудкин, не раздумывая, взялся за дело восстановления портовых сооружений и ремонт судов.
Дело это было знакомо ему не понаслышке: до октябрьских событий 1917 года Дудкин был постоянным членом Комиссии по наблюдению за постройкой кораблей в Черном море по подводной части.
Он лично инспектировал ход работ по постройке новых подводных лодок на верфи в Николаеве.
В качестве жеста доброй воли Морской штаб при Добровольческой армии немедленно подготовил распоряжение откомандировать в помощь к Дудкину в Ейск несколько морских офицеров — помочь кубанцам в создании морских сил для борьбы с большевиками.
По согласованию с союзниками-кубанцами, начальником охраны побережья Азовского моря от Ростова Морским штабом при ВСЮР был откомандирован капитан 1-го ранга Николай Николаевич Дмитриев.
Результаты взаимной работы не заставили себя ждать. 2 августа 1918 года два буксира, укомплектованные морскими офицерами, вышли из Ейска для высадки в Приморско-Ахтырской десанта казаков.
Высадившись, лихие кубанцы освободили от большевиков всё морское побережье, вплоть до Таманского полуострова, где в то время стояли германские части.
Необходимо констатировать, что выход Вооруженных сил Юга России к морю не принес в целом каких-либо серьезных сдвигов в их стратегическом положении.
Впереди лежала еще огромная работа по восстановлению и вооружению имеющегося немногочисленного плавсостава, нуждающегося в серьезном ремонте.
Все уцелевшие после потопления флота в Новороссийске корабли и коммерческие пароходы по-прежнему находились под контролем германского командования.
В Новороссийском порту оставались лишь несколько малых судов, для выхода которых на внешний рейд Морскому штабу при ВСЮР требовалось получать разрешение германского командования, с которым Главнокомандующий ВСЮР Деникин отказался иметь какие-либо официальные отношения.
И все же в Новороссийске было образовано Управление военного порта, штат которого стали пополнять прибывавшие на Юг страны морские офицеры, гардемарины и кадеты Морского корпуса.
Командиром порта был назначен капитан 2-го ранга Владимир Николаевич Потемкин, бывший командир Морской роты Добровольческой армии.
Главная задача, поставленная перед начальником порта командованием ВСЮР заключалась в вооружении снятыми с кораблей морскими орудиями нескольких бронепоездов и подбор для них соответствующих команд из числа моряков-артиллеристов.
По собственной инициативе сам Потемкин был впоследствии назначен командиром бронепоезда «Князь Пожарский», в январе 1919 года его сменил контр-адмирал Александр Михайлович Клыков, позднее командовавший портом в Евпатории и затем бывший начальником 3-го отряда судов Черноморского флота.
При ставке Главнокомандующего в Екатеринодаре было организовано Морское управление во главе с временным начальником капитаном 1-го ранга Виктором Ивановичом Лебедевым.
С декабря 1919 года на должность пришел более опытный штабист — вице-адмирал Александр Михайлович Герасимов, вышедший на эту должность из отставки, полученной им у Временного правительства еще в 1917 году. Помощником Герасимова стал Лебедев.
По приходу на новый пост Герасимов сразу отдал приказ старшему лейтенанту Анатолию Петровичу Ваксмуту, бывшему командиру канонерской лодки «Кубанец», входившей в то время в состав Донской флотилии, находившемуся в Новороссийске с группой офицеров-энтузиастов, отправиться в Севастополь и под любым предлогом получить в распоряжение флота ВСЮР полноценное боевое судно.
Причиной для формирования делегации и отправки её на переговоры к украинским властям стала предпринятая ранее безуспешная попытка получить от украинских властей военное судно при посредстве самого Деникина.
Главнокомандующий ВСЮР направил личное письмо адмиралу Василию Александровичу Канину, представителю русского военно-морского командования на «независимой» Украине, с просьбой содействовать в этом вопросе в переговорах с германцами, оставшееся без ответа. Впоследствии Канин слался на занятость, что не противоречило действительности, ибо незадолго до описываемых событий в Симферополе образовалось марионеточное крымское правительство, не признававшее генерала Деникина и претендовавшее на русское военное имущество, оставленное в Севастополе.
Вице-адмирал Канин, которого Деникин еще недавно назначал командующим флотом ВСЮР, оказавшись в удалении от начальства, повел себя двусмысленно и даже фрондировал против самого Деникина, словно бы желая показать свою полную независимость от военного командования ВСЮР в Екатеринодаре. Впоследствии в оправдание своих дерзких действий адмирал докладывал Деникину о трудностях положения русского флота, возникших в ходе переговоров с крымским правительством и поглотивших все свободное время адмирала. Трудности состояли в том, что крымчане воспротивились переводу русских военных кораблей в Новороссийск, а также на судоремонтном заводе в Николаеве вспыхнула подготовленная большевиками в подполье забастовка рабочих, что нарушило все сроки восстановления направленных туда кораблей.
Для умиротворения бунта Канину, по его словам, пришлось найти и командировать нескольких красноречивых офицеров для увещевания местных стачечных комитетов продолжить так нужную фронту работу.
Ситуация на Черном море и без того была непростой.
Частные судовладельцы, желая избежать реквизиций и национализации собственности, под разными предлогами стремились вывести свои пароходы за Босфор и Дарданеллы.
Во избежание подобного Морской штаб при ВСЮР опубликовал запрет для владельцев пароходов выводить их в Черное море без особого разрешения.
Союзники, в свою очередь, захватили все коммерческие транспорты из числа призовых австрийских и германских пароходов, оставив на долю Добровольческой армии лишь немногие маломерные суда.
