Поскольку скрыть от советского командования немецкие приготовления не удалось, Ставка и руководство 3-го Украинского фронта, используя возможности агентурной и войсковой разведки, пристально следили за развитием ситуации.
Так, как уже упоминалось, две дивизии 6-й танковой армии СС (1-я танковая СС «Лейбштандарт Адольф Гитлер» и 12-я танковая СС «Гитлерюгенд») 17–18 февраля 1945 года были засечены в полосе 2-го Украинского фронта во время боев на плацдарме на реке Грон, севернее Эстергома. Затем радиоразведка засекла передвижение этих соединений в южном направлении. По агентурным данным в феврале 1945 года была выявлена переброска через Мюнхен на Секешфехервар 2-й танковой дивизии СС «Дас Рейх» и 9-й танковой дивизии СС «Хохенштауфен». В период с 18 по 25 февраля в районах Копривница, Дьюрдьевец, Вировитца была выявлена работа четырех штабов танковых дивизий противника. Из показаний ряда пленных стало известно также о подготовке нового немецкого наступления и выдвижении свежих танковых частей в район Секешфехервара. На основе этих, а также ряда других сведений советское командование сделало вывод о подготовке немецкого наступления, начало которого 3-й Украинский фронт ожидал в период не позднее 10–12 марта 1945 года.
Исходя из создавшейся обстановки и целей, которые ставил себе противник в январских наступлениях, командование 3-го Украинского фронта считало вероятными следующие действия немцев:
«1. Если противник все же окажется вынужденным ослабить свои силы на юге переброской части соединений на север — удар из района Секешфехервар между озерами Веленце и Балатон — с целью измотать наши силы и сделать их на длительный период времени не способными к решению активных задач. Таким образом обезопасить себя на юге, и создать возможность переброски части сил с южного участка фронта.
2. Если противник, независимо от своего поражения в Померании, Бранденбурге и Силезии, все же будет направлять свои главные активные усилия против наших войск на плацдарме правого берега Дуная — концентрический удар крупными, главным образом танковыми силами, из района Секешфехервар, из района Надьканижа и с южного берега р. Драва из района Осиек, Дольни-Михольяц с задачей: разгромить войска 3-го Украинского фронта, отбросить их за Дунай и этим на длительный срок гарантировать безопасность направлений на Вену и Грац. Удар может быть нанесен как одновременно с трех направлений, так и разновременно».
При этом предполагалось три варианта действий противника.
Первый вариант — удар из района Надьканижа на восток и с участка Осиек, Дольни-Михоляц через реку Драва на север вдоль Дуная с целью отвлечь силы правого крыла 3-го Украинского фронта, и этим обеспечить успех главного удара из района Секешфехервар. Главный удар наносился на восток и юго-восток тогда, когда будет отвлечено достаточно сил с правого крыла фронта. При этом немецкие войска должны были выйти к Дунаю, разрезав 3-й Украинский фронт надвое. При этом ожидалось нанесение главного удара южнее озера Веленце (хотя не исключалась возможность удара и севернее озера). В дальнейшем ожидалось нанесение удара южнее Дуная с задачей разгрома правого крыла 3-го и левого крыла 2-го Украинских фронтов.
Второй вариант — нанесение противником удара южнее озера Веленце с теми же задачами, что и в первом варианте, с одновременным сковыванием войск фронта южнее озера Балатон и на реке Драва.
Третий вариант — нанесение противником одновременного удара со всех трех направлений, с главным ударом из района Секешфехервара.
К концу февраля 3-й Украинский фронт в своем составе имел пять общевойсковых армий, один армейский корпус, одну воздушную армию и четыре отдельных корпуса: 4-ю гвардейскую, 26, 27, 57, 1-ю Болгарскую армии и 12-й армейский корпус 3-й югославской армии, 17-ю воздушную армию, два танковых (18 тк и 23 тк), один механизированный (1 гв. мк) и один кавалерийский (5 кк) корпуса — 407 357 человек, 6163 орудий и минометов (без реактивной артиллерии), 407 танков и САУ и 965 самолетов. Учитывая необходимость отразить сильный удар противника, обладавшего большим количеством тяжелых танков, командующий войсками фронта Маршал Советского Союза Ф. И. Толбухин решил создать глубоко эшелонированную оборону. В первый эшелон он выделил 4-ю гвардейскую, 26, 57-ю и 1-ю Болгарскую армии, во второй — 27-ю армию. В резерве фронта находились: 18-й и 23-й танковые, 1-й гвардейский механизированный и 5-й гвардейский кавалерийский корпуса.
В соответствии с полученными сведениями о предстоящем наступлении германских войск, приказом по фронту № 0012сс от 20 февраля войска 3-го Украинского фронта получили указание быть готовыми к отражению удара противника с одновременным продолжением подготовки к предстоящему наступлению. 24 февраля командующий 3 УФ оповестил войска о возможной массированной атаке танков противника как в дневное, так и в ночное время. 25 февраля штабом был подготовлен и разослан в войска особый документ — инструкция «Указания по организации противотанковой обороны». В соответствии с ним и началась организация многоэшелонированной обороны фронта.
Занимаемый войсками 3-го Украинского фронта плацдарм на правом берегу Дуная, несмотря на большие его размеры, все же ограничивал маневр войсками и усложнял работу тылов по обеспечению войск всем необходимым. Тем не менее пересеченная местность, наличие большого количества каналов и рек способствовали созданию прочной обороны с рядом оборонительных полос и рубежей. На плацдарме имелось большое количество шоссейных и грунтовых дорог, при этом последние из-за весенней распутицы были почти непроходимы для колесного транспорта. В первой половине марта 1945 года стояла пасмурная погода, часто шли снег с дождем, а по утрам густые туманы, температура воздуха колебалась в пределах +4–7 градусов.
На многих участках фронта имелись районы, пригодные для скрытного размещения войск. Однако на участке между озерами Веленце и Балатон, там, где ожидался главный удар немцев, местность в районе переднего края частей 3-го Украинского фронта была равнинной, затруднявшей установку и маскировку орудий, выдвинутых для стрельбы прямой наводкой. Кроме того, наличие большого числа рек, заболоченная местность и неглубокое залегание грунтовых вод не позволяло отрывать окопы для пехоты, орудий и наблюдательные пункты полного профиля. Поэтому приходилось укреплять дно настилами, особенно под колесами орудий, а для увеличения глубины укрытий сооружать насыпи, земляные стенки, заборы и т. д.
По указанию командующего фронтом армии первого эшелона создали многополосную, позиционную оборону на всю глубину плацдарма. Общая глубина подготовленной обороны равнялась 25–50 км на правом крыле фронта ввиду ограниченности размеров плацдарма и 100–120 км на левом крыле фронта. Силы и средства 3 УФ были глубоко эшелонированы. Войсками занимались три оборонительные полосы и частично фронтовой оборонительный рубеж.
Тактическая зона обороны имела глубину 10–15 км и включала две оборонительные полосы, ряд промежуточных и отсечных позиций (по терминологии того времени — рубежей), противотанковые районы и развитую систему инженерных заграждений. В оперативной глубине была подготовлена армейская тыловая полоса обороны. Боевые порядки соединений и частей на главном направлении строились в два эшелона с наличием сильных танковых и противотанковых резервов и подвижных отрядов заграждений.