Григорий сначала, по-видимому, колебался, чью сторону принять. Он даже собирался отправиться в Германию, чтобы по совести разрешить спор между Генрихом и Рудольфом Габсбургом. Но в январе 1080 г. Рудольф одержал победу в крупной битве, и в марте папа решил на синоде снова объявить Генриха лишенным власти и королевского звания. Однако военное счастье переменчиво, и Рудольф получил в новом сражении тяжелую рану, от которой вскоре скончался. Положение папы пошатнулось в ту самую минуту, когда он готовился торжествовать.
Великопостный синод 7 марта 1080 г. открыл новый и последний период понтификата Григория. В форме молитвы, обращенной к обоим «апостольским князьям», папа отлучил короля от Церкви. Суровые слова отлучения, в которых с максимальной яркостью выразились притязания папы на вселенское господство, не могли скрыть того, что для этого отлучения не было достаточно веских оснований. Прежде всего, явной неправдой прозвучало утверждение, что Генрих якобы постоянно препятствовал дипломатическому посредничеству; имелись и другие подтасовки. Все границы понтифик перешел, когда предрек скорую смерть короля в случае, если тот не покается. Его действия теряли эффектность из-за своей неоднократной повторяемости. Кроме того, ужесточение светской инвеституры для низших степеней священства создало ему новых противников. Таким образом, церковное собрание 1080 г. явилось поворотным моментом долгого правления Григория. Большая часть ломбардского и немецкого епископата перешла теперь на сторону Генриха. На двух синодах, в Бамберге и в Майнце, папе было отказано в послушании.
Даже провозглашение мятежниками нового антикороля не могло поколебать твердость позиции Генриха IV.
Возвращая Григорию все удары, король решил создать антипапу, как тот создавал антикоролей. Такой сильной фигурой стал Виберто Пармский, кардинал Равенны, принявший имя Климент III (1029–25.6.1080–1100).
Виберто, или Виберт родился в Парме, в знатной семье, родственной маркграфам Каноссы. В юности он принял духовный сан и в 1057 г. был назначен императрицей-регентшей Агнессой имперским канцлером Италии. В этом качестве Виберт поддержал избрание в 1058 г. кандидата «партии реформ» Николая II в противовес антипапе Бенедикту X. Некогда имперский наместник в Италии, самый деятельный сторонник Кадала и заклятый враг Гильдебранда, Виберт был молод и выделялся своим честолюбием, умом и энергией. К концу правления Александра II Виберт с большой ловкостью сумел получить кафедру архиепископа в Равенне. На соборе 1074 г. он как лицо, казавшееся вполне лояльным, занял подобающее ему место по правую руку папы, которого в действительности ненавидел. Человек знатный, образованный, одаренный государственным умом, честолюбивый Виберт давно мечтал о тиаре, надеясь отнять ее у Григория.
Но римляне остались верны папе, которого сами избрали, и вскоре Климент III вынужден был укрыться в Тиволи, так и не получив в этот раз тиары.
Двинувшись на помощь своему ставленнику, в 1081 г. король приступил к Вечному городу. Римляне были готовы сражаться за Григория VII, и Генриху пришлось отступить. Та же ситуация повторилась в следующем году. Немецкий поход спровоцировал феодальный мятеж в Апулии, а капуанский князь Жордан I (князья Капуи традиционно играли важную роль в политической борьбе вокруг папского престола) принёс присягу императору. По призыву Григория VII в Италию спешно вернулся с Балкан Роберт Гвискар; не дожидаясь прихода нормандской армии, император снова отступил. Климент III остался в Тиволи, продолжая угрожать Риму.
Третий поход Генриха IV против папы (1083) чуть было не стал для Григория VII роковым. Имперская армия захватила Ватикан с собором Св. Петра и утвердилась на правом берегу Тибра. Григорию VII удалось укрыться в укреплённом замке Св. Ангела в левобережной части Рима, которая сохранила ему верность. Попытка короля собрать Собор для примирения противоборствующих пап закончилась безрезультатно: Григорий VII не соглашался на присутствие на Соборе отлучённых им епископов, а император, в свою очередь, не допустил к участию явных сторонников Григория.
Положение папы продолжало ухудшаться. Его противодействие плану проведения Собора вызвало в начале 1084 г. всеобщее движение заговорщиков в Риме, к которому присоединились даже тринадцать кардиналов.
Генрих решил сразить врага политическим актом, совершенным в самом Вечном городе. С этой целью он собрал своих римских сторонников, нобилей и епископов. Григорию было предложено явиться на Собор; когда же он отказался, его объявили низложенным. Затем, исполнив все установленные формальности, Собор провозгласил папой Виберта.
В Вербное воскресенье Виберта отвели в Латеран, и ломбардские прелаты посвятили его в сан римского епископа. Затем в базилике Св. Петра после слабого сопротивления сторонников Григория Климент возложил на Генриха и его супругу Берту императорские короны. В пределах Рима и городской территории распоряжения Климента почти не встретили сопротивления, и с той поры судебные акты стали помечаться понтификатом этого папы. Он учредил свой сенат из кардиналов и вместо семи латеранских епископов назначил своих людей. Антипапа сумел не только укрепить позиции в Италии и Германии, но и на время добиться послушания в Англии, Венгрии и Хорватии. Кардиналы пользовались схизмой, чтобы активизировать собственное участие в управлении Церковью.
Соотношение сил соперничающих первосвященников постоянно менялось: если удача была на стороне Григория, Климент удалялся в Равенну.
В перипетиях нескончаемой борьбы Григорий был снова осажден императором в Риме. Римляне, которые так долго оставались ему верны, на этот раз не собирались проливать за него кровь. Запертый в замке Св. Ангела папа в отчаянье призвал на помощь своего вечного защитника Роберта Гвискара. Тот, сознавая опасность, которая грозила ему самому в случае низложения Григория, скоро явился в сопровождении тридцати тысяч пехотинцев и шести тысяч всадников. В эту армию, прибывшую на защиту Римской церкви, входило несколько отрядов мусульман. За измену законному папе Гвискар отдал мятежный город на разграбление своим солдатам. Рим подвергся всем ужасам резни и насилий. Римляне ответили бешеным сопротивлением. Свирепые воины Гвискара предали Вечный город безжалостному разорению и подожгли деревянные постройки. Когда пожар прекратился и битва стихла, перед глазами Григория открылась картина Рима, превращенного в дымящееся пепелище. Сожженные церкви, разрушенные улицы, тела убитых римлян явились безмолвным обвинением папы. Ему пришлось отвести взгляд, когда перед ним проходили сарацины, гнавшие в свой лагерь толпы связанных римлян.
Уже несколько веков Рим не переживал столь страшного опустошения. Гнев римлян обратился на папу, выбравшего таких страшных защитников. Он больше не мог оставаться в городе, разграбленном и обезлюдевшем из-за него, и бежал вместе с нормандцами из Рима, чтобы никогда уже туда не вернуться.
Климент III после ухода нормандцев вновь занял Вечный город. Противоборство с Григорием VII закончилось победой антипапы.
Сначала папа приютился у своего друга, аббата Монте-Кассино Дезидерия. Затем в Салерно, куда он перебрался вслед за Гвискаром, Григорий созвал синод и повторил анафему на Генриха IV, Климента III и их приверженцев. Этот слабый жест не произвел впечатления ни на Италию, ни на Европу. Его «щит и меч», Роберт Гвискар не мог помочь ему вооруженной рукой: как раз сейчас он предпринял поход против Византии.
