31 марта 1146 г. Бернар обратился с речью к собранию в Везеле, созванному Людовиком VII, с одной из самых судьбоносных своих речей. Его воззвание вдохновило собравшихся, и уже к вечеру число будущих крестоносцев превзошло количество заготовленных заранее крестов. Бернару и его спутникам пришлось рвать собственные монашеские одеяния на лоскуты для крестов.
Из Везеля Бернар Клервоский отправился на север — в Шалонна-Марне и далее через Лотарингию во Фландрию. Оттуда он льстиво обратился к жителям Англии: «Спаситель небесный теряет свои земли, земли, где он явился перед людьми и где более тридцати лет жил среди людей… Всем известно, что ваша земля богата молодыми и сильными мужчинами. Весь мир восхваляет их достоинства, и слава об их отваге на устах у всех…». Затем Бернар двинулся в Германию, призывая к крестовому походу в переполненных церквах. В Шпейере после долгих колебаний, без всякого рвения крест принял и король Германии Конрад III. Это расстроило Евгения III; он надеялся на помощь ещё не коронованного императорской короной Конрада против мятежного Рима. Тем не менее папа не решился критиковать Бернара, нарушившего его прямые инструкции, и благословил германского короля на участие в походе.
Впрочем, уже было известно, что враги христиан и христианства существуют не только в Святой земле. Испанцы и португальцы, не сомневаясь, отождествляли с крестовыми походами свою нескончаемую борьбу с мусульманами на Пиренейском полуострове. Они смогли убедить папу обещать добровольцам, сражающимся в этих странах, духовные преимущества, сходные с теми, что гарантировались защитникам Иерусалима. Германцы и датчане, воодушевленные Бернаром, напали на своих старинных врагов к востоку от Эльбы. Евгений III объявил весной 1147 г. буллой «Divini dispensation» крестовый поход против вендов и обещал участникам этой экспедиции отпущение грехов. Вендский крестовый поход был направлен против оплота славянского язычества и открывал путь Западной церкви для широкого проникновения на европейский Восток.
В однообразно бурный восьмилетний понтификат Евгения III папству пришлось вплотную столкнуться с политическим олицетворением еретических идей. Итальянские города, образовавшие вслед за Римом коммуны, изгнали наследственных властителей и перешли к республиканской форме правления. Римляне отказывались повиноваться своему епископу-папе и демонстративно игнорировали высшее духовенство.
В конце января 1146 г. Евгений III принужден был бежать от своих мучителей в замок Св. ангела. Изнемогая, подобно Геласию, под бременем жизни, Евгений оплакивал свою судьбу и, вздыхая, повторял слова Бернара, что римскому пастырю приходится пасти не «овец св. Петра, а волков, драконов и скорпионов». Однако в этих сложных обстоятельствах в папе открылись незаурядные административные и дипломатические способности, которые на протяжении всего понтификата помогали ему успешно разрешать возникающие трудности. В его трудах ему усердно помогали кардиналы Роберт Пулл, основатель Оксфордского университета, и Роландо Бандинелли.
Получив финансовую и военную поддержку от своих сторонников, Евгений III смог добиться изгнания правительства Пьерлеони и вернуться в Рим. По условиям соглашения, заключенного с республиканцами, ежегодно избираемые горожанами сенаторы сохраняли за собой контроль над городом, но приносили присягу папе, а в спорных случаях папа имел право вмешиваться в вопросы городского управления.
Однако все эти обещания оставались только словами. В марте Евгений уже вынужден был перебраться в Сутри, и в мае — в Витербо, где оставался до конца года. После того он направился в Пизу, а в марте 1147 г. через Ломбардию бежал во Францию.
Здесь он покончил со скандалом вокруг назначения архиепископа Йоркского: отрешил Вильяма Фиц-Герберта от поста и назначил на его место цистерцианца Генриха Мердака. Однако нового архиепископа отказался признать дядя Вильяма, английский король Стефан Блуаский. По некоторым сведениям, король рассчитывал в обмен на согласование кандидатуры папского претендента склонить епископа Кентерберийского, примаса Англии, короновать его сына Евстахия Булонского как соправителя. Однако этого добиться ему не удалось, и противостояние Стефана и Папской курии продолжалось несколько лет.
Тем временем Арнольд Брешианский продолжал смело проповедовать свое учение по городам Италии. Когда в Риме началось движение за восстановление республики, друзья призвали его на помощь. Сначала он дал обет смириться и молчать и был даже снова присоединен Евгением III к Церкви. Но поскольку ситуация, по мнению республиканцев, благоприятствовала завоеванию свободы, Арнольд выступил перед народом и, уже не думая более о клятве, данной папской курии, стал снова излагать римлянам свое прежнее учение.
Пламенные проповеди Арнольда, восславлявшего добродетели раннего христианства, привлекли к нему низшее духовенство, а красноречиво нарисованные величественные картины античной республики с ее господством над миром усиливали энтузиазм римлян. Арнольд реставрировал Капитолий, восстановил сенат и сословие всадников и продолжал убеждать церковных иерархов отказаться от своих владений и политической власти. В ответ на Реймсском соборе 1149 г. Евгений III снова обратился к светским правителям с требованием принять участие в уничтожении еретических учений. Но он частично признал конструктивную критику трибуна и огласил декрет, предписывающий духовенству вести аскетический образ жизни. В частности, этим декретом прелаты лишались права носить меха. Однако, высмеянный молодым немецким священником Рейнальдом Дассельским, папа тут же отказался от своей смелой инициативы.
Второй крестовый поход, это совместное детище Евгения и Людовика Французского под эгидой Бернара Клервоского, потерпел позорную неудачу. «И замыслы, и исполнение его были ужасны». «Любимый сын Церкви» французский король переживал бесславное окончание крестоносной авантюры и крушение семейной жизни с Алиенорой Аквитанской; он не желал вмешиваться в итальянские дела. Евгений III лично утешал короля и предпринял попытку сохранить распадающееся супружество. Папа поклялся, что никогда не расторгнет этот союз, но в 1152 г. под давлением Бернара, которому было дело до всего на свете, был вынужден нарушить своё слово и аннулировать королевский брак.
Теснимый республиканцами Евгений III все-таки нашел себе защитника в лице Рожера II Сицилийского, сумел вновь войти в Рим и даже отпраздновать Рождество 1149 г. в Латеранском дворце. С тех пор, не вполне доверяя Рожеру, папа все-таки рассматривал его как полезного союзника. Но сторонники Арнольда Брешианского были несоизмеримо сильнее, и папа вновь вынужден был бежать из Рима.
Последующие годы папа и его двор вели кочевую жизнь, перемещаясь из одного города Папской области в другой. Личные переговоры Евгения III и Рожера II в Чепрано остались безрезультатными. За признание своей легитимности король готов был поступиться правом назначать сицилийских епископов, допускать в королевство посланцев папы и даже действовать вместо папских легатов. Папа не пошел на соглашение, надеясь на союз с вернувшимся из крестового похода Конрадом III. В случае покорения Рима он обещал ему императорскую корону. Но германский король, на которого так рассчитывал папа, тяжело заболел в походе и по возвращении домой в феврале 1152 г. умер, так и не коронованным. Однако он завещал своему племяннику и преемнику Фридриху Гогенштауфену, за рыжую бороду прозванному Барбароссой, немедленно отправиться на коронацию в Рим.
