Он с почетом проводил датского королевича восвояси и перестал думать об иноземных женихах для сестер.
Его собственный брак был обставлен в соответствии со старыми обычаями: устроен всероссийский смотр невест.
Юный царь сразу выбрал дочь касимовского дворянина Руфа Всеволжского Ефимию и не хотел никого другого. Ее кандидатура категорически не устраивала воспитателя царя, боярина Морозова. Он употребил всю силу убеждения, чтобы расстроить этот союз, но податливый во всех других делах Алексей в вопросе о собственной женитьбе оставался непреклонен. Ефимия была взята во дворец и наречена царевной. Морозову пришлось пойти на крайние средства: теремные боярыни, заплетая царевне косу, сильно перетянули волосы. От боли девушка лишилась чувств. Ее объявили «порченой» и, как водится, вместе со всей семьей отправили в ссылку в глухомань. Чтобы утешить расстроенного воспитанника, Морозов предложил ему на выбор двух сестер Милославских.
Характерно, что во многих российских родословиях дом Милославских не упоминается вообще. Другими словами, царствующая династия постаралась искоренить память о высоком происхождении первой жены Алексея Михайловича, чтобы не возникало нежелательных сравнений с очень скромным происхождением его второй супруги. Милославские происходили от знатного литовского выходца Вячеслава Сигизмундовича, прибывшего в Москву в свите Софьи Витовтовны, невесты великого князя Василия Дмитриевича. Его внук Терентий Федорович принял фамилию Милославский. В роду Милославских были воеводы, бояре, один из них стал сибирским наместником.
Алексей выбрал старшую сестру Марию. Морозов утаил, что она на пять лет старше царя. 16 января 1648 года сыграли царскую свадьбу.
А боярин Морозов женился на младшей Милославской, Анне, годящейся ему по возрасту во внучки, и в одночасье стал свояком царя — на этом и строился весь расчет.
Молва приписывала Марии Милославской умение колдовать. Ходили слухи, что вместо левой ноги у царицы раздвоенное копыто — проявление ее нечеловеческой сущности. Такой причиной объясняли суеверные россияне исключительную привязанность, которую, как считали, царь на протяжении всех двадцати лет брака испытывал к жене. С другой стороны, поговаривали, что Мария очень старалась, но никак не могла угодить супругу: все ему было не так; видно, не мог забыть первую любовь.
Морозову Алексей Михайлович не простил интриги по устранению любезной ему Всеволжской и навсегда отдалил от себя. По-видимому, Ефимию он действительно помнил и сразу после свадьбы распорядился Всеволжских из ссылки освободить. Отца девушки царь назначил воеводой сначала в Верхотурье, затем в Тюмень. Но долго порушенная невеста не прожила — после позора и бесчестья отпущено ей веку было всего десять лет.
Алексею Михайловичу был необходим человек, к советам которого он бы прислушивался и на которого мог всецело положиться.
Еще в 1646 году он познакомился с архимандритом Новоспасского монастыря Никоном. Пораженный сильным, страстным характером этого энергичного и волевого человека, царь оставил его при себе, несмотря на то что тот был простой волжский мужик — «в миру мордовский крестьянин Никита Минов».
С 1651 года влияние Никона на царя стало полным и неоспоримым. Он получил сан митрополита. Этот крутой нравом священнослужитель сумел силой убеждения подвести под свою руку вечно колеблющегося царя.
Через год, 25 июля 1652 года, митрополит был «без жеребия» посвящен в патриархи, другими словами, стал главой российской Церкви. Но он принял власть при условии «еже во всем его послушати и от бояр оборонить и его волю исполнять». Алексею Михайловичу пришлось обещать, что отныне он не будет вмешиваться в дела Церкви и духовенства. Никон умело направлял стремления царя на дела военные, поскольку в отсутствие государя патриарх становился единственным главой государства Московского.
Никон начал церковные реформы. Они, в общих словах, заключались в проведении богослужения по греческому образцу вместо древнерусского. Крестное знамение следовало теперь творить не двумя, как раньше, а тремя перстами. У Никона была почти болезненная склонность все переделывать и переоблачать по-гречески, как у Петра впоследствии страсть всех и все переодевать по-немецки или по-голландски.
Когда была напечатана первая исправленная Никоном книга «Служебник церковный», народ с любопытством стал ее читать. Она понравилась далеко не всем. Те, кто отринул идеи Никона, отмежевались от тех, кто одобрил исправления.
Произошел церковный раскол.
Притягательная и обаятельная для масс сила противников Никона заключалась в том, что они являлись борцами и защитниками родной, попираемой Никоном старины, борцами, как сказали бы теперь, за русскую самобытность, которой угрожало гибелью введение иностранных новшеств. Отделившиеся, назвавшись православными староверами, или раскольниками, настолько не переносили своих прежних братьев по вере, что даже не желали есть и пить с ними из одной посуды, не ходили в церкви, где служили по новым книгам, не слушали священников тех церквей.
Царь принял сторону Никона.
Но когда патриарх заявил, что власть церковная выше власти светской и попытался взять на себя функции государя, между Никоном и царем произошел разрыв. Никон желал или все, или ничего. Он отказался от сана, не добившись так манившего его слепого послушания монарха, и демонстративно удалился в Воскресенский монастырь, надеясь, что царь его вернет. Но этого не случилось.
Царь хотел править самовластно, хотя его власть имела пределы.
Страшным потрясением для него оказалось общение с собственными подданными во время Соляного бунта. Тогда ему, помазаннику божьему, чтобы спасти собственную жизнь, пришлось выдать на растерзание толпе близких ему людей: Леонтия Плещеева, Назария Чистого, Петра Траханиотова.
Еще более мучительные воспоминания вызывали события Медного бунта, когда 25 июля 1662 года толпы людей двинулись к царю в Коломенское. Выпуск новых денег всколыхнул всю Москву, замена серебра медью разорила слишком многих. Толпа потребовала разговора с государем, и Алексею Михайловичу пришлось бить по рукам в подтверждение своего обещания выполнить все требования. Царя держали за платье, за пуговицы, есть сведения, что его «валяли». Толпа не обратила внимания, что разговоры тянулись слишком долго — к Коломенскому успели подойти стрелецкие полки. Посадские люди были полностью разгромлены: одни убиты, другие потоплены в Москве-реке, третьи искалечены, а остальные разогнаны.
В царствование Алексея Михайловича пришла на Русь «черная смерть» — моровое поветрие, унесшее едва ли не половину жителей страны.
В марте 1669 году умерла горячо любимая жена Мария Милославская, родившая ему шесть дочерей и пять сыновей. Казалось, с таким количеством потомков мужского пола будущее династии обеспечено. Но старший сын Дмитрий умер сразу после рождения. Наследником был объявлен второй по старшинству царевич Алексей, который тоже прожил недолго. В год смерти матери скончался третий сын, Семен. В живых остались царевичи Федор, мальчик умный и интеллектуально развитый, и Иван, который с физической немощью соединял определенные странности поведения, что давало основания заинтересованным лицам обвинять его в умственной недоразвитости. Выжившие дочери — Екатерина, Федосья, Марфа, Мария и Софья на здоровье не жаловались.