Отец Зои Фома поддержал старшего брата Иоанна и заключенную по его инициативе унию с католиками. Поэтому напрашивается предположение, что родившаяся в середине 40-х гг. Зоя уже была крещена как униатка. Но полностью католичкой она не считалась, поскольку по сути была православной верующей. Ведь согласно унии православные верующие сохраняли свои основные обряды.
Старшая сестра Зои Елена, появившаяся на свет в 1432 г., вероятно, вообще была чисто православной. Ее рано выдали замуж за сына сербского короля Георгия Бранковича — Лазаря — полностью православного. После кончины отца в 1456 г. Лазарь сел на королевский трон вместе с супругой. Но его правление длилось всего два года — до 1458 г., поскольку Сербия была завоевана турками. В ходе боев король Лазарь погиб. Поэтому молодой вдове пришлось переехать в Рим под покровительство католического духовенства
.
Можно предположить, что в течение всего детства Зоя испытывала страх перед турками. Ведь те нередко нападали на различные территории Византийской империи, грабили и убивали взрослое население. Детей и молодых девушек уводили в плен, чтобы сделать рабами. Некоторые византийские правители, желая задобрить завоевателей, отдавали своих дочерей в султанский гарем. Такая участь наверняка пугала юную царевну.
Хотя в 1449 г. на византийский престол сел энергичный царевич Константин, всем было ясно, что судьба империи зависит от настроения турецкого султана. В 1450 г. скончался достаточно миролюбивый Мурад II. Его преемником стал воинственный Магомет II (1451–1481), который даже получил прозвище Завоеватель. Он был сыном наложницы-армянки, поэтому только путем упорной борьбы с многочисленными братьями смог получить верховную власть. В глазах народа он стремился все время доказывать, что достоин престола. Поэтому завоевание Константинополя стало для него главной целью
.
Таким образом, честолюбивые планы нового султана окончательно решили судьбу византийской столицы и императора Константина. Осада города турками весной 1453 г. в течение 57 дней закончилась его захватом и разграблением 29 мая. В ходе последних ожесточенных боев император Константин погиб вместе с большинством его защитников
.
Отец Зои деспот Фома не помог старшему брату императору, несмотря на его многочисленные просьбы. Он собирался оборонять только свои владения, не понимая, что с огромной турецкой армией ему не справиться.
В Морее достаточно быстро узнали о случившейся в Константинополе катастрофе. Ведь на Пелопоннес хлынула толпа беженцев. Среди них был ближайших помощник и советник нескольких императоров опытный политик Франзи. Он вошел в окружение деспота Фомы и занялся сочинением важного труда — истории династии Палеологов.
Можно предположить, что любознательная Зоя не раз беседовала с седовласым старцем и узнавала от него много интересного о своих предках. Поэтому, став женой Ивана III, византийская царевна никогда не забывала о том, что стоит на более высокой ступени иерархической лестницы, чем великий князь Московский.
Опытный Франзи несколько лет занимался обучением юной принцессы, поскольку первый сын Фомы, Андрей, родился лишь в 1453 г. Наверняка учитель познакомил Зою с очень популярным в то время учением Плифона, которое касалось основ устройства государства. Этот философ полагал, что любая страна будет процветающей лишь в том случае, если общество в ней разделится на три группы. В первую должны входить крестьяне — главная рабочая сила государства. Вторую должны составлять торговцы и ремесленники. В третью следует входить тем, кто занимается обороной границ и управлением, а также духовенство. При этом члены групп не должны смешиваться друг с другом и выполнять несвойственные им функции. Например, крестьянам не следует заниматься обороной, а воинам — ремеслом или торговлей.
Во главе всех групп полагалось стоять императору — главному собственнику земли в стране. Он должен был наделять ею крестьян. Взамен тем надлежало отдавать две трети собранного урожая на нужды страны. Кроме того, им следовало содержать воинов, если те получали землю в качестве оплаты за службу
.
Можно предположить, что Зоя с успехом освоила учение Плифона и потом, приехав в Россию, видимо, ознакомила с ним своего супруга Ивана III. Для него оно было особенно важным, поскольку с самого начала своего длительного правления государь занимался формированием Русского централизованного государства. Он не только стремился объединить под своей рукой все земли, когда-то входившие в Древнерусское государство, но и подавлял сепаратистские устремления удельных князей, своих родственников. Следуя учению Плифона, себя великий князь провозгласил главным собственником земли в стране и стал раздавать ее дворянам в качестве платы за воинскую службу. Часть земель на севере оказалась и у черносошных крестьян, которым следовало платить налоги в казну Другие сословия — ремесленники и торговые люди, к воинскому делу не привлекались, они приписывались к городам и должны были платить в казну налоги — тягло. Для правильного сбора налогов в правление Ивана III стали создаваться первые писцовые книги. При нем увеличился и штат дьяков, занимавшихся государственной документацией и некоторыми управленческими делами. При его отце, Василии II, всего этого не было.
Конечно, точных данных о том, что именно Софья Палеолог внушила Ивану III, как следует устроить государство, нет. Но хорошо известно, что именно при этом великом князе были заложены основы Русского государства, просуществовавшего два века до реформ Петра I.
В целом византийская царевна наверняка получила очень неплохое для своего времени образование. В ее распоряжении были и опытные учителя, и богатая библиотека, собранная греческими императорами за несколько веков, которую беженцы вывезли из обреченной на разграбление византийской столицы.
Исследователи отметили, что даже после взятия Константинополя турками политическая жизнь в Византии замерла не сразу. Еще существовали два государства Палеологов в Мо-рее, Фомы и Дмитрия, и Трапезундская империя Комнинов. Но их гибель была лишь отсрочена на несколько лет.
Поначалу Фома и Дмитрий признали себя вассалами султана и обязались платить ему дань в виде 12 тысяч золотых монет. Но потом оказалось, что собрать такую сумму сложно, поскольку население Морей было бедно и не желало подчиняться деспотам. К тому же в свите султана находился соперник Палеологов Мануил Кантакузин, чьи предки правили в Морее 50 лет назад. Он стал настраивать Магомета против Фомы и Дмитрия и убедил напасть на Морею, чтобы навести там порядок.
Дмитрий, имевший связи при султанском дворе, предложил в гарем Магомета свою дочь и согласился вместо земель в Морее довольствоваться островом Этнос. Фома же решил бороться с турками. К этому времени у него родился сын Андрей (1453), и по старшинству он сам имел права на императорский престол. В ответ на вооруженное выступление Фомы султан послал в Морею в 1460 г. отряд Хаган-паши. Тот начал один за другим захватывать греческие города. Фоме с семьей удалось бежать в крепость Монемвасия, жители которой присягнули венецианцам
.
Так юной Зое впервые пришлось испытать ужас перед возможностью оказаться в плену у безжалостных восточных завоевателей. Ей наверняка захотелось бежать как можно дальше от ставших опасными родных мест. В это время царевне было 15 лет.