Исследователи связали опалу на князей Патрикеевых и Ряполовского с улучшением положения княжича Василия. Возможно, что на вину князей указала Софья Фоминична и тем самым оправдала неудачи в замужестве Елены. Поэтому у Ивана III не оказалось причин для гнева на супругу и старшего сына. По данным некоторых летописей, в марте 1499 г. Василий тоже был наречен великим князем, но без помпезной церемонии. После этого он получил в управление Новгород Великий и Псков
.
Свидетельством улучшения отношений великого князя с Софьей стало новое посольство в Италию за специалистами. Его возглавили родственник Палеологов Дмитрий Ралев и М.Ф. Корочаров. Предварительно удалось договориться с польским королем Альбрехтом, братом Александра, и его родственником венгерским королем Владиславом о проезде московского посольства через их территории
.
Несомненно, что Софья Фоминична принимала большое участие в организации найма иностранных специалистов в Италии. Для этого она использовала свои родственные связи и собственный авторитет. Иностранцы видели в ней свою покровительницу в чужой стране и без особого страха отправлялись в далекую Россию.
Вскоре Иван III наглядно увидел, какую пользу для него приносят контакты с итальянцами, установленные супругой. Весной архитектор Алевиз Новый продолжил перестройку великокняжеского дворца и возвел несколько каменных палат с погребами и ледниками для хранения продуктов
.
По случаю снятия опалы с себя и сына в 1499 г. Софья сделала вклад в Троице-Сергиев монастырь — пелену «Голгофский крест с праздниками». Исследователи отметили не только оригинальность замысла создательницы этой вышивки, т.е. Софьи Палеолог, но пылкость ее религиозного чувства и склонность к богословию
.
Улучшением отношений с мужем позволили великой княгине поставить перед ним вопрос об устройстве семейной жизни уже подросших детей. В итоге 13 февраля 1500 г. состоялась свадьба второй дочери Феодосии. Ее мужем стал князь Василий Данилович Холмский из тверской династии
.
В Разрядных книгах сохранилось описание этой свадьбы. Тысяцким — главным распорядителем — был назначен князь Д.А. Пенка Ярославский, который входил в число ведущих бояр Ивана III. Несколько лет он был новгородским наместником, возглавлял Большой полк во время военных походов
.
Главным дружкой являлся князь боярин П.В. Нагой-Оболенский. Он также входил в число видных воевод великого князя
. Вторым дружкой был назначен окольничий И.В. Чеботов с помощниками братьями Осокиными. Конюшим стал Гридя Афанасьев, видимо, входивший в окружение самого князя Холмского. Во время церемонии венчания колпак должен был держать родственник Софьи Фоминичны Никита Ангелов, его помощником был тверской боярин И.И. Борисов
.
Анализируя состав участников свадебной церемонии дочери Софьи Фоминичны, можно сделать вывод, что среди них были и ведущие бояре Ивана III, и лица из окружения византийской царевны, и тверская знать со стороны жениха. Но в целом особой пышности в этой свадьбе не было. Причина заключалась, видимо, в том, что невеста «слишком засиделась в девках» — ей было уже 25 лет, да и жених для великой княжны был недостаточно знатен.
Продолжились поиски невесты и для старшего сына Василия. Подходящей кандидатурой показалась дочь датского короля Иоганна Елизавета. По этому поводу между странами начался обмен посольствами
. Но довольно длительные переговоры не дали положительного результата из-за разницы исповедания жениха и невесты. В 1502 г. датская принцесса вышла замуж за бранденбургского курфюрста
.
Софье Фоминичне, видимо, удалось убедить мужа в том, что ее дочь Елена находится в Литве в тяжелом положении. Супруг княжны любым путем пытался заставить ее отказаться от православия и принять католичество. Для этого он даже начал гонение на православных верующих по всей своей стране, но добился обратного результата. Наиболее видные представители знати просто бежали в Россию и стали настраивать Ивана III против Александра Казимировича. К тому же в 1499 г. Елена заболела и перестала отвечать на письма родителей. Вспыльчивый государь в итоге решил объявить войну своему родственнику
.
Первые же походы русских воевод на литовские земли оказались удачными. В июле 1500 г. в битве при Ведроше основные силы Александра были разбиты. Многие его воеводы, в том числе гетман князь Константин Острожский, попали в плен. Это очень обеспокоило родственников Александра, правивших в Венгрии и Чехии, и они стали посылать в Москву свои посольства, чтобы убедить Ивана III прекратить военные действия в Литве. Среди них неожиданно оказался и посол молдавского воеводы Стефана Великого, который не был заинтересован в ослаблении Великого княжества Литовского, считая эту страну союзницей в борьбе с турками
.
Двуличное поведение свояка, видимо, насторожило Ивана III. К тому же вскоре выяснилось, что тот задержал у себя итальянских мастеров, которых нанял Дмитрий Ралев и которые ехали в Москву на работу
.
Все это окончательно решило судьбу Дмитрия-внука и его матери Елены Волошанки. «Toe же весны, апреля 11, в понедельник, князь великий Иван положил опалу на внука своего великого князя Дмитрия и на его мать Елену, и от того дни не велел их поминати в октени и литиах, ни нарицати великим князем, посади их за приставы. Пожаловал князь великий Иван сына своего Василиа великим княжеством». Уже 14 апреля Иван III в присутствии митрополита Симона окончательно благословил Василия на великое княжение и посадил на великокняжеский престол. Правда, этот обряд был не столь пышным, как необычное венчание Дмитрия-внука, но он полностью соответствовал существовавшим ранее обычаям. Поэтому никто не мог усомниться в его законности
.
Некоторые исследователи полагали, что, провозгласив Василия наследником, Иван III нарушил существовавший порядок престолонаследия
. Однако это не так. Отец Дмитрия Иван Молодой не успел сесть на великокняжеский престол и этим лишил своего сына прав на него. Ведь еще Дмитрий Донской писал в своем завещании, что в случае кончины старшего сына, престол переходит к следующему по возрасту княжичу
.
Триумф старшего сына Василия означал полную победу Софьи Фоминичны. Но вряд ли она уже могла отметить это радостное событие. Здоровье великой княгини было сильно подорвано. Причиной были и частые роды, и борьба за престол для сына, и волнения за старшую дочь Елену, и безвременная кончина дочери Феодосии. Княжна скончалась 19 февраля 1501 г. в возрасте всего 26 лет, прожив в браке только год
.
Проблемы с престолонаследием и противоборство с супругой, видимо, сказались и на состоянии Ивана III. Поэтому 9 июня 1502 г. он покинул Москву и отправился в загородную резиденцию Воронцово. Там он пробыл полгода, до декабря. Раньше такой длительный отдых он себе никогда не позволял.
Водить полки в Литву впервые великий князь поручил третьему сыну Софьи — Дмитрию. Он уже был вполне взрослым 21-летним молодым человеком
.
Пока шла война с Литвой Софья Фоминична, несомненно, очень переживала за судьбу дочери Елены. Поэтому она наверняка вздохнула с облегчением, когда в марте 1503 г. между Россией и Великим княжеством Литовским было подписано перемирие на шесть лет. К этому времени, как уже отмечалось, Александр стал еще и польским королем, соответственно Елена — королевой.
