Первое время приближённые скрывали истину и распространяли ложные слухи о простуде государя. Утром следующего дня лейб-медик Л. Блюментрост, ещё раз осмотрев и опросив государя (при этом выявился очень характерный симптом — боль в области крестца), произнёс страшный врачебный приговор — натуральная оспа. В тот же день медики информировали царя об истинном характере его болезни. Были установлены ограничительные противоэпидемические меры в отношении окружающих, чтобы избежать распространения инфекции.
К 9 января оспенные высыпания стали подсыхать, лихорадка спала, сознание полностью прояснилось. Однако врачи не разделяли радости родных — они ждали дальнейшего развития болезни, прекрасно зная страшный «нрав» оспы.
Почувствовав некоторое улучшение, Пётр, которому не хватало воздуха, не слушая предостережений докторов, встал с постели и, подойдя к окну, распахнул его. Видимо, повторное переохлаждение усугубило прогрессирование инфекционного процесса — оспенные высыпания распространились с кожи на слизистые оболочки дыхательных путей. Каждый вдох стал для царя затруднённым и болезненным.
16 января после непродолжительной стабилизации состояния у больного вновь наступило ухудшение — возникли лихорадка с ознобом, бред. Пётр метался, постоянно прося пить. У постели государя находились врачи — братья Блюментросты, Н. Бидлоо. В ходе лечения возникали частые споры о целесообразности и очерёдности применения некоторых лекарств («декоктов», как тогда называли различные отвары). Однако все усилия лучших врачей империи оказались напрасными — 17 января они известили членов Верховного Тайного совета, что надежды на выздоровление уже нет.
К вечеру состояние императора ухудшилось до критического — дыхание стало затруднённым, аритмичным, на расстоянии слышались хрипы в груди. Он потерял сознание. Наступила ночь на 19 января. Врачи констатировали начало предсмертной агонии. По настоянию родственников и согласно традиции, три архиерея совершили обряд соборования. Император стонал, бредил, звал свою умершую сестру Наталью.
Ю.А. Молин кратко комментирует заболевание Петра II с позиций современной медицины. Известно, что натуральная оспа относится к особо опасным инфекциям. Возбудителем заболевания является фильтрующийся вирус. Его передача от больного здоровому происходит главным образом воздушно-капельным путём. Некоторую роль могут играть и предметы обихода, инфицированные содержимым оспенных высыпаний, подсохшими корочками, отслоившимися с поверхности тела. Сроки инкубационного (скрытого) периода (от момента заражения до появления клинических симптомов) при натуральной оспе обычно составляют 5–15 дней.
Клиническая картина в тяжёлых случаях характеризуется бредом, потерей сознания, температурной реакцией, выраженным поражением кожи и слизистых оболочек оспенными высыпаниями. У непривитых смерть может наступить уже на 4–8-й день болезни. Эффективный метод профилактики оспы — вакцинацию — Э. Дженнер предложил лишь в 1796 г. Если сравнить классическое описание клинической картины натуральной оспы, содержащееся в руководствах для врачей, и развитие болезни у Петра II, то видно, что заболевание у него протекало типично. Об этом свидетельствуют острое начало, озноб с быстрым подъёмом температуры, характерная локализация болей (голова, пояснично-крестцовая область), симптом так называемой предвестниковой сыпи, появляющейся на вторые сутки, а затем сменяющейся обильной истинной сыпью, кратковременное улучшение состояния к 4–5-му дню с последующим резким ухудшением состояния здоровья через несколько дней.
К сожалению, организм Петра II не обладал достаточными защитными свойствами, и болезнь у него протекала в злокачественной форме, со сливным язвенным поражением слизистых оболочек дыхательных путей и ранним развитием пневмонии (воспаления лёгких), что и обусловило наступление смерти.
12 августа 1740 г. внучка царя Ивана Алексеевича Анна Леопольдовна родила сына, который был объявлен наследником русского престола. После смерти императрицы Анны Иоанновны и обнародования её духовного завещания все присягнули новому императору Иоанну VI Антоновичу. Младенца торжественно перевезли в Зимний дворец: впереди шёл эскадрон гвардии, за ним несли кресло с кормилицей и царственным ребёнком. Но «правление» нового императора длилось очень недолго — в ночь на 25 ноября 1741 г. он был свергнут с трона дочерью Петра I Елизаветой Петровной. Сначала экс-император вместе с родителями был отправлен в Холмогоры, но затем отделён от них и посажен в Шлиссельбургскую крепость, где в 1764 г., двадцати четырёх лет от роду, был убит стражей при неудачной попытке его освобождения неким Василием Мировичем. От периода правления императора Ивана Антоновича остался любопытный документ, имеющий важное значение для историков медицины, — «Краткое наставление определённым при Его Императорском Величестве лейб-медикусам», утверждённое правительницей Анной Леопольдовной 5 ноября 1740 г. В нём говорилось:
«К сему управлению две персоны определяются, а именно архиатер Фишер первым, а доктор Рибейра Санхец вторым лейб-медикусом, за что им годового жалованья каждому по 3000 рублей, окроме свободной квартиры, стола и экипажу, определено. Их должность и труды главнейше в том состоят, чтобы Его Императорского Величества высочайшую особу пользовать и о соблюдении дражайшего оного здравия по крайнейшей возможности и лучшему разумению и совести попечение прилагать, причём к достижению столь лучшим успехом такого намерения будет:
1. Чтобы помянутым обоим лейб-медикусам во всём, еже до состояния Его Императорского Величества здравия касается, всегда согласно поступать и ничего, окроме, что наперёд между ними общим советом положено, не предпринимать и потому
2. Посещение Его Императорского Величества, сколько возможно обоим совокупно отправлять или же, по последней мере, ежели когда один из них к Государю пойдёт, то о том другому, как он Его Императорского Величества состояние изобрёл, тотчас сообщать, а одному и собою никогда ничего не распоряжать, но по содержанию первого пункта о всём обще советовать, и обоим общий исправный журнал о состоянии Его Императорского Величества ежедневно держать и такой журнал в особом месте, чтоб каждому из них оный находить можно, хранить.
3. Ежели Его Императорскому Величеству (от чего Боже всегда милостиво сохрани!) какая немощь случилась, которая порядочного лечения востребовала б, тогда надлежит и доктора Аззарития к тому пригласить и о употребляемых способах и лекарствах такожде с ним советовать и в таких случаях ему держанной журнал сообщать. Такоже в прочем.
4. Обоим лейб-медикусам с приглашением оного Аззарития и ещё других искусных медикусов отныне распорядок, каким образом императорскую особу и состояние здравия оного пользовать и как в том поступать, точнейше наблюдено было, установить и впредь надлежайше оный исполнять.
5. Окроме Высочайшего Его Императорского Величества особы имеют они и о обоих Их Высочеств Императорских родителей (то есть отца — принца Брауншвейг-Беверн-Люнебургского Антона Ульриха и матери — правительницы Анны Леопольдовны. — Б.Н.), как часто и каким образом они того востребуют пользовать.
6. Такожде надлежит им определённым при Его Императорском Величестве и для услужения оному женский пол во всяких случаях наилучше и со всяким прилежанием толь наипаче пользовать; ибо и соблюдение дражайшего Его Императорского Величества здравия, и консервация сих для услужения и призору оного определённых персон зело потребна.