Для перевозки было принято решение труп заморозить — открыли окна и двери, под гробом установили ёмкость со льдом. 29 декабря, по наступлении постоянных морозов, траурный кортеж под руководством генерал-адъютанта графа Орлова-Денисова выехал в Петербург. Предстоял путь длиною в две тысячи вёрст. По маршруту следования происходили неоднократные остановки. При этом гроб помещался в церквах, открывался, и тело освидетельствовалось с составлением протокола. Последний перед столицей осмотр был произведён Виллие в селе Бабино.
28 февраля 1826 г. погребальная процессия прибыла в Царское Село. В дворцовой церкви в 23 часа 30 минут были открыты оба гроба, с тела снят укрывавший его матрац с ароматическими травами, заменены перчатки, обтерто лицо, после чего умерший был предъявлен членам царской семьи во главе с Николаем I. Никем из родственников, включая мать, Марию Фёдоровну, не было высказано сомнений в том, что перед ними труп Александра Павловича. По прибытии в Петербург в течение 7 дней тело было поставлено в Казанском соборе для прощания. По указанию Николая I гроб не открывался, что связывали с изменением цвета лица покойного и появлением светло-каштановой окраски кожи от воздействия бальзамирования.
13 марта 1826 г. в Петропавловском соборе при пушечных залпах тело Александра I было предано вечному упокоению. Медный ковчег с гробом императора был помещён в склеп и замурован.
Наблюдать за сохранением тела во всё время пути и проводить гроб до самой могилы было поручено Д.К. Тарасову. В этом Виллие, недолюбливавший Тарасова, видел некие происки его врагов. Правда, Тарасову можно было только посочувствовать. В Таганроге не было всех необходимых для бальзамирования средств, вследствие чего очень скоро черты покойного императора изменились до неузнаваемости, так как начался интенсивный процесс гниения трупа. Поэтому тело императора не было показано народу и гроб был открыт лишь в Петропавловском соборе для прощания царской семьи с покойным глухой ночью накануне погребения.
С точки зрения современной медицины наиболее вероятным является предположение о том, что Александр I болел одной из разновидностей крымской геморрагической лихорадки. Инкубационный период (время от момента заражения до начала заболевания) этой болезни составляет от 2 до 7 суток. Заболевание обычно начинается с внезапного значительного повышения температуры тела, иногда с познабливанием. Больные жалуются на резкую головную боль, ломоту во всём теле, боли в пояснице, тошноту, изредка рвоту, сухость во рту, нарастающую слабость. В течение первых суток заболевания температура тела достигает 39–40 градусов и остаётся на таком уровне 3–4 дня. Затем температура тела ступенеобразно снижается. Лихорадка длится от 3 до 12 дней. Иногда на 3–5-й день болезни температура внезапно снижается, обычно не доходя до нормы, а затем вновь поднимается. В отличие от больных малярией больные почти не потеют, кожа обычно сухая, горячая на ощупь. На фоне лихорадки и связанной с ней интоксикации (головные и мышечные боли, общая слабость, недомогание, рвота, утрата аппетита, угнетение активности или, наоборот, психомоторное возбуждение) почти постоянно развиваются характерные геморрагические явления — сыпь и кровотечения. Видное место занимают общемозговые, менингеальные явления, вызванные преходящими расстройствами крово- и ликворообращения в пределах центральной нервной системы. Для острого периода характерны вялость, подавленное настроение, заторможенность, иногда оглушённость и спутанность сознания. Отмечаются галлюцинации и бред, однако чаще всего сознание не нарушается.
Таким образом, характерным является наличие двухволновой лихорадки, сочетающейся с выраженными нарушениями со стороны желудочно-кишечного тракта и центральной нервной системы. Так же типична строгая сезонность заболевания, приуроченная к весенне-летнему периоду. Возможно, в случае заболевания Александра I имела место одна из его разновидностей. Крымская геморрагическая лихорадка была выделена в самостоятельную нозологическую форму только в 1944 г., а принятое ныне название болезни дано ей, по предложению М.П. Чумакова, в 1945 г. Но, как видно из записей Я.В. Виллие, о наличии «эндемической крымской болезни» русские врачи знали уже в первой четверти XIX в. Между прочим, именно с наклонностью к геморрагиям, а не только с недостатками в бальзамировании может быть связано быстрое разложение трупа Александра I.
Совершенно по-другому оценивает вышеизложенные события житель Калужской области Н.Г. Богданов. Одержимый идеей наличия вселенского заговора против России, он утверждает в своей книге под многозначительным названием «Роль врачей в убийстве царей» (М., «Русская правда», 2004), что судьба России, а заодно жизнь и здоровье её властителей, в громадной степени зависели, «как показала многотысячелетняя история Руси, от иноземщины (вариант: от инородничества)» (с. 33). По глубокому убеждению Н.Г. Богданова, ситуация с течением времени не улучшается: «Сейчас, в конце XX – начале XXI века столица просто наводнена азербайджанцами, чеченцами и прочими нацменьшинствами (кои уже давно следовало бы назвать нацбольшинствами), находящихся (так в тексте. — Б.Н.) в Москве, конечно же, за счёт взяток» (с. 198).
«Чтобы лишить жизни русского царя, — пишет Н.Г. Богданов, — надо было иметь в России надёжные и могущественные кадры, имеющих (так в тексте. — Б.Н.) возможность проникнуть „во святая святых“. Одним из таких всепроникающих прослоек (так в тексте. — Б.Н.) являлись врачи, коим путь был открыт даже в царскую опочивальню» (с. 198).
Н.Г. Богданов даёт следующую оценку этой «всепроникающей прослойке»: «Русские лейб-медики (т.е. врачи высшей квалификации, обслуживающие придворное общество) и просто медики (доктора) характеризовались особенностями, по которым их можно было легко распознавать. Во-первых, почти все они были иностранцами, во-вторых, тоже почти все состояли в больших чинах в масонских ложах… и, в-третьих, всегда они — эти лейб-медики — оказывались бессильными против обыкновенных болезней, обыкновенных ран… За что только они получали свои звания? — удивляется Н.Г. Богданов. — Неужели тоже за счёт партийной (т.е. масонской) принадлежности?» (с. 56). К этой нелицеприятной характеристике он добавляет ещё один штрих: «Обязательная черта таких врачей, как Мандт или лейб-медик Виллие: становиться „любимцами“ русских государей, чтобы последние доверяли своим лекарям во всём, что позволяло им беспрепятственно и безнаказанно кончать со своими благодетелями» (с. 182).
Н.Г. Богданов приводит «технологию» этих процедур: «Акции подобного рода, т.е. отравления, делались так: когда всё было готово, дожидались какой-либо естественной болезни „пациента“ и под видом лекарства больному давали яд» (с. 4).
Судя по всему, Н.Г. Богданов не имеет никакого отношения к медицине, о чём красноречиво свидетельствует следующий пассаж из его «сочинения»: «Пиявки, без сомнения (хотя они и вышли теперь „из моды“), являлись средством, на которое не каждый пациент мог согласиться. Ощущать, как эти твари ползут по телу и всасываются в кровеносные сосуды, — это не каждому дано. Это отвращение надо было преодолеть, и не у каждого больного имелись на это моральные силы. Разве только невменяемый человек мог „подставить“ своё тело, да его об этом и не спросили бы. Современным аналогом пиявкам могут служить так называемые уколы, т.е. подкожные инъекции, на которые тоже не всякий больной согласится. Таким человеком был, видимо, и Александр Павлович. Его сопротивление этой процедуре свидетельствует, кстати, о том, что он был в здравом уме и в твёрдой памяти» (с. 69).