Во время Русско-японской войны 1904–1905 гг. он был назначен заведующим медицинской частью Красного Креста в Маньчжурской армии. За отличия, оказанные в делах против японцев, он был награждён офицерскими боевыми орденами Св. Владимира 4-й и 3-й степени с мечами.
Свои впечатления о войне Е.С. Боткин изложил в книге «Свет и тени Русско-японской войны 1904–1905», изданной в Санкт-Петербурге в 1908 г. Представляя собой собрание писем, описывающих хронологию военных событий и меняющиеся взгляды их автора на войну, эта книга по своей форме («Из писем к жене») напоминала книгу его отца — «Письма С.П. Боткина из Болгарии 1877 г.», также составленную из писем С.П. Боткина к его жене с театра военных действий в Русско-турецкой войне 1877–1878 гг.
По внутреннему же содержанию книга Е.С. Боткина — «добровольное свидетельское показание перед судом общественного мнения», как определил её сам автор, — вступала в отчётливую полемику с книгой С.П. Боткина. Это противостояние было обусловлено прежде всего различным служебным положением их авторов.
С.П. Боткин, как лейб-медик Императорского двора, в обязанности которого входило главным образом наблюдать за здоровьем государя, главнокомандующего, наследника и других лиц, близких к царствующим особам, принимал участие в войне, так сказать, на госпитальном уровне. Занимаясь преимущественно инспектированием госпиталей (как «генерал от медицины») и консультацией «интересных» больных, он конечно же не подвергался при этом никакой опасности. Правда, как пишет Е. Нилов, «не раз, видя недостаток врачей, скидывал сюртук, засучивал рукава и становился к операционному столу».
Е.С. Боткин же, будучи уполномоченным Красного Креста, участвовал в войне на уровне передовых отрядов. Находясь в непосредственной близости от обстреливаемых артиллерийским и оружейным огнём позиций наших войск, он перевязывал раненых непосредственно на поле боя, при отступлении лично осуществлял их эвакуацию, одним из последних врачей покинув оставленный нашими войсками Вафангоу.
Различное служебное положение авторов определило также их различное душевное самочувствие. Если С.П. Боткин, находясь вдали от поля боя, сумел сохранить моральное равновесие и был не в состоянии относиться «со спокойствием и равнодушием привычного человека» к страданиям раненых, «остающихся и без еды и без перевязки по суткам и более», то Е.С. Боткин, побывавший в самом пекле боёв, в полной мере испытал на себе их опустошающее моральные силы человека влияние. Он писал 9 октября 1904 г.: «Да, я устал, я невыразимо устал, но только душой. Она, кажется, выболела у меня. Капля по капле, истекло сердце моё, и скоро у меня его не будет; я буду равнодушно проходить мимо искалеченных, израненных, голодных, иззябших братьев моих, как мимо намозолившего глаза гаоляна; буду считать привычным и правильным то, что ещё вчера переворачивало всю душу мою. Чувствую, как она постепенно умирает».
Письма С.П. Боткина полны пацифизма, но пацифизма, если можно так сказать, общегуманистического, то есть имеющего в своей основе отрицание войны как причины различных болезней, ранений и других страданий людей. Что же касается целесообразности войны как способа разрешения межгосударственных противоречий, то С.П. Боткин даже не задаётся таким вопросом, считая войну против османской Турции вполне справедливым делом. Он пишет: «…Надо знать наших солдат, этих добродушных людей, идущих под пулевым градом на приступ с такой же покорностью, как на учениях, чтобы ещё больше сжималось сердце при мысли, что не одна тысяча этих хороших людей легла безропотно, с полной верой в святое дело, за которое они так охотно, с такой готовностью отдают свою жизнь…»
Пацифизм же Е.С. Боткина имеет социально-политическую окраску. В письме от 27 октября 1904 г. он пишет: «Солдат (русской армии. — Б.Н.) очень двинулся за последние двадцать пять лет (со времён войны 1877–1878 гг. — Б.Н.): он уже очень и очень рассуждает; ему мало исполнять приказание, ему уже нужно и понимать, для чего он должен делать то или другое. Видимо, он задаётся также вопросом, можно ли воевать вообще. Когда мы дрались с турками, мы проливали кровь за веру и за угнетённых единоверцев и братьев. А из-за чего дерёмся мы теперь? — Это господская война, — говорят, будто, солдаты».
И ещё одно, весьма существенное отличие. Книга С.П. Боткина была опубликована в 1893 г., т.е. после смерти и автора, и императора Александра II, которому С.П. Боткин, судя по его письмам, лично докладывал о непорядках в медицинском обеспечении войск. Что же касается критических замечаний С.П. Боткина о войне в целом, то они могли с малой долей вероятности попасться на глаза лишь преемнику Александра II — императору Александру III.
Книга же Е.С. Боткина, напечатанная в 1908 г., когда он был назначен лейб-медиком Его Императорского Величества, не могла не стать известной императору Николаю II и членам его семьи. Не исключено, что когда-нибудь некий дотошный библиофил найдёт экземпляр этой книги с дарственной надписью автора его августейшим пациентам.
Признанием заслуг Е.С. Боткина как первоклассного врача стало его назначение 13 апреля 1908 г. лейб-медиком Николая II (до этого, 6 мая 1905 г., ему было пожаловано звание почётного лейб-медика).
По свидетельству дочери Е.С. Боткина, Т. Мельник, своим назначением на эту должность Боткин был обязан императрице Александре Фёдоровне. Когда после смерти лейб-медика Г.И. Гирша (1828–1907), находившегося в этой должности с 1874 г. (!), «императрицу Александру Фёдоровну спросили, кого она желает пригласить, она сразу сказала: „Боткина“. В то время в Петрограде (Санкт-Петербурге. — Б.Н.) одинаково известны были два Боткина: старший — Сергей Сергеевич и младший — Евгений Сергеевич. „Того, который был на войне“, — добавила Её Величество». (Следует напомнить, что С.С. Боткин также был на войне в качестве уполномоченного Красного Креста Северо-Восточного района действующей армии, также был отмечен наградами и удостоен звания почётного лейб-медика.)
Н.А. Соколов в своей книге «Убийство царской семьи» приводит выписку из показаний камер-юнгферы Занотти, в которой детализируются обстоятельства назначения Е.С. Боткина на должность лейб-медика. «…Государыня была больна, как мне кажется, истерией… Чем именно питалась истеричность императрицы, я не могу вам сказать. Может быть, у неё была какая-либо женская болезнь. Что-то такое у неё было в этом отношении. Об этом могли бы сказать доктора Драницын и Фишер, лечившие императрицу. (По всей вероятности, Б.А. Фишер, акушер, доктор Двора Её Императорского Высочества Великой княгини Марии Николаевны, и доктор А.А. Драницын — известный акушер-гинеколог. — Б.Н.) Несколько лет тому назад императрица, жаловавшаяся на сердце, была в Наугейме и обращалась к врачу Гротте. Гротте не нашёл у неё сердечной болезни. Как мне кажется, он нашёл у неё нервные страдания и требовал совершенно иного режима. То же самое находил потом у Её Величества и Фишер. Он даже делал тайный доклад Императору по поводу болезни Императрицы. Фишер предсказал с буквальной точностью то, что потом делалось с Государыней. Именно он указывал на лечение не сердца, которое, очевидно, было здорово у неё, а нервной системы. Но Императрица узнала о таком докладе Фишера. Он был устранён, и призван Боткин. Это было желание и её, и Вырубовой. Боткин и стал её врачом».
