Руководитель — Рудольф Шютрумпф
Исследовательский отдел индо-германских и финских культурных связей.
Руководитель — Юрье фон Гренхаген. Отдел функционировал в 1937–1939 гг.
Исследовательский отдел карстов и пещер (для военных целей).
Руководитель — Ханс Бранд
Исследовательский отдел метеорологии и геофизических исследований.
Руководитель — Ханс Роберт Скултетус
Учебно-исследовательский отдел энтомологии и борьбы с паразитами.
Руководитель — Эдуард Май.
Учебно-исследовательский отдел генетики растений.
Руководитель — Хайнц Брюхер
Учебно-исследовательский отдел индо-германской арийской культуры и языков.
Изучение санскрита и ведийского языка.
Руководитель — Вальтер Вюст.
Учебно-исследовательский отдел индо-германской германской культуры и языков.
Руководитель — Рихард фон Кинле
Учебно-исследовательский отдел истории индоевропейской религии. Руководитель — Отто Хут
Учебно-исследовательский отдел народных легенд, сказок и саг (был распущен вскоре после его создания).
Руководитель — Йозеф Плассманн
Учебно-исследовательский отдел германской культуры и местного фольклора.
Руководитель — Йозеф Плассманн.
Учебно-исследовательский отдел народной медицины (изучение целебных трав, просуществовал до 1939 года).
Руководитель — Александр Берг
Исследовательский отдел насыпных обитаемых холмов.
Руководитель — Вернер Хаарнагель
Исследовательский отдел препарирования растений.
Руководитель — Эрнст Пфоль
Исследовательский отдел прикладной геологии.
Руководитель — Йозеф Виммер
Исследовательский отдел прикладной социологии языка. Руководитель — Георг Шмидт-Рор
Исследовательский отдел средних веков и новейшей истории.
Руководитель — Герман Леффлер
Учебно-исследовательский отдел Ближнего Востока.
Руководитель — Виктор Христиан
Отделение исследований индо-германской немецкой музыки.
Руководитель — Альфред Квельмальц
Учебно-исследовательский отдел германистики.
Руководитель — Вильгельм Тойдт. Позднее отделом руководил Бруно Швейцер, затем Йозеф Плассманн
Учебно-исследовательский отдел германской фольклористики.
Руководитель — Рихард Вольфрам
Учебно-исследовательское отделение германской традиции и этнографии.
Руководитель — Генрих Хармьянц
Учебно-исследовательский отдел топографии и ландшафтного символизма. Руководитель — Вернер Мюллер
Учебно-исследовательский отдел древней истории.
Руководитель — Франц Альтхайм
Учебно-исследовательский отдел изобразительного и прикладного естествознания.
Руководитель — Эдуард Тратц
Учебно-исследовательский отдел кельтских народов.
Руководитель — Людвиг Мюльхаузен
Учебно-исследовательский отдел средневекового латинского языка.
Руководитель — Пауль Леманн
Учебно-исследовательский отдел истории индо-германского немецкого права.
Руководитель — Вильгельм Эбель
Учебно-исследовательский отдел истории первобытного общества.
Руководитель — Густав Беренс.
Учебно-исследовательский отдел истории первобытной истории.
Руководитель — Аззиен Боммерс.
Учебно-исследовательский отдел коневодства.
Руководитель — Эрнст Шефер
Исследовательский отдел классической филологии и Древнего мира.
Руководитель — Рудольф Тилль, одновременно возглавлял латинское отделение.
Греческое отделение.
Руководитель Франц Дирльмайер
Учебно-исследовательский отдел культуры Северной Африки.
Руководитель — Отто Ресслер
Учебно-исследовательский отдел по письменам и символам.
В 1935–1938 гг. руководителем был Герман Вирт.
Включал сектор исследования символов
Руководитель — Карл Теодор Вайгель
Впоследствии Вайгель стал руководителем отдела. Отдел был позднее объединен с отделом рунологии.
Учебно-исследовательский отдел рунологии.
Руководитель — Вольфганг Краузе
Учебно-исследовательский отдел философии.
Руководитель — Курт Шиллинг
Отдел «Германский научный потенциал в действии».
Руководитель — Ханс Шнайдер
Отделение исследований оккультных наук.
Исследования по парапсихологии, спиритизму, оккультизму и другим официально запрещенным в Германии наукам.
Учебно-исследовательский отдел Центральной Азии и экспедиций.
Руководитель — Эрнст Шефер
Зондеркоманда «Н» (Аш).
Создание картотеки ведьм и сбор данных о ведовских процессах.
Руководитель — Рудольф Левин
Отделы, о деятельности которых нет сведений:
Исследовательский отдел зоогеографии и зооистории.
Исследовательский отдел общего естествознания.
Исследовательский отдел остеологии.
Экспедиции «Аненербе»:
1-я экспедиция Германа Вирта в Скандинавию (1935)
2-я экспедиция Германа Вирта в Скандинавию (1936)
Экспедиция Юрье фон Гренхагена в Карелию (1937)
Экспедиция Франца Альтхайма и Эрики Траутманн-Нэринг на Ближний Восток (1938)
Экспедиция Эрнста Шефера на Тибет (1938–1939)
Экспедиция Бруно Швейцера в Исландию (1938–1939)
Экспедиция в Прибалтику в составе Германской архивной комиссии (1939–1940)
Экспедиция Эдмунда Кисса в Боливию (1939, не состоялась)
Экспедиция Отто Хута на Канарские острова (1939, не состоялась)
Экспедиция Филиппа фон Лютцельбурга в Парагвай (1942, не состоялась)
Институт научных исследований целевого военного значения.
Отдел «P» (пектин). Исследования применения пектина и глутаминовой кислоты в качестве клинического средства для свертывания крови.
