Претензии Нураддина на главенство над Мангкытским юртом вызвали резкое недовольство со стороны представителей других именитых родов. Вспомнили о незнатном происхождении Едигея и его потомков, не принадлежавших к ветви Чингисхана. В связи с этим сторонникам Нураддина пришлось «обосновать» его право на главенство, наскоро составив генеалогию Едигея. По указанию Нураддина тогда же была составлена генеалогия и преемников Едигея, якобы являющихся потомками то ли суфия Ходжи Ахмеда Яссави, то ли самого Мухаммеда.
Нураддин предпринял ряд мер, чтобы собрать остатки прежнего улуса, но, несмотря на это, он не был объявлен беком Орды. В официальной генеалогической таблице ногайских беков и мурз о нем говорится только как о мурзе, а не как о ногайском беке.
Окончательное формирование Ногайской Орды произошло при сыне Нураддина Воккасе. Воккас был одним из главных лиц при Абулхайре и даже стал его старшим эмиром. Однако, предчувствуя ослабление узбеков, в 1447 г. он отделился от Абулхайра и вернулся в Мангкытский юрт, где было объявлен ногайским беком. В родословной ногайских беков и мурз Воккас назван ногайским беком. Правда, вскоре он был убит агентами Абулхайра. После убийства Воккаса его брат Аббас был провозглашен ногайским беком.
Ногайская Орда (столица Сарайчик) заявила о себе как о самостоятельном государстве к началу XVI в., усилившись в связи с расколом узбекского союза. Тогда многие из племен, ранее входивших в состав узбекского союза, присоединились к ногайцам. «В Ногайскую Орду входили племена: мангкыты, нойманы, кунгарты, кыпчаки, мины, тогучаны, колачи, алчины, чублаки, конклыки, кераиты, кияты и другие», – отмечает Меховский.
При распаде Орды Абулхайра Аббас, вместе с сыновьями Хаджи-Мухаммеда, играл активную роль в захвате восточных владений Абулхайра в устье Сырдарьи, Амударьи и верховьях Иртыша. В XVI в. владения мангкытских беков граничили на северо-западе с Казанским ханством по рекам Самаре, Кинели и Кинельчеку. Здесь находились их летние пастбища. На северо-востоке Ногайская Орда граничила с Сибирским ханством. На юге Алтайские горы были пограничной линией, отделяющей Казахское ханство от Ногайской Орды.
В первой половине XVI в. ногайцы кочевали в низовьях Сырдарьи, у берегов Аральского моря, у Каракума, Барсункума и у северовосточных берегов Каспийского моря.
По своей фактической силе Ногайская Орда стала одним из самых сильных государственных образований, возникших после распада Золотой Орды. Однако то, что правящая в ней династия не относилась к потомкам Чингисхана, делало ее положение не совсем легитимным и ставило ее правителей в более низкое положение по сравнению с другими государями обломков улуса Джучи. В таких условиях фактические ногайские правители – беки, были вынуждены формально признавать власть какого-нибудь соседнего государя. Так, в начале 80-х годов XV в. формальным сюзереном ногаев был сибирский хан Ибак.
Именно под его руководством в январе 1481 г. ногайское войско разгромило ставку хана Большой Орды Ахмата: «…прииде на него царь Ибак Нагайский и Орду взя; а самого безбожнаго царя Ахмата убил шурин его нагайский мурза Ямгурчей». После гибели Ибака ханом был сделан его брат Мамук. В самом конце XV в. его войска смогли на короткое время захватить союзную России Казань и свергнуть с престола ставленника Ивана III Мухаммед-Эмина. Однако долго удержаться в Казани Мамук не смог. Осаждали город ногаи и при Абдул-Латифе, но тогда удалось отбиться. В 1505 г., в то время, когда Мухаммед-Эмин отказался подчиняться Москве и перебил русских в Казани, ногайцы прислали ему на помощь 20-тысячное войско, с которым хан осаждал Нижний Новгород. Когда же на казанский престол сели представители династии Гиреев, влияние ногаев в ханстве усилилось. На помощь казанцам пришло 30 тыс. ногаев, «хотящее битися с Русью, обогатитися руским пленом и наимом царевым».
К началу XVI в. ногайские правители уже не нуждались в марионеточных ханахчингисидах, и Ногайская Орда стала полностью самостоятельным государственным образованием. Непосредственные дипломатические отношения Ногайской Орды с Россией устанавливались в конце XV в. С этого времени начинается постоянный обмен посольствами между государствами, несмотря на определенные противоречия в вопросе о Казани, в которой ногайские правители стремились усилить свое влияние. Например, сведения о ногайском посольстве в Москву были занесены в официальную летопись под 1502 г. Интересно, что ногайские беки первое время не настаивали на равном статусе с великими князьями. Лишь в 30-е гг. XVI в. они стали требовать признания равенства или даже своего превосходства над русскими правителями. Дошло даже до того, что у Москвы требовали выплаты дани, которая причиталась с русских земель во времена могущества Золотой Орды.
Первая четверть XVI в. оказалась и очень тяжелой для нового тюрко-монгольского государства. Началась ожесточенная борьба за власть между претендентами на бекство. Одновременно обрушились казахи с востока. В таких условиях многие ногаи переправлялись на правый берег Волги и оказывались в зависимости от крымского хана. Подчинившись ему, они участвовали в опустошительном походе Мухаммед-Гирея на Россию в 1521 г. Впрочем, русская летопись указывает на не совсем добровольное участие ногаев в походе: крымский хан «их же тогда одоле» т. е. они были подчинены силой. Однако уже в 1523 г. ногаи убили Мухаммед-Гирея и нанесли Крымскому ханству тяжелый удар.
С середины 20-х гг. могущество Ногайской Орды растет: внутренние конфликты на время улажены, Крымское ханство перестало быть опасным.
Близкое соседство позволяло ногаям влиять на внутреннее положение Казанского, Астраханского и Сибирского ханств, сажать на троны своих ставленников. По некоторым источникам, эти государства были обязаны отчислять определенные платежи правителям Ногайской Орды. Еще более непосредственному и интенсивному воздействию южных кочевников подвергались башкирские племена – подданные мангкытских беков.
Восточными соседями Ногайской Орды были Казахское ханство и ханства Средней Азии. Отношения ногаев с казахскими династиями тоже развивались сложно, между ними случались жестокие войны. В первой четверти XVI в. хан Касим завоевал все степи за Волгой, но во второй четверти произошла ногайская «Реконкиста», и Казахское ханство превратилось в вассала ногаев. Узбекские же государства служили главным образом приютом для беженцев из Ногайской державы – беков и мурз, потерпевших неудачу в междоусобной борьбе.
Политическое влияние ногаев на Россию было ограниченным как из-за религиозного (ислам) и экономического (кочевое скотоводство) барьеров, так и по причине отдаленности. Лишь со второй половины XVI в. в Московское царство стали переселяться мурзы; некоторые из них положили начало княжеским фамилиям (Кутумовы, Урусовы, Юсуповы и др.). Ногайские отряды нередко действовали в составе русских армий в Ливонской вой не и позже, в кампаниях против поляков, немцев и шведов.
Следует отметить, что среди ногайских правителей не было единства по отношению к Казанскому ханству и, следовательно, России. В ногайской верхушке начался раскол в отношении России, причем проходил он по «географическому признаку». Мурзы, кочевавшие у Волги, склонялись к дружественным отношениям с московскими властями и согласны были признать русские интересы в Казани. Это объяснялось их экономическими связями с Москвой – они продавали в России огромные табуны лошадей и получали значительные «поминки» от великокняжеского правительства. Кроме того, именно у русских они покупали необходимые для кочевников товары. Не случайно поэтому, что многочисленные ногайские посольства часто касались вопросов торговли.