Несмотря на падение Казани, война не закончилась, что вскоре стало понятно. Уже в конце 1552 г. были совершены нападения на русских гонцов, купцов и служилых людей. Карательные экспедиции, отправляемые из Свияжска и Казани, не принесли ожидаемого успеха. Возникли проблемы со сбором налогов: некоторые сборщики были убиты. Вскоре вспыхнуло настоящее восстание. Восставшие разгромили несколько небольших русских отрядов. Один из воевод – Борис Салтыков – попал в плен и впоследствии был убит. Массовые казни, проводившиеся русскими, не могли прекратить движения. Центром восстания стал город Чалым, находившийся на правом берегу Волги. Мятежники даже восстановили ханскую власть: на престол был приглашен один из ногайских князей Али-Акрам, прибывший с отрядом в 300 ногайцев. Уже в 1553 г. русские власти направили против тюрко-монголов крупные силы под командованием Даниила Адашева.
В том же году в поход отправилась армия под командованием князя Микулинского, воевавшая по реке Каме. Прибегая к самым жестким мерам, удалось на время прекратить восстание, но в 1554 г. борьба возобновилась. Новая русская рать под командованием Мстиславского пленных не брала – все были казнены. На территориях ханства были построены специальные укрепленные пункты (башни, остроги) с русскими гарнизонами. В 1556 г. был взят опорный пункт тюрко-монголов город Чалым. После этого дальнейшее сопротивление стало бесполезным. Против тюрко-монголов начали выступать и некоторые местные народы, утомленные бесконечной войной и жестокими репрессиями, проводившимися русскими властями. Хан был убит самими мятежниками, а основные лидеры движения погибли. К 1557 г. на территории бывшего ханства наступило спокойствие. Вся страна была страшно разорена, резко сократилось количество населения.
В Казани была возведена каменная крепость, тюрко-монгольскому населению жить в городе запрещалось, мечети были разобраны. После подавления восстания многие земли местных феодалов были конфискованы и перешли государю, духовенству, русским служилым людям и тем тюрко-монголам, которые признали новую власть. Постепенно в крае стало увеличиваться русское население. Только теперь можно было считать, что Казанское ханство перешло к России. Столетние отношения России и Казанского ханства насчитывают несколько этапов. Победы Улу-Мухаммеда при Василии II позволили создать и укрепить новое тюрко-монгольское государство. Вполне вероятно даже, что московские правители некоторое время вынуждены были платить Казанским ханам дань. Однако с укреплением Руси при Иване III начинается русское наступление: Казань в конце концов на долгое время попадает в зависимость от России, ее внешняя политика, а отчасти и внутренняя контролируется русскими властями. В своих действиях московское правительство опиралось как на военную силу, увеличивавшуюся с каждым годом, так и на прорусски настроенных представителей тюрко-монгольской знати. Борьба различных группировок в Казани и национальные противоречия ослабляли Казанское ханство.
Попытки ориентироваться на Крым и стоящую за его спиной Турцию, которые предпринимали ханы из династии Гиреев, не могли привести к долгосрочным результатам по причинам географического характера. Даже к началу XVI в. силы Казанского ханства и России были несоизмеримы, и с течением времени это положение все больше менялось в пользу России. В таких условиях окончательное покорение ханства было лишь вопросом времени. Неразумная политика ханов, совершавших грабительские набеги на русские земли, только приближала развязку. Россия стремилась обезопасить свои восточные границы, получить контроль над Волжским путем.
Большое значение имели и идеологические, религиозные, мотивы. В конечном итоге к середине XVI в. вопрос мог стоять или о полном завоевании ханства, или же о сохранении за ним достаточно большой доли внутренней автономии под контролем России. Вероятно, правительство Ивана IV склонялось первоначально ко второму варианту, но ситуация сложилась так, что единственным выходом из положения оказалось полное присоединение Казанского ханства, что и было осуществлено с большими жертвами с обеих сторон в 50-е гг. XVI в.
Крымское ханство
После изгнания Улуг-Мухаммеда из Сарая и Саид-Ахмеда из Крыма территорией внушительных размеров завладел Кичи-Мухаммед, и стал он называться ханом Большой Орды.
Бежавший из Крыма Саид-Ахмед обосновался со своей ордой в районе Подолья, откуда совершал походы на Польшу и Литву. Начиная с 1438 г. воины Саид-Ахмеда громили Львов, Олеско, Бельск, Гродно. Это было противостояние полякам и литовцам, поддерживающим Хаджи-Гирея.
Аристократия Крыма была недовольна поступками хана Кичи-Мухаммеда, который за своими беками, прибывшими в Крым, закрепил в виде подарков несколько десятков аилов, хотя до этого они не имели здесь земельных угодий. Крымская аристократия, стоявшая в оппозиции к хану Кичи-Мухаммеду, начала тайно встречаться с Хаджи-Гиреем, находившимся в Литве при дворе Казимира. Они обещали ему престол. Одновременно они вели переговоры и с Казимиром, чтобы он оказал помощь Хаджи-Гирею.
В 1443 г. в городе Вильнюсе Казимир с панами литовскими возвел Хаджи-Гирея в ханы Крыма (династия Гиреев правила до 1763 г.), а затем послал его туда с войсками. Эту дату можно считать основанием Крымского ханства.
Хаджи-Гирей начал проводить в Крыму западническую политику. Он заключил с Казимиром союз против хана Саид-Ахмеда. В 1452 г., когда войска Саид-Ахмеда вторглись в Литовское государство и дошли до Львова, Хаджи-Гирей ударил им с тыла. В этом бою погибло много воинов Саид-Ахмеда. Сам он спасся бегством, но в 1455 г., при вновь неудачном походе на Литву, он попал в плен и был посажен в Казанскую крепость. С пленением Саид-Ахмеда и его детей не осталось претендентов на крымский престол. Разгром Орды Саид-Ахмеда стал причиной признания независимости Крымского ханства его соседями – Польшей и Литвой. Но хан Кичи-Мухаммед, обладающий большой военной силой, не признавая Крымского ханства, продолжая считать себя Верховным ханом и правителем Крымского улуса. Независимость Крымского ханства не признавалась и генуэзцами, за последние годы еще больше расширившими свои привилегии в Крыму.
По уставу 1449 г. генуэзцы имели своих консулов в Судаке, Тану и на Таманском полуострове. При консулах состоял довольно сложный административный аппарат, действовавший независимо от ханов. С превращением Крыма в самостоятельное государство и с установлением твердой власти хана они должны были делить с ним свою власть. Поэтому генуэзцы стали на сторону Кичи-Мухаммеда, жившего далеко па пределами Крыма и фактически не интересовавшегося, чем они занимаются. Хаджи-Гирей не располагал ни флотом, ни стенобитными машинами, поэтому не мог принудить их к покорности, ведь генуэзцы были хорошо защищены крепостью.
В середине ХV в. в Крыму произошло событие, резко изменившее общее политическое положение на всем юго-востоке Европы. При взятии в 1453 г. Константинополя генуэзские торговцы, имевшие торговые фактории в Таврии, послали флот на помощь византийцам. Эти события сблизили султана с Хаджи-Гиреем. В 1454 г. в районе Керчи во время встречи посла хана Хаджи-Гирея с командующим османского флота адмиралом Амир Кахья было заключено соглашение о доступе османов на Крымский полуостров. Султан Мехмед II, дабы наказать генуэзцев, в 1475 г. послал в Таврию войска.
