Направив свое войско из Хорезма на юг, Шейбани овладел крепостью Адак, лежавшей на главном пути Ургенч – Астрабад, и отсюда совершил нападение на Астрабад, где его менее всего ожидали. Подвергнув ряд крепостей грабежу и насилию, Шейбани вернулся в Тирсак, отягощенный богатой добычей и гоня многочисленные стада.
В это же время Шейбани получил из Ташкента от своего союзника Султан-Махмуд-хана известие, что им взята у темуридов пограничная крепость Отрар, ее начальник и комендант Мухаммед-Мазид изгнан и что он, Махмуд-хан, дарит теперь эту крепость Шейбани. Последний поспешил лично прибыть в Отрар и принять этот важный пункт из рук хана. Вскоре Мухаммеду Шейбани перешел также хорошо укрепленный Сайрам и Еси, вследствие чего он оказался обладателем большей части Туркестана (1487–1493 гг.).
В ту пору у Шейбани-хана уже было много соратников-единомышленников, которые служили ему верой и правдой при любых перипетиях его бурной жизни. Источники того времени хранили их имена. Однако старые враги Шайбани-хана не успокоились. Бурундук-хан и другие сыновья Джаныбек-хана по инициативе Мухаммед-Мазида с большими силами выступили на Сайрам.
Их люди вошли в тайный сговор с городской знатью и подготовили восстание против узбекского гарнизона. В ходе восстания гарнизон был уничтожен, а его начальник – брат Шейбани Махмуд-султан был захвачен в плен. Не без помощи преданных Шейбани людей Махмуд-султану удалось бежать.
Вдохновленные победой над Сайрамом, враждебные Шейбани узбекские ханы осадили его в Отраре. Узнав об этом, на помощь осажденным Султан-Махмуд-хан направил войска из Ташкента. Своими активными действиями он не только снял осаду с Отрара, но и заставил ханов заключить мир с Шейбани. Однако в «Тарихи Рашиди» мы находим сожалеющие строки о том, что Махмуд-хан «вскормил змею на своей груди», и это не далеко от истины.
К тому времени Мухаммед Шейбани собрал большое войско, чтобы активно вмешаться в события в Мавераннахре, который достаточно сильно был обескровлен ссорами, постоянно возникающими между последними темуридами. Честолюбивые захватнические замыслы Шейбани-хана вскоре стали не секретом для Махмуд-хана. Опасаясь за судьбу своих владений, Султан-Махмуд-хан вступил в сношения с враждебными Шейбани-хану узбекскими ханами и заключил с ними союз против Шейбани, поставив целью вытеснить его из занятых им присырдарьинских территорий.
Вскоре ожесточенные действия союзников против Шейбани-хана начались. Они сопровождались опустошением всей Туркестанской области, в результате чего Шейбани потерял Еси и Сайрам. Однако долго Туркестан в таком состоянии пребывать не мог, и в конце концов все закончилось миром, столь непрочным и коварным, как непрочны и неискренни были, как свидетельствует история, обещания и клятвы кочевников.
Несмотря на мирный договор Шейбани-хана с сыновьями Джаныбек-хана, он, тем не менее, вновь овладел крепостями Еси и Сайрам, чем упрочил свое положение в степи. Тем временем в Мавераннахре усилилось влияние честолюбивых и бездарных лиц из правящей элиты, росло соперничество эмиров, и все это привело к падению авторитета верховной власти в государстве. Такое положение дел было только на руку Шейбани-хану.
Воспользовавшись тем, что ташкентский Султан-Махмуд-хан ушел в поход на Андижан и в Ташкенте войск почти не осталось, Шейбани-хан предпринял поход на Ташкент. Набег на город был жестоким и стремительным. Войска произвели небывалое опустошение, грабеж окрестностей города, но города взять не удалось. В тот момент, когда цель казалась так близка, неожиданно возвратился из похода Махмуд-хан. Успев захватить богатую добычу и пленников, Шейбани с войском ретировался в Туркестан.
По прибытии в свои владения, Шейбани не стал тратить время попусту, понимая, что час его решительных действий настал, и обратился с воззванием к своим родственникам, сподвижникам, всем тем, кто когда-либо состоял у него на службе и которых превратности судьбы раскидали по разным местам, заставив многих найти приют во вражеских владениях. Шейбани-хан призвал их всех вернуться под его знамена. И народ пошел к нему, прибыли и его дяди, и знатные узбекские родственники.
Собрав вокруг себя такую мощную силу, Шейбани-хан решил прежде всего направить свои войска на Самарканд, где в то время номинальным правителем был Султан-Али-мирза. Достигнув Самарканда, Шейбани совершил рекогносцировку, но, убедившись в том, что оборона города была произведена достаточно профессионально, отказался от осады города. Миновав Самарканд, войска Шейбани-хана дошли до Карши и Шахрисабса, разграбили города и с огромной добычей возвратились домой. Этот набег воочию убедил узбеков, что захват ими соседних темуридских владений дело весьма несложное, что и хотел им продемонстрировать Шейбани-хан.
Между тем, Шейбани помирился с Султан-Махмуд-ханом и, заручившись помощью последнего, приславшего ему пятитысячный отряд, вновь направился на взятие Самарканда. Мощные укрепления города едва сдерживали натиск узбеков, и Шейбани начал осаду, несмотря на геройскую защиту города гарнизоном и жителями, принимавшими деятельное участие в вылазках против осаждающих. Но известие о стремительном продвижении на помощь осажденному Самарканду войска бухарского наместника эмира Мухаммед-Баки, заставило Шейбани снять осаду и преградить бухарцам дорогу. Шейбани-хан встретил их у крепости Дабусия. Произошло сражение, в результате которого бухарский наместник был разбит, но успел укрыться за крепкими стенами Дабусии. Тогда Шейбани сделал весьма умный ход. Решив, что вторую столицу темуридов, Бухару, охранять некому, форсированным маршем направил туда свои войска. Это было летом 1500 г. Осада города длилась три дня, после чего знать постановила сдать без боя Бухару Шейбани-хану и поднесла ему ключи от столицы.
Все знатные люди города, духовенство, суфийские шейхи, муллы и прочие были приняты Шейбани-ханом на торжественной аудиенции и удостоены разных милостей. Правителем Бухары был назначен эмир Мухаммед-Салих, который отправился в город вместе с вышеназванными влиятельными бухарцами и успокоил население заверениями, что никакого вреда им и их имуществу не будет причинено.
А в это время в Самарканде весть о поражении бухарского наместника и взятии Бухары Шейбани-ханом произвела совершенно удручающий эффект. К тему же там бушевали страсти в правящей верхушке, среди которой главенствующее положение занимал бывший комендант Отрара Мухаммед-Мазид, взявший в городе и его округе всю власть в свои руки, ни во что ставивший Султан-Али-мирзу и не допускавший его ни к каким самостоятельным действиям. Вследствие чего вражда между этими персонами была чрезвычайная. Узнав от своих осведомителей, что Султан-Али подготовил заговор с целью физической расправы над ним, Мухаммед-Мазид, забрав детей, ночью бежал из Самарканда. Бегство Мухаммеда, тем не менее, внушало Султан-Али определенного рода опасения и, прежде всего, его возврат в Самарканд с войском.
Не теряя времени, Мухаммед-Мазид послал верного человека в Андижан к хану Бабуру с просьбой прибыть в Самарканд, ибо Султан-Али не имеет-де сил выполнить свои обязанности по защите Самарканда, а другого человека он направил в Ташкент к проживавшему там брату Султан-Али, Султан-Увейс-мирзе, обещая ему захват Самарканда в его пользу. Оба темуридских принца отозвались на это приглашение и поспешили в Самарканд. Шейбани-хан, узнав об этом, решил «употребить лекарство раньше, чем проявится болезнь» и потому спешно выступил из Бухары с войском на Самарканд. Но в Ташкенте он получил сообщение, что бухарская знать решила сдать город эмиру Мухаммед-Баки, который бежал из Дабусии в Карши, и уже направил свои войска к Бухаре. Шейбани-хан вынужден был изменить свои планы. Однако, находясь уже в окрестностях города, эмир Мухаммед-Баки устрашился узбекского воинства и отступил к Карши. Шейбани-хан жестоко расправился с изменниками: одни были преданы смерти, другие превращены в пленников, все их имущество было отдано узбекам на разграбление. На всех горожан, от мала до велика, была наложена крупная контрибуция, воинское снаряжение и оружие конфисковано, девушки взяты в плен, а городские укрепления разрушены. Правителем города был оставлен брат Шейбани Махмуд-султан.
