Эмир Мухаммед-Мазид тем временем собирал в Шахрисабсе большие войска, готовясь начать военные действия против темурида Султан-Али-мирзы. В Самарканде все высокопоставленные персоны объединились поддерживать Султан-Али-мирзу и ожидали лишь приказа вступить в бой. Настроение народа было удручающим: положение с хлебом стало критическим.
Когда Шейбани появился на подступах к Самарканду, сторонники Султан-Али-мирзы проявили себя не лучшим образом: первыми струсили представители дервишских кругов, затем пошла цепная реакция. Перестав надеяться на кого-либо, Султан-Али сам занялся подготовкой защиты столицы. Тем временем в Шахрисабс, по приглашению Мухаммед-Мазида, прибыл молодой Бабур, другой приглашенный – Султан-Увейс-мирза – не захотел пускаться в авантюры и немедленно выехал обратно в Ташкент.
Султан-Али, опасаясь, что предатели впустят в город его заклятого врага Мухаммеда-Мазида вместе с Бабуром, решил наладить отношения с Шейбани-ханом. Когда Шейбани осадил Самарканд, Султан-Али втайне написал ему письмо. Шейбани, получив послание, немедленно послал в Самарканд одного из бывших при нем верных бухарцев. Курьер отправился к Султан-Али и был принят с глазу на глаз. В одну из пятниц, когда все горожане были в мечетях на молитве, Султан-Али с небольшой свитой выехал из Самарканда и прибыл в ставку Шейбани. Тот встретил и принял его весьма любезно, а чтобы население Самарканда знало о визите, приказал бить в барабаны. В конце концов все закончилось тем, что эмиры и городская знать выехали к Шейбани-хану с подарками и всякого рода подношениями, были приняты им и настолько обласканы, что одна важная персона при дворе – шейх Мухаммед-Яхья, как свидетельствует один из источников, после приема заметил: «Если бы я раньше знал такие благородные качества Шейбани-хана, то я никогда не стал бы терять свое время с этими глупыми (темуридскими) принцами».
Таким образом, древняя столица Амира Темура без боя капитулировала перед Шейбани-ханом. Он взошел на мавераннахрский престол и провозгласил темуридскую династию низложенной (1500 г.). Даругою города он назначил одного из своих эмиров, а имущество бежавших из города знатных лиц приказал взять в казну. В Бухару было послано извещение о сдаче Самарканда. Виднейшие самаркандские и бухарские представители духовенства и суфийские шейхи ежедневно бывали у Шейбани-хана, который вел с ними беседы на разные темы и, видимо, находил в том удовольствие.
Однако мирное течение жизни скоро было нарушено, Шейбани-хану поступило сообщение, что один из чагатайских эмиров, живший в Самарканде, вооружает своих людей, дабы захватить Султан-Али и под его флагом поднять восстание. Хан медлить не стал: он арестовал Султан-Али, схватил чагатайского эмира и приказал предать их смерти. Так же он поступил со всеми подозреваемыми в сговоре знатными самаркандцами, в том числе и с шейхом Мухаммедом-Яхья. Кстати, когда конфисковывали имущество заговорщиков, у шейха, отказавшегося якобы от всего мирского, оказалось столько одежды, всякого добра, золота и драгоценных камней, что и учету все это не поддавалось. Ценности чагатайских эмиров Шейбани-хан отдал своим бахадурам, которые стали обеспеченными людьми на долгие годы.
Наведя свой порядок в городе и организовав из казавшихся ему преданных самаркандцев аппарат главного управления, Шейбани-хан из династических побуждений женился на красавице – вдове самаркандского темурида Султан-Ахмед-мирзы, которая была дочерью хана Юнуса и сестрой Султан-Махмуд-хана, правителя Ташкента. Таким образом, глава узбеков, происходивший из дома Джучи и считавшийся потомком в шестом поколении, теперь породнился с домом Чагатая.
Несмотря на несомненный авторитет среди соплеменников-узбеков и свой волевой характер, Шейбани, тем не менее, вынужден был подчиняться требованиям беспокойных сподвижников, которые порою предъявляли их в настойчивой и даже ультимативной форме. Официальные историографы сообщали о множестве фактов такого рода. Весьма важно отметить, что именно это буйное своеволие узбекских родовичей, по существу не считавшихся с авторитетом ханской власти, в конце концов привело к разложению и падению единого Узбекского государства.
Итак, четыре последующих после занятия Самарканда месяца прошли в грабеже мирного населения, и вскоре люди в полной мере почувствовали всю тяжесть порабощения кочевниками. Один из историков того времени писал: «Большинство сел и городов сделались равнинами и долинами, и не видно на земле ни изгибов, ни возвышений, и большую часть обитателей их зданий всплески волн горя и бесчисленные потоки страданий потопили в водовороте всеобщего смятения». Вот тогда один из самых влиятельных самаркандских ученых-теологов Абуль-Мекарим направил письмо девятнадцатилетнему Бабуру, в котором писал, что пришло время овладеть наследием своих предков, их древней столицей Самаркандом, и предлагал ему подробный план действий к захвату города. Безусловно, Абуль-Мекарим был не единственной фигурой в этом заговоре.
Бабур внял этому приглашению и, перевалив через Зеравшанские горы, Фан и Кштут, прибыл к Самарканду с небольшим отрядом и в назначенную ночь через отворенные ворота был введен в город встретившими его Абуль-Мекаримом и «всеми сановными и великими людьми» Самарканда. В ту же ночь ферганский отряд Бабура перебил более 300 человек из немногочисленного узбекского гарнизона, самаркандские жители разграбили дома узбеков и дома сторонников Шейбани-хана, а их обитателей подвергли физическому уничтожению. С наступлением дня Бабур был провозглашен падишахом.
Весть о потере Самарканда была неожиданной для Шейбани-хана, который в это время находился в нескольких километрах от города. Однако, объективно оценив боевые возможности своих войск, не стал штурмовать Самарканд, а направился в свой Туркестан. Оставшиеся же в долине Мианкаля по разным курганам – фортам немногочисленные узбекские гарнизоны или уничтожались, или изгонялись, и скоро, через какие-нибудь три-четыре месяца, почти все самаркандские туманы с их опорными пунктами признали власть Бабура. Были также взяты у узбеков хорошо укрепленные Карши и Гузар. Однако положение юного Бабура оказалось весьма непростым. Он всеми силами старался проявить заботу и заслужить расположение народа и войска. Но что он мог реально сделать, если последствия узбекского нашествия ощущались на каждом шагу. И, самое главное, весь хлеб у населения и правительственные запасы были или съедены, или уничтожены многочисленными узбекскими войсками. Наступил голод. Чтобы облегчить положение народа, Бабур распустил свои ферганские войска, содержание которых требовало немало хлеба. Этот шаг юного самаркандского главы, продиктованный его благими намерениями и неопытностью, имел самые губительные для него последствия.
Для Шейбани-хана пришло время реванша: он выступил в поход на Самарканд с большим и хорошо снаряженным войском. Бабур в свою очередь наскоро собрал войско, заручился помощью Ташкента и некоторых чагатайских эмиров и в апреле 1501 г. выступил из Самарканда навстречу Шейбани-хану. На берегах Зеравшана оба войска встретились.
Шейбани-хан держал паузу и не предпринимал решительных шагов к генеральному сражению. У Бабура было время подождать обещанное подкрепление, но, возможно, нетерпение молодости, возможно, советы военачальников, как бы то ни было, но он решил дать решительное сражение. Несмотря на всю свою храбрость и стойкость войск, проявленную в этом ожесточенном сражении, Бабур был разбит и, потеряв значительное число своих войск с высшим командным составом, вынужден был укрыться за стенами Самарканда.
