Как бы то ни было, Бабур желал еще раз попытаться освободить Мавераннахр от власти узбеков.
Итак, шах Исмаил направил Бабуру персидские боевые отряды. Располагая теперь достаточно сильной армией, Бабур решил вести войска на Гисар. Тогда же он получил из Андижана письмо от своего дяди Саид-Мухаммед-мирзы, в котором тот писал: «При счастливом посредничестве Вашего Величества Фергана освобождена от узбеков и опять введена в Ваши владения, посему – какие последуют Ваши указания, чтобы я их мог выполнить?» Безусловно, для Бабура весть об освобождении от узбеков Ферганы была радостной.
В конце зимы войска Бабура с воинами шаха Исмаила переправились через Амударью и двинулись в направлении Гисара. Местное население, узнав о выступлении Бабура, с восторгом встретило это известие, «так как жители Мавераннахра, конечно, питали к темуридам искреннюю любовь. Чагатаи, моголы, жившие в узбекских улусах, подняли всеобщее восстание, простолюдины присоединились к Бабуру».
Узбекские ханы, ввиду создавшейся крайне неблагоприятной обстановки, собрались в Самарканде для принятия решения. Свои действия они скоординировали следующим образом: правители Гисара, Хамза и Мехди-султаны, сыновья Суюнчи-Ходжи-хана, Тимур-султан, сын Шейбани-хана и другие пограничные правители-султаны, должны были выступить со своими объединенными силами и дать отпор чагатаям; Убайдулла-хан, «по своему авторитету полномочный устранять и назначать султанов», укрывшись в крепости Карши, должен был воспрепятствовать продвижению шахских вспомогательных войск; Джаныбек-султан и Кучкунджи-хан (Кучум-хан) – выступить походом на Андижан, дабы не допустить потери всей Ферганы. Суюнчи-Ходжа-хан должен был оставаться в Самарканде, чтобы в случае необходимости посылать оттуда требуемую военную подмогу. Словом, все у узбеков пришло в движение, все объединились перед лицом грозной опасности, все стремились проявить энергию для защиты и спасения доставшихся им областей Мавераннахра.
Армия Бабура тем временем дошла до Каменного моста на реке Вахш. Соединенные силы узбекских ханов, узнав об этом, вышли из Гисара, переправились через реку ниже Каменного моста, чтобы отрезать дальнейшее продвижение противника на Гисар. Но Бабур опередил их. Когда утром караульные дозоры донесли Бабуру о подходе узбекских сил, он сел на коня и вместе со своими эмирами и войском занял возвышенность у входа в ущелье. Отсюда в направлении неприятеля кроме узкой тропинки никакой другой дороги не было. Справа от этой возвышенности находилась другая, похожая на первую, на которую тоже вела единственная дорога – их разделял глубокий обрыв. Узбекские военачальники, решив взять вторую высоту, занялись построением воинских рядов в боевой порядок, Тимур-султан с отрядом в 10 тыс. человек двинулся на взятие высоты. Бабур, разгадав его маневр, направил против него Мирзу-хана с отрядом наиболее испытанных бойцов, к которому потом были присоединены воины бывшего с ним двенадцатилетнего Мирзы-Хайдара, его двоюродного брата. Начало битвы было нерешительным, с переломным успехом обеих сторон.
Вот как описывал в своих мемуарах Мирза-Хайдар эту битву: «В этой схватке, в отступлениях и нападениях, мои воины захватили одного узбека и привели его к государю. Тот счел это за хорошее предзнаменование и сказал: „Пусть запишут этого первого пленного за Мирзой-Хайдаром“. На левом фланге протекал бой в наступлениях и отступлениях до следующего дня. На стороне же, где был государь, никакого боя не было, потому что дорога там была узкая и с обеих сторон не легко было подойти. Около полудня отряд, бывший перед государем, спешился и сошел вниз. Когда настал вечер, то оказалось, что неприятелю сойти с коней и расположиться на отдых было невозможно из-за отсутствия воды, так как ближайшая вода была в расстоянии одного фарсанга. С намерением провести ночь подле воды, узбеки повернули лошадей вспять. Тогда сошедший вниз отряд Бабура вскочил на лошадей и, понукая их, бросился вслед за узбеками, уходившими вместе с Хамзой-султаном. Тогда и те узбекские силы, которые противостояли Мирзе-хану, увидав, что Хамза-султан, бывший их злым демоном, повернул назад, тоже бросились назад.
Да и когда они стояли лицом к лицу с Мирза-ханом, ни у кого из них не было стремления сражаться. Когда неприятели повернули коней обратно, противостоявшие им части Мирзы-хана бросились на узбеков в атаку и те сразу обратились в бегство. Когда же они увидели демона того войска, обращенного отрядом султана Бабура в бегство, то они тоже выпустили из рук поводья самообладания. И когда произошло это поражение узбекского войска, было время вечерней молитвы. Хамза-султан, Муталиб-султан и Мамак-султан были взяты в плен и доставлены к счастливому стремени падишаха. И государь им сделал то, что сделал Шейбак (т. е. Шейбани-хан) монгольским ханам и чагатайским султанам. Всю ночь до утра продолжалось преследование неприятелей, как и следующий день до ночи. Гнали их до границ Железных ворот».
Результаты этой победы были самые благоприятные для Бабура. Народ в своем стремлении изгнать узбеков с территории Мавераннахра был един с Бабуром.
Тимур-султан с остатками войска бежал в Самарканд, где соединился с армией Суюнчи-Ходжи-хана. Дорога на Гисар была открыта.
Что касается шаха Исмаила, то он не заставил себя ждать и вновь прислал помощь «в виде полков из представителей всех племен мира». Общая численность армии Бабура достигла 60 тыс. человек.
Итак, Бабур прошел через Гисар и достиг Карши, где со своим войском находился Убайдулла-султан. Крепость была отлично укреплена и, естественно, осада ее могла продлиться довольно долго. Посему Бабур решил идти прямо на Бухару, которую, по данным разведки, не охраняли войска узбеков.
Как только армия Бабура покинула окрестности Карши, Убайдулла-султан оставил Карши и направил свои войска в Бухару. Информация об этом скоро стала известна Бабуру, и он немедленно послал преследовать Убайдуллу десятитысячный отряд под командованием Мирзы-хана. Убайдулла-султан, видя крайне враждебное отношение мавераннахрцев к узбекам и осознавая возможность нежелательных боев с преследовавшими отрядами Бабура, счел рискованным направлять войска в Бухару и свернул степной дорогой на Туркестан.
На тот момент фактическим правителем Узбекского государства был Убайдулла-султан, поэтому бывшие в Самарканде Суюнчи-Ходжи-хан и Тимур-султан покинули город и последовали за Убайдуллой.
Осуществляя часть плана отражения натиска войск Бабура, Кучкунджи-хан и Джаныбек-султан со своими войсками вступили в Фергану. Ставленник Бабура в Фергане Султан-Саид-хан не успел что-либо предпринять для укрепления своего региона, и известие о приближении узбекских войск к Андижану застало его врасплох. Собрав на совет эмиров, Саид-хан решил незамедлительно дать отпор противнику. Для этого он избрал самую мощную из ферганских крепостей, Касан, куда направил двух эмиров для подготовки оборонительных сооружений. Едва эти мероприятия были закончены, узбекские войска подошли к стенам Касана и взяли крепость в тесное кольцо осады. Саид-хан, получив об этом известие, направил войска на подмогу своим эмирам.
Незадолго до этих событий кашгарский хан Аба-Бекр-мирза успел захватить районы, лежавшие восточнее Андижана, – Ош, Узген и др. Поэтому, когда Бекр-мирза узнал об осаде Касана, он, прихватив катапульты и другие осадные машины, двинулся на Андижан. Как свидетельствуют исторические хроники, Саид-мирза, услышав о подходе кашгарцев, был крайне этим обстоятельством обеспокоен.