В первые годы после смерти Темура Шахрух почти постоянно усмирял восстания местных правителей, которые при жизни Великого эмира были исключительно верны ему и пользовались его особой благосклонностью. Поэтому они сохранили свое могущество и воспользовались расколом династии темуридов в собственных интересах.
В то же время Шахрух столкнулся с предательством и заговорами собственных эмиров, в частности соратников Темура и их сыновей. Самыми опасными оказались люди, приближенные к властелину. Эти эмиры потребовали привилегий и, не получив их, стали открыто проявлять недовольство. Первым восстал в начале 1405 г. Сулайман-шах бен-Дауд, породнившийся с династией через брак и назначенный правителем Райи и Фирузкуха. Непосредственной причиной восстания Сулайман-шаха была казнь Шахрухом племянника Темура Султан Хусейна, которого Сулайман-шах укрывал у себя, когда тот сбежал из Мавераннахра после бунта оппозиции Халил Султана.
В конце 1406 г. против Шахруха объединились некоторые самые влиятельные его эмиры. Восстание возглавил сын соратника Темура – Саид Хаджа. Шахрух снарядил большую экспедицию и обратил их в бегство. Саид Хаджа сбежал в Шираз, но Пир Мухаммад выдал его Шахруху, и тот казнил его. Некоторые примкнувшие к Саиду Хадже эмиры вернулись к Шахруху, другие остались в Фарсе.
В конце 1408 г. вновь организовался заговор другой группы влиятельных эмиров. Главой заговора был Джаханмалик бен-Мулкат. Джаханмалик был послан на службу Шахруху, когда принц был еще ребенком, и посему пользовался большим авторитетом. Причиной заговора было опасение высоких налогов со стороны визиря Шахруха, составившего подробный список всех владений людей Шахруха, в котором их богатства были весьма преувеличены. В результате многие эмиры проявили недовольство, которое переросло в предательство. Почти все заговорщики были сыновьями и внуками самых видных сподвижников Темура. Они покинули Герат, надеясь прибрать к рукам войска, подготовленные к походу в Систан, но Шахрух успел разоблачить их и разгромить. Многих он захватил в плен, казнил Джаханмалика и Саадата бен-Темурташа, некоторых помиловал.
Как и другие принцы, Шахрух нуждался в деньгах, чтобы обеспечить верность своей армии. Историки упоминают мало случаев раздачи наград Шахрухом. Возможно, это свидетельствует о нежелании истощать казну, которая образовалась за время его правления в Хорасане. В отличие от Халил Султана, ему была свойственна привязанность к управляемой им области и заинтересованность в ее благополучии. В 1405 г., когда Шахрух планировал поход в Мавераннахр с целью свергнуть Халил Султана, он послал эмиров собрать вой ско и деньги в своей провинции и одновременно отправил Шахмалика в Бухару за ее казной.
С целью поощрения своих военачальников он использовал земельные наделы, или «суюргалы». Количество подарков, которые Шахрух раздал в первые годы своего правления, и постоянное употребление слова «суюргал» свидетельствуют о том, что это были земельные дары, не подлежавшие налогообложению и приносившие доход владельцам. Такой метод редко применялся при Темуре, но при Шахрухе стал основным средством оплаты.
Используя то силу, то дипломатию, Шахрух восстановил значительную часть империи отца. К своему царству Хорасан, где правил 50 лет, он прибавил Мазандаран, Мавераннахр с Самаркандом, Фарс с Ширазом, Исфаханом и Керман. Несмотря на два победоносных похода против Черной Орды, которая захватила Табриз, он не смог удержать Азербайджан и Западный Иран.
Шахрух был способен усмирять свои амбиции и соизмерять свои возможности в Центральной Азии, которая в то время стала добычей многих алчных и воинствующих правителей, в том числе и принцев-темуридов. Он мудро отказался от господства над Западным Ираном и Багдадом и ограничился укреплением границ своего царства, свободное же от государственных дел время посвятил трудам ума и религиозным размышлениям.
Оставив планы завоевания Китая и Индии, он направил в эти страны дипломатические и культурные миссии, которые привнесли много позитивного между странами.
При его дворе снова появился старый посол Китая, которого Темур когда-то унизил в присутствии Клавихо. Но теперь уже не стоял вопрос о войне: речь шла о торговых отношениях.
Большой любитель книг и просвещенный меценат, Шахрух создал большую библиотеку в Герате, впоследствии известной во всей Азии. Он построил «Дом книги», впечатляющий комплекс, в котором лучшие специалисты своего дела создавали рукописи: переписывали каллиграфическим почерком старые тексты, рисовали миниатюры, переплетали и классифицировали.
Не совсем типичным для этого темурида был тот факт, что он всю жизнь предпочитал Герат Самарканду.
Смерть Шахруха в 1447 г. ускорила крах огромной империи, созданной Амиром Темуром вокруг Самарканда.
Далее следует остановиться на истории Азербайджана, потому как она свидетельствует о самых слабых местах в системе, созданной Темуром. Азербайджан темуриды потеряли первым вместе с Западным Ираном.
После смерти Темура Азербайджаном правил сын Мироншаха Умар. Первой угрозой его власти стал Джаханшах бен-Чеку, один из самых верных и, возможно, самых влиятельных соратников Темура, который унаследовал от своего отца Чеку Барласа и войска караунасов, и пост эмир аль-умара. Темур сделал его опекуном Умара, назначив правителем этой провинции. У Джаханшаха и Умара была масса противоречий в вопросах правления, и Джаханшах, пытаясь убедить Умара продолжить политику Темура, видел, что тот все меньше следует его советам. Через месяц после смерти Завоевателя Джаханшах выступил против Умара: он вошел в палатку Умара, где тот беседовал со своими советниками, и убил нескольких его приближенных. Когда же Джаханшах понял, что силы неравны, он ретировался, но его преследовали и убили. Все историки сходятся на том, что это была попытка усилить свою власть и влияние. Согласно одним источникам, он чувствовал неприязнь Умара, которая должна была скоро излиться в какие-то действия против него, согласно другим – имея большую власть, он стремился к верховенству. Анализируя его положение, можно сказать, что он был способен править Азербайджаном – с Умаром или без него. Но при этом он был, по собственному мнению, верным исполнителем воли Темура.
Другой угрозой власти Умара были его брат и отец. В 1403 г. Темур разделил Западный Иран между сыновьями Мироншаха, отдав Халилу Султану Армению и Грузию, Умару – Азербайджан, а Аба Бакру – западную часть Ирана и Курдистан. Сам Мироншах, ранее лишенный правления, поехал с Аба Бакром в Иран. Вскоре после смерти Темура Аба Бакр уступил Иран Ахмаду Джелаиру и вместе с Мироншахом присоединился к Умару в Азербайджане. Принцы начали ссориться, и Умар арестовал Аба Бакра, посадил его в тюрьму в Султании и присоединил к своим войскам его армию.
Аба Бакр с помощью охранников сбежал из тюрьмы, забрал казну Султании, поделив ее между своими воинами. Затем пошел на соединение войск с Мироншахом, который был уже в Хорасане (это случилось в начале 1405 г.). Аба Бакр и Мироншах затем вновь вернулись и захватили Султанию. Многие эмиры Умара перешли к Аба Бакру, в том числе двое, собиравшие налоги в Табризе, они и отдали собранные средства Аба Бакру. Тем не менее Аба Бакр убил многих из них как участников своего пленения.