17 февраля собор избрал царем Бориса. Его предложил сам Патриарх. Три дня служили молебны, чтобы Бог помог смягчить сердце Бориса Федоровича, и 20 февраля отправились опять просить его на царство, но он снова отказался; отказалась и Ирина благословить его. Тогда 21-го Патриарх взял чудотворную икону Божией Матери и при огромном стечении народа отправился с крестным ходом в Новодевичий монастырь, причем было решено, что если Борис опять будет отказываться, то его отлучат от Церкви, духовенство прекратит совершение литургий, а грех весь падет на душу упорствующего. После совершения в монастыре литургии Патриарх с боярством пошел в келью Ирины, где был Борис, и начал уговаривать его, а в монастырской ограде и за монастырем стояли толпы народа и криком просили Бориса на престол. Тогда наконец Ирина согласилась благословить брата на престол, а затем дал согласие и Борис.
Так повествует об избрании официальный документ – «Избирательная грамота» Бориса, но иначе передают дело некоторые неофициальные памятники. Они говорят, что Годунов добивался престола всеми силами и старался заранее обеспечить свое избрание угрозами, просьбами, подкупами, перед лицом же боярства и народа носил маску лицемерного смирения и отказывался от высокой чести быть царем. О подкупах и агитации Бориса говорит, между прочим, и Буссов: в своем рассказе об избрании Бориса, очень баснословном вообще, он повествует, что Ирина, сестра Бориса, призвала каких-то сотников и пятидесятников (вероятно, стрелецких) и подкупила их содействовать избранию ее брата, а сам Борис своими агентами избрал монахов, вдов и сирот, которые его славословили и выхваляли народу. Этот оригинальный прием избирательной агитации Борис усилил еще другим: он подкупал будто бы бояр. Но боярство и было врагом Бориса, против которого он должен был агитировать, и, если агитировал, то, конечно, не одной сиротской и вдовьей помощью. Что же касается до загадочных сотников и пятидесятников, то, если разуметь под ними стрельцов, они не могли принести пользы Борису, ибо на соборе 1598 г. их почти не было, а агитировать вне собора они могли только в низших слоях московского населения, а эти слои слабо были представлены на соборе. По таким и другим несообразностям рассказ Буссова об избрании Бориса следует заподозрить. Он писал, вероятно, по русским слухам. Эти слухи несколько определеннее высказаны в русских сказаниях. Там тоже встречаются известия о безнравственных поступках Бориса при его избрании. И с первого взгляда многочисленность этих известий заставляет верить в их правоту, но более близкое с ними знакомство разрушает доверие к ним. Некоторые хронографы и отдельные сказания обвиняют Бориса в следующем: он лестью и угрозами склонял народ избрать его на царство, рассылая своих приверженцев по Москве и в города; он силой, под страхом большого штрафа сгонял народ к Новодевичьему монастырю и заставлял его слезно вопить и просить, чтобы Борис принял престол. Но все сказания, где находятся эти данные, имеют характер компиляций, и компиляций позднейших, причем в обвинениях Бориса следуют все одинаково одному сказанию, составленному в самом начале XVII в. («Иное сказание»).
Таким образом, многочисленность сказаний, направленных против Бориса, теряет свое значение, и мы имеем дело с одним памятником, ему враждебным. Это враждебное Борису сказание вышло из-под пера слепого поклонника Шуйских и смотрит на события партийно, ценит их неверно, относится к ним пристрастно. Можно ли полагаться на этот источник в деле обвинения Бориса, когда мы знаем, что Борис имел много прав на престол и пользовался популярностью; когда, наконец, мы имеем такие показания, которые дают полное основание предполагать, что собор не был запуган Борисом, не был искусственно настроен к тому, чтобы избрать именно его, Бориса, а совершил это вполне сознательно и добровольно?
При открытии собора Патриархом Иовом была сказана искусная и риторически красноречивая речь, в которой он перечислял заслуги Бориса и его права на престол и со своей стороны, как представитель и выразитель мнений духовенства, высказал, что он не желал бы лучшего царя, чем Борис Федорович. Эта речь, в которой видят обыкновенно давление на собор, не допускавшее возражений, может быть легко понятна и без таких обвинений. Она, бесспорно, должна была произвести сильное впечатление на членов собора, но не исключала возможности свободных прений. Они и были, как можно судить по летописному описанию собора 1598 г. В этих прениях «князи Шуйские единые его нехотяху на царство: узнаху его, что быти от него люд ем и к себе гонению; оне же от него потом многия беды и скорби и тесноты прияша». До сих пор было принято верить буквально этим строкам «Нового летописца», хотя, быть может, было бы основательнее думать, что этот летописец, вышедший, по всей видимости, из дворца Патриарха Филарета, поставил здесь имя Шуйских, так сказать, для отвода глаз. Ведь Шуйские не терпели от царя Бориса «потом» скорбей и теснот и с этой стороны вряд ли могли его «узнать». Не к ним должна быть отнесена эта фраза летописца, а всего скорее к Романовым, которые действительно претерпели в царствование Бориса. Никакой другой источник не говорит об участии Шуйских в борьбе против Годунова; напротив, о Романовых есть интересные известия как о соперниках Бориса. Есть даже намеки на прямое столкновение из-за царства Федора Романова с Годуновым в 1598 году. Но как бы то ни было, большинство на соборе было за Бориса, и он был избран в цари собором совершенно сознательно и свободно, по нашему мнению. Собор стал на сторону Патриарха, потому что предложенный Патриархом Борис в глазах русского общества имел определенную репутацию хорошего правителя, потому что его любили московские люди (как об этом говорит Маржерет), знали при царе Федоре Ивановиче его праведное и крепкое правление, «разум его и правосудие», как выражаются летописцы. Борис был вообще популярен и ценим народом. На память его было по многим причинам воздвигнуто гонение при Лжедмитрии и Шуйском. Когда же Смута смела и Шуйских, и самозванцев, и старое московское боярство, боровшееся с Годуновым, то, несмотря на официально установленную преступность Годунова в деле смерти царевича Дмитрия, писатели XVII в. оценили личность и деятельность Бориса иначе, чем ценили ее современники-враги, над ним восторжествовавшие, и их литературные последователи. Князь Иван Михайлович Катырев-Ростовский в своем сочинении о Смуте, написанном по личным воспоминаниям в первой половине XVII в., сочувственно относится к Борису и в следующих чертах рисует нам этот симпатичный образ: «Муж зело чуден, в разсуждении ума доволен и сладкоречив, весьма благоверен и нищелюбив и строителен зело, и державе своей много попечения имел и многое дивное о себе тво-рягце»; но в то же время, отдавая дань общим воззрениям этой эпохи, писатель прибавляет, что одно «ко властолюбию ненасытное желание» погубило душу Бориса. Такой же симпатичный отзыв дает нам и знаменитый деятель и писатель, друживший с Василием Ивановичем Шуйским, Авраамий Палицын: «Царь же Борис о всяком благочестии и о исправлении всех нужных царству вещей зело печашеся, о бедных и нищих промышляйте и милость таковым великая от него бывайте; злых же людей люте изгубляше и таковых ради строений всенародных всем любезен бысть». Наиболее независимый в своих отзывах о Борисе автор, Иван Тимофеев, признает в нем высокие достоинства человека и общественного деятеля. В некоторых хронографах также находим похвалы Борису. В одном из них находится следующее замечательное суждение о Борисе: после общей благосклонной Борису характеристики автор хронографа говорит, что «Борис от клеветников изветы на невинных в ярости суетно принимал и поэтому навлек на себя негодование чиноначальников всей русской земли; отсюда много напастных зол на него восстали и доброцветущую царства его красоту внезапно низложили».