Уже на первом заседании Комиссия констатировала, что «департамент полиции не обладает специальными знаниями военной организации русской и иностранных армий и, вследствие этого, не может руководить контрразведочной службой», поэтому последняя должна состоять «в ведении военного начальства». Курлов предложил для решения этой проблемы откомандировать в распоряжение военных опытных в розыскном деле жандармских офицеров. Они, по его мысли, должны были стать «основной исполнительной силой» в формирующихся при штабах военных округов контрразведывательных отделениях. Обосновывая свое предложение, он говорил: «Исходя из положения, что Департамент полиции не обладает специальными знаниями военной организацией русской и иностранных армий и вследствие этого не может руководить контрразведывательной службой… органы Департамента полиции могут оказывать лишь содействие и помощь». Курлов считал, что «офицеры-жандармы могли бы быть в отделении лишь вспомогательной силой и вести контрразведку по указаниям стоящего во главе отделения офицера Генерального штаба». Члены комиссии поддержали точку зрения Курлова, а полковник Монкевиц обязался представить военному министру подробный доклад о результатах совещания.
4 августа 1910 г. состоялось второе заседание 2-й Межведомственной комиссии, где уже были обговорены детали организации и финансирования новой российской спецслужбы. На следующий день, 5 августа 1910 г., Курлов направил Сухомлинову специальное письмо с информацией по этому вопросу. Очевидно, Сухомлинов был уже подготовлен к тому, что военное ведомство будет заниматься новыми функциями. Генерал Курлов так определил круг обязанностей и полномочий командируемых и знающих дело розыска жандармских офицеров: «…для технической работы и производства необходимых следственных действий». Руководство российской тайной полиции отдавало себе отчет, что разрывать оперативно-розыскную и следственную деятельность нецелесообразно.
Результаты работы 2-й Межведомственной комиссии оказались более результативными. Так, по сравнению с 1-й Комиссией изменилось финансирование и организационно-штатное построение контрразведывательной деятельности. Денежные отчисления должны были составить уже 845 тыс. руб. в год. Комиссия Курлова признала весьма желательным, «чтобы Военное министерство вошло с представлением в Совет министров об ассигновании в текущем году еще 200 тыс. руб.». Претерпело некоторые изменения предполагаемое число военно-окружных центров контрразведки. Так, в последнюю очередь было принято решение о создании контрразведывательного отделения (КРО) Петербургского военного округа. Это связано с тем, что штаб войск гвардии в лице начальника фон Бринкена отказался принимать участие в работе 2-й Межведомственной комиссии. Потребовалось время, чтобы убедить штаб гвардии в целесообразности создания контрразведывательных отделений.
Согласно обновленным штатам численность личного состава семи отделений армейской контрразведки определялась в 108 единиц, из которых 23 передавались штабу войск гвардии и Петербургского военного округа, 19 — Варшавского, 17 — Киевского, и по 13 — штабам Хабаровского и Виленского военных округов; по 11 и 12 единиц получали Иркутский и Одесский округа соответственно. В предполагаемой структуре столичному контрразведывательному отделению отводились две должности помощников начальника отделения, одна из вакансий замещалась офицером морского ведомства. Финансирование разведывательной и контрразведывательной деятельности проводилось по графе «Секретные расходы» Военного министерства.
В согласованиях и переписке бюрократических структур прошел еще почти целый год, прежде чем 8 июня 1911 г. военный министр Сухомлинов утвердил подготовленный Генеральным штабом пакет совершенно секретных документов. Это были: «Положение о контрразведывательных отделениях», «Инструкция начальникам контрразведывательных отделений», «Правила регистрации лиц контрразведывательными отделениями» и «Инструкция начальникам контрразведывательных отделений по расходованию ассигнуемых им сумм и ведению отчетности по ним». Именно эти документы легли в основу организации российской контрразведки перед войной.
Так молодая российская контрразведка приобрела официальный статус спецслужбы Российской империи. Теперь к небольшому оперативному подразделению ГУ ГШ — Разведочному отделению, существовавшему с 1903 г. только в столице Российской империи, добавилось еще одиннадцать отделений при штабах военных округов. Одновременно при Особом делопроизводстве в отделе генерал-квартирмейстера Генерального штаба начал действовать Центральный регистрационный орган, в котором сосредоточивались материалы по вопросам борьбы с военным шпионажем.
Согласно Положению «контрразведывательные отделения создавались для борьбы с военным шпионством, и вообще для воспрепятствования тем мерам иностранных государств, которые могут вредить интересам империи». Военное шпионство квалифицировалось как «всякая деятельность по добыванию сведений о вооруженных силах, военно-материальных и военно-технических средствах». К нему было отнесено следующее: «сбор всякого рода сведений о вооруженных силах (сухопутных и морских), об укрепленных пунктах государства, а также имеющих военное значение географических, топографических и статистических данных о стране и путях сообщения, производимый с целью передачи их иностранной державе».
Все контрразведывательные отделения были учреждены в крупных городах и состояли при штабах военных округов. Петербургское городское отделение находилось на особом положении и состояло при Отделе генерал-квартирмейстера ГУ ГШ. Во главе каждого контрразведывательного отделения стоял офицер Отдельного корпуса жандармов. Он был непосредственно подчинен генерал-квартирмейстеру ГУ ГШ (как это было в Петербурге) или генерал-квартирмейстеру штаба соответствующего Военного округа. Вся делопроизводственная переписка, доклады и соображения на имя генерал-квартирмейстера шли через делопроизводителя Особого делопроизводства Отдела генерал-квартирмейстера (Огенквар) ГУ ГШ в Петербургском городском отделении и соответственно старших адъютантов разведывательных или отчетных отделений окружных штабов. Все делопроизводство по контрразведывательному отделению и переписка по вопросам борьбы с военным шпионством возлагались на помощника делопроизводителя из числа прикомандированных офицеров Отдельного корпуса жандармов.
Инструкция начальникам контрразведывательных отделений определяла задачи борьбы как с военным шпионством, так и с прочими видами деятельности иностранных государств, угрожающей внешней безопасности Российской империи. Она состояла из 22 статей и регламентировала деятельность вновь созданных органов государственной безопасности. В частности, ставила задачу выявления заграничных разведывательных центров, которые, с одной стороны, являлись первоисточниками организованного шпионства в России, а с другой — средоточием добываемых иностранными шпионами сведений. В дальнейшем было признано необходимым заведение «в означенных центрах постоянной агентуры, а равно путем устройства на службу к ним в качестве агентов-разведчиков возможно большего числа подставных лиц» для всестороннего выяснения «всей организации иностранного шпионства и преследуемых последним задач». Инструкция особо предостерегала, что использование двойных агентов для контрразведывательных целей «должно быть крайне осторожно и лишь в исключительных случаях».
