Кахановской комиссии, опираясь на материалы, собранные министерством и особыми сенаторскими ревизиями (проведёнными в 1880-х гг. по указанию М. Т. Лорис-Меликова в 8 европейских губерниях России), предстояло разработать проект нового устройства местных административных учреждений, а также учреждений земского, городского и крестьянского управления. При этом предусматривалось сократить число местных учреждений, а в оставшихся расширить их полномочия. Цели комиссии и способы их реализации подробно были рассмотрены во втором докладе Игнатьева императору 19 октября 1881 г. Реальная работа комиссии началась со второй половины ноября 1881 г. На заседаниях 20 ноября 1881 г., 22 и 26 января 1882 г. ею был выработан подробный план работы, утверждённый в апреле 1882 г. Комитетом министров и Александром III. Тогда же в апреле для составления первоначального проекта реформы местного управления из числа членов комиссии создали Совещание под председательством Каханова в составе Ковалевского, Мордвинова, Половцова (в январе 1883 г. его сменил Г. П. Галаган), Шамшина, Готовцева, Ваганова, Андреевского и сенатора Барыкова. В отдельных заседаниях Совещания участвовали сенаторы и члены Государственного совета Е. П. Старицкий, М. Н. Любощинский, Э. В. Фриш, сенаторы А. Д. Шумахер и П. П. Семёнов, товарищ министра внутренних дел И. Н. Дурново, директора департаментов Министерства внутренних дел — общих дел (В. Д. Заика), хозяйства (А. Г. Вишняков), полиции (В. К. Плеве). Состоялось 60 заседаний Совещания.
Сменивший Игнатьева Толстой не только не содействовал кахановской комиссии, но с самого начала относился к ней с величайшим презрением, говорил, что «она не способна произвести ничего путного» (373, с. 240).
В то же время комиссия продолжала свою деятельность при нём. «Если бы, — оправдывался он, — я испросил высочайшее повеление закрыть комиссию, то мои противники стали бы утверждать, что не по своей вине она была лишена возможности облагодетельствовать Россию, — напротив мне хочется, чтобы она договорилась до чёртиков и сама обнаружила свою несостоятельность» (там же). По всей видимости, в то время Толстой не знал, кем можно было заменить Каханова.
Между тем вышеозначенное Совещание к ноябрю 1883 г. подготовило проект реформы, который включал в себя 7 разделов: 1) сельское общество (24 ст.), 2) волостное управление (26 ст.), 3) городское управление (76 ст.), 4) полиция (62 ст.), 5) уездное управление (136 ст.), 6) губернское управление (101 ст.), 7) порядок надзора и рассмотрения пререканий (71 ст.). В первом разделе проекта предусматривалось создание всесословного сельского общества, в состав которого входили представители всех сословий, проживавших в нём. Наряду с сельским обществом сохранялась крестьянская поземельная община как юридический орган. Во втором разделе проекта волость как административная единица крестьянского управления упразднялась. Вместо неё создавалась всесословная волость в виде административно-территориальной единицы, включавшей не только сельские общества, но и посады, местечки и заштатные города. Управлять волостью должен был волостель, избираемый уездным земским собранием на шесть лет.
В третьем разделе проекта говорилось, что органы городского общественного управления и их функции остались прежними, согласно Городовому положению 1870 г. В четвёртом разделе проекта реорганизация полиции предполагала деление уездов на станы (во главе со становым приставом), станов — на сотни (во главе с сотским), сельских обществ — на десятки. Институт уездных урядников и уездные полицейские управления с сословными заседателями упразднялись. Главным начальником полиции должен был быть признан губернатор.
По пятому разделу проекта, в уезде упразднялись Общее присутствие полицейского управления, Присутствия по крестьянским и воинским делам, Распорядительный комитет и др. Создавалось Финансовое управление. Высшая власть в уезде должна была принадлежать не исправнику, как прежде, а Присутствию уездного управления в составе председателя, исправника и председателя земской управы. По шестому разделу проекта, губернское правление ликвидировалось, создавалось присутствие губернского управления, подчинённое Сенату. В его состав входили предводитель дворянства, вице-губернатор, прокурор окружного суда, председатель и один из членов губернской земской управы. Главным начальником губернии и председателем присутствия должен был быть губернатор.
Земство включалось в общую систему местных уездных и губернских учреждений, при этом функции его несколько расширялись, а система выборов существенно улучшалась. В целом организация органов уездного и губернского управлений приобретала большую стройность. Изменялся несколько общий характер местных учреждений, имевших ярко выраженную полицейскую направленность (129, с. 226).
Осенью 1884 г. проект, выработанный Совещанием, был передан на рассмотрение кахановской комиссии, состав которой был сильно изменён и увеличен до 34 членов. Из них 19 вошло по особому назначению и соглашению с надлежащими ведомствами, а 15 — по приглашению из числа местных деятелей. В состав комиссии были включены члены Государственного совета П. А. Шувалов, К. И. Пален, сенаторы Н. Г. Принтц и П. В. Оржевский, товарищи министров народного просвещения М. С. Волконский и государственных имуществ В. И. Вешняков, чиновники Министерства финансов (В. А. Ольхин) и Министерства внутренних дел (П. А. Анин), а также представители с мест — губернаторы: воронежский (А. В. Богданович), подольский (С. Н. Гудим-Левкович), пермский (А. К. Анастасьев); губернские предводители дворянства: тамбовский (Г. В. Кондоиди), псковский (А. Е. Зарин), пензенский (А. Д. Оболенский); уездные предводители дворянства: С. С. Бехтеев, Л. Н. Гагарин, И. А. Горчаков, Е. Н. Дубенский, П. А. Карпов, М. А. Константинович, Д. Л. Наумов, А. Д. Пазухин, Н. А. Чаплин.
В результате в кахановской комиссии сложились две группы. Одна либеральной бюрократии, представлявшей центральные учреждения и в основном поддерживавшей курс реформ. И вторая — местной администрации и дворянства, выступавших за восстановление сословного дворянского самоуправления (лидером последних считался Пазухин). Кахановская комиссия рассматривала проект реформы в ходе 41 заседания, вплоть до 11 апреля 1885 г. В процессе этой работы проект претерпел серьёзные изменения. В частности, были исключены положения о всесословной волости и всесословном сельском обществе, о расширении прав земств, усилена роль поместного дворянства в местном самоуправлении. Но система уездных и губернских учреждений в целом была сохранена. 22 февраля 1885 г. граф Толстой представил Александру III доклад о работе кахановской комиссии, уделив особое внимание её либеральной направленности. Последовала следующая резолюция императора: «Мне всё кажется, что кахановская комиссия работает безрезультатно. Все эти вопросы должны исходить от Мин (истерства) внутренних дел и слишком важны, чтобы предоставлять рассуждать об них такой громадной комиссии. Не пора ли подумать, каким образом прекратить её деятельность» (37, оп. 1, д. 65, л. 198). Кахановской комиссии был предоставлен двухмесячный срок для завершения работы. 11 апреля 1885 г. она была закрыта, просуществовав немногим более трёх лет. Конец её работы знаменовал собой полный возврат на старый путь безграничного господства бюрократии. Практического значения деятельность Комиссии не имела, однако в ходе её работы появились первые проекты пересмотра реформ предыдущего царствования.
