Фердинанд плакал и шептал, что его внук Фердинанд в самом деле несчастлив, на что советники ответили, что он является братом Карла, которому предстоит стать королем, а может ли быть большая удача?!
В итоге право наследования было закреплено за Хуаной и ее наследниками, а Хименес стал регентом Кастилии до приезда Карла в Испанию. Фердинанд оставил управление Арагоном своему незаконному сыну, архиепископу Сарагосскому, о карьере которого он беспокоился и которому Изабелла не хотела оказывать благодеяний.
Фердинанд скончался утром 23 января 1516 г., и его похоронили в Альгамбре рядом с Изабеллой. По завершении строительства столичной церкви их прах был перенесен туда, а позже Карл воздвиг мавзолей из белого мрамора.
Хименес во второй раз стал регентом Кастилии. В начале своего регентства он имел оппозицию в лице Адриана Утрехтского, заявившего, что Карл намеревался назначить регентом именно его. Путь Хименеса был нелегким, и в конечном счете Адриан и Хименес поделили между собой регентство до дальнейших указаний Карла. Карл, без сомнения, понимал, что Хименес обладает выдающимися способностями, и очень скоро послал ему указания, в результате которых кардинал получил полноту власти. Но в то же время молодой принц очень ясно выказал и полное доверие Адриану. С тех пор Адриан желал поддерживать мир, Хименес позволил ему выполнять его функции, и оба они по-прежнему держали в своих руках регентское правление.
Карл объявил о своем желании стать королем. Это было сложно сделать, поскольку королевой считалась Хуана, жившая в Тордесильясе как в заключении.
Это предложение встретило жесткое сопротивление не только Хименеса, но и королевского совета. Однако шестнадцатилетний Карл решил твердо следовать по намеченному пути.
Хименес написал Карлу, что его упорство выходит за рамки уважения к матери. Но, поняв, что это ни к чему не приведет, Хименес велел повесить знамена, на которых были начертаны слова:
«Истинно, истинно, истинно, дон Карлос — наш господин». Испанский народ был в некоторой степени пассивен, поскольку люди считали, что сын предал свою несчастную мать. И все же Карл уверенно шел своей дорогой, что часто проявлялось и впоследствии.
Хименесу в ту пору было восемьдесят лет, и его энергия и мужество были поистине удивительны.
У него было много беспокойств и волнений в такое сложное время, но все же в делах чувствовалась его твердая рука.
Фердинанда, внука короля Фердинанда, любимца Хименеса, собирались назначить на равный пост с братом по завещанию деда. Это побудило небольшое окружение Фердинанда объединиться вокруг него и попытаться устроить бунт. Его старший брат Карл, который находился под влиянием своего деда по отцовской линии, императора Максимилиана, даже не мог говорить по-испански и не знал испанских обычаев. Поэтому многие предпочитали видеть на троне его младшего брата, настоящего испанца.
Однажды, когда Фердинанд охотился и встретил в лесу отшельника, назвавшего себя мудрецом, тот уверил его в том, что однажды он станет королем Кастилии.
Мальчик верил в это и теперь готов был встать во главе восстания.
Но Хименес обладал властью. Хоть он и любил мальчика, которого взял в Алькала, он не забывал о своем государственном долге. Он мог никогда не видеть Карла, но Карл был прямым наследником трона, и Хименес собирался сохранить трон для него до его возвращения в Испанию.
Поэтому он решил учредить двор, в центре Испании, откуда мог с легкостью контролировать округа, где могло бы подняться восстание. Он выбрал Мадрид, свою епархию в Толедо, и с того дня этот город приобрел в Испании особое значение.
Внимание Хименеса было сосредоточено на молодом Фердинанде, и он не позволял мальчику надолго отлучаться из Мадрида. Он считал, что Кастилия и Арагон должны составлять единую страну, а в случае перехода Арагона к Фердинанду, а Кастилии к Карлу Испания отступила бы назад в историческом развитии, снова разделившись на две отдельные монархии. Поэтому Хименес решил спасти Испанию от молодого человека, которого он никогда не видел, и обуздать амбиции его брата, к которому был по-настоящему привязан.
Таким образом, этот старый человек правил Кастилией в роли регента вместо Карла, который, в свою очередь, был регентом вместо своей больной матери. И вдобавок к этим обременительным обязанностям он не забывал о своем долге Великого инквизитора Кастилии.
В период его пребывания на посту жестокость инквизиции не ослабевала, поскольку Хименес решил полностью уничтожить ересь.
Теперь, когда в Испании появился новый король, который до этого жил среди фламандцев, в котором не было испанского духа, новообращенные христиане получили надежду. Было ясно, что новый король не проявлял к инквизиции такого расположения, как его дед. Поэтому они предложили Карлу, как и раньше Фердинанду, выплатить большую сумму денег, чтобы король ввел в инквизиции новые законы.
Новообращенные просили отменить секретность и дать им возможность видеть в лицо тех, кто давал против них показания, как это было в гражданских судах.
Карл был готов удовлетворить эту просьбу, но Хименес пришел в ярость и отменил решение Карла, как ранее решение Фердинанда.
Если обвиняемый будет знать своих обвинителей, спрашивал Хименес, то кто же захочет стать осведомителем?
Поэтому просьба не была удовлетворена. Хименес предвидел, что в этом случае будет затруднено преследование еретиков.
Хименес выждал день. Карл был готов принять рекомендацию советников. Ему было только шестнадцать лет, но он уже осознавал огромную ответственность, понимая, что он не знает страны, которой его позвали править.
Прескотт говорит, что Карл оказался способен, несмотря на влияние окружения в раннем возрасте, вознестись затем до вершин власти. Но о способностях Карла свидетельствовало уже то, что в шестнадцать лет он был настолько мудр, что мог осознавать свои слабые стороны.
Со смерти Фердинанда прошло двадцать месяцев. Здоровье Хименеса стало ослабевать. Папа Лев X, услышав о его состоянии, написал Хименесу, что в восемьдесят лет человек должен позаботиться о себе. Он писал, что Хименес не должен спать в грубой францисканской одежде на плохой кровати. Лев приказал ему передать другому свои служебные обязанности и жить на старости лет в комфорте.
Прочитав это письмо, Хименес пришел в негодование. Он кричал, что большую часть жизни носил францисканскую одежду и не собирается выполнять приказание.
Когда он узнал, что Карл приплыл в Испанию, его дух взыграл, и к нему словно вернулась энергия. Казалось, ему предстоит прожить еще много лет.
26 сентября он отправился в монастырь в Да Агильера неподалеку от Аранды и в начале октября отслужил мессу и отужинал с монахами. Карл не спешил встретиться с регентом, и до Хименеса дошло известие, что король намеревается посетить Арагон, прежде чем приехать в Кастилию. Фламандцы из окружения Карла, которые надеялись им управлять, были озабочены тем, чтобы он не встретился с Хименесом, поскольку были уверены в том, что сильная личность старого францисканца произведет мрачное впечатление на юного короля. И Карл, согласно некоторым хроникам, склонился к тому, чтобы написать Хименесу знаменитое письмо, удивительное по неблагодарности, которое, как говорили, разбило сердце Хименеса и ускорило его смерть.