Тем временем скончался Павел IV и был избран Пий IV. Последний дал необходимое разрешение, и декан Вальдес Овьедский с триумфом вернулся к инквизитору Вальдесу.
Когда Филипп услышал, что человек, которого он вместе со своим отцом избрал на почетную должность, был арестован и предан суду инквизиции, он ничего не стал делать, чтобы его спасти. Филипп доказал сам себе, что не стоит испытывать эмоций даже по отношению к тем, кто считает себя его друзьями. Впадание в ересь было, по его мнению, тягчайшим грехом. Ему сказали, что вдобавок к тому, что труды Каррансы вызывают подозрение, многие заключенные лютеране в Вальядолиде и Севилье свидетельствовали против него. Филипп лишь попросил, чтобы арест не унизил достоинство архиепископа Толедского и Испанского.
Он написал своей сестре Хуане, тогдашней правительнице Испании в связи с его отсутствием в стране, чтобы она вызывала Каррансу под каким-либо предлогом и после этого, соблюдая приличия, приказала взять его под стражу.
Принцесса написала архиепископу, что он должен как можно скорее приехать в Вальядолид, где ему следует ожидать возвращения его величества короля в Испанию.
Послание взялся доставить Родриго де Кастро, брат Педро де Кастро, желавший низложить Каррансу. Он так горел нетерпением увидеть архиепископа арестованным, что примчался во дворец Каррансы Алькала-де-Хенарес, загнав нескольких лошадей, был совершенно измотан и смог ходить лишь через пару дней.
Карранса понял, что обманут, и стал немедленно обдумывать, с какими просьбами обратиться к королю, чтобы тот принял меры к его спасению. В то же время он вспомнил, какое подозрение вызвала его книга, и решил не уезжать, пока Кастро не выздоровеет, чтобы мог его сопровождать. Через несколько дней после приезда Кастро появился другой гость. Это был Диего Рамирес, приехавший объявить об Эдикте веры.
Эта прокламация была отмечена церковью Сан Франциско, и Карранса сам читал проповедь, сказав людям, что они должны слушаться эдикта и если они подозревают кого-либо в ереси, то должны пойти и разоблачить этого человека.
Было отмечено, что в эдикте в тот раз было упоминание о ереси в книгах, и, вероятно, это подорвало уважение к архиепископу.
Карранса, несомненно, был очень обеспокоен. С того момента, когда книга попала под подозрение, он почувствовал, что ему не избежать ареста. Он лучше других знал методы инквизиции. Вероятно, он полагал, что только благодаря своему положению остается на свободе. Казалось, Карранса стремился отложить свой отъезд в Вальядолид. Возможно, он думал, что, дождавшись прибытия Филиппа в Испанию, он получит поддержку человека, в справедливости которого был уверен. Поэтому перед тем как оставить Алькала, он максимально отсрочивал отъезд.
В Фуэнте-дель-Сас монах, который преподавал в колледже в Алькала, подошел к Каррансе и сообщил ему о слухах, ходивших по Вальядолиду, и о том, что был заговор, его решили арестовать и предать суду инквизиции. Этот монах посоветовал ему вернуться в Алькала или как можно быстрее добраться до Вальядолида, поскольку в тихой деревушке к нему могут подкрасться альгвасилы и потащить его в тюрьму, из которой он может не вернуться, Карранса ответил на это, что он уже слышал об этих чудовищных событиях. Его вызвала принцесса Хуана для того, чтобы он ждал короля, возвращающегося домой. Как его могут заподозрить в ереси? Разве он не вернулся недавно из Англии, где провел кампанию против еретиков?
Вальдес стремился его арестовать. Он опасался, что Карранса достигнет Вальядолида и что туда может прибыть сам Филипп. Если Карранса расскажет свое дело королю, то вполне вероятно, что он будет вне подозрений. Вальдес решил, что не следует предоставлять Каррансе удобный случай.
Когда Карранса достиг Торрелагуны в воскресенье, 20 августа 1559 г., там его ждал Фрей Педро де Сото, который предупредил его об опасности. Он сказал, что Каррансе грозит неминуемая опасность, поскольку его друг, Луис де ла Крое, уже арестован в Вальядолиде. Карранса спросил, по какому обвинению его могут арестовать, и сам же ответил: «Они сделают из меня еретика!» Беда нагрянула неожиданно. Альгвасилы пробрались к Торрелагуне. Себриан, начальник альгвасилов, член совета инквизиции, остановился в одной из гостиниц, где проводил дневное время в постели и выходил лишь ночью, когда его не могли заметить. Во вторник 22 августа сто человек расположились на небольшом расстоянии от Торрелагуны, готовые совершить арест.
В субботу, 27-го числа, Родриго де Кастро отужинал с архиепископом, затем, сославшись на усталость, оставил его и пошел в дом, в котором остановился, чтобы удостовериться, что находившиеся там альгвасилы пребывают в полной готовности. Затем он вернулся в дом, где находился архиепископ, и сказал хозяину гостиницы, что ему дала приказ Священная служба инквизиции и он должен беспрекословно его выполнять. Испуганный домовладелец немедленно заверил, что, как подданный короля, он готов стать верным слугой инквизиции. Это удовлетворило де Кастро. Домовладелец ушел и оставил все двери дома открытыми.
Ночью де Кастро вошел с несколькими помощниками в дом, где лежал архиепископ, поднялся по ступенькам, остановился возле комнаты, в которой спал монах, прислуживавший Каррансе. Де Кастро постучал в дверь. «Кто там?» — спросил монах. Последовал зловещий ответ: «Священная служба».
Родриго де Кастро вошел и позвал главного альгвасила, чтобы тот выполнил свои обязанности.
«Досточтимый сеньор, — обратился к Каррансе альгвасил, — Священная служба приказала мне заключить вас в тюрьму». Затем он зачитал приказ инквизиции и совета. Карранса заявил, что Великий инквизитор не имеет права арестовывать архиепископа Испании, Но после этого ему показали разрешение папы, и Карранса понял, что над ним навис злой рок.
Его забрали из города ночью, и все жители были предупреждены о том, что им запрещено смотреть в окна до рассвета. Никто не имел права выходить из дома. Когда злосчастный кортеж достиг Вальядолида, Карранса был помещен в дом Педро Гонсалеса де Леона, находившийся за пределами города.
Арест был произведен в обстановке крайней секретности, и многие боялись упомянуть имя архиепископа. Некоторых посадили в тюрьмы за то, что они говорили о нем и намекали на то, что его схватила инквизиция.
Все эти действия были весьма характерны для инквизиции. С Каррансой не обращались так скверно, как с другими заключенными, томившимися в тюрьмах инквизиции. Согласно Льоренте, у Каррансы был сопровождающий, Фрей Алонсо де Утрилья, и паж, Хорхе Гомес Муньос де Карракоса. Трое человек занимали две комнаты. Они могли бы чувствовать себя вполне комфортно, если бы окна не были заделаны ставнями, сквозь которые не могли проникнуть ни свет, ни воздух. Этим троим нельзя было никуда выходить. Из-за этого в комнате стояло зловоние, и очень скоро архиепископ тяжело заболел и был недалек от смерти. Врач, которого пустили к больному, сказал, что следует время от времени открывать окна, но Высший совет запретил это делать, разрешив лишь слегка приоткрыть дверную решетку и поставив снаружи стражу. Обвинение представлял один из инквизиторов Вальядолида Диего Гонсалес, личность весьма одиозная. Он был в восторге оттого, что человек, занимавший такое положение, попал в беду. Он специально неправильно истолковывал действия Каррансы в своих отчетах.
