Третий поход Алексея Михайловича, на Ригу в 1656 году, был настолько тяжелым, что напрочь отбил у него охоту лично участвовать в боевых действиях. Больше царь в походы не ходил, а лишь посылал множество указов и требовал постоянно информировать его обо всём происходившем на фронте. Война со Швецией закончилась в 1658 году подписанием мира на прежних условиях крайне невыгодного для России Столбовского договора 1617 года, лишившего ее выхода к морю. 24 октября 1656 года военные действия против поляков были прерваны перемирием, которое было необходимо как полякам, так и русским, вынужденным воевать на два фронта — и даже на три, если учитывать набеги крымских татар на южные рубежи, учащавшиеся, как только Засечная черта ослабевала из-за ухода русских частей на запад. Чтобы склонить Алексея Михайловича к перемирию, польские дипломаты прибегли к испытанному средству — пообещали избрать его своим королем после смерти Яна Казимира. Это предложение, естественно, очень льстило царю, при его тщеславии и любви к государеву чину; но, вероятно, Алексей Михайлович не очень-то поверил в польские «басни». Из его комментариев по поводу действий поляков и шведов видно, насколько возмужал государь и набрался военного, политического да и просто житейского опыта. В частности, он хорошо понимал, что шведы сильно испугались продвижения русских на запад и именно этот испуг, а не те резоны, которые высказывали дипломаты, двигал ими. Он не принимал слова иностранных послов за чистую монету. В результате война с Польшей продолжалась с переменным успехом до 1667 года, но зато завершилась окончательным присоединением Левобережной Украины и Киева.
Об участии Алексея Михайловича в принятии стратегических и политических решений в последние годы русско-польской войны говорят его многочисленные письма. Правда, часто в них содержатся советы сугубо религиозного порядка, как будто их давал не государь, а полковой священник.
В 1659 году после провала поспешного штурма Мстиславля он отправил наказ его руководителю князю Ивану Ивановичу Лобанову-Ростовскому с суровым выговором за сокрытие потерь: «…от нас, Великого государя, неутаимая хотел утаить… От века того не слыхано, чтобы природные холопи Государю своему в ратном деле в находках и потерьках писали неправдою и лгали». Упрекал царь воеводу также за гордыню и самонадеянность: «…вздумал приступать к городу Мстиславлю собою… своею гордостью», понадеявшись на «свое человечество и дородство, кроме Бога, а Божественная писания не воспомянул». Главная вина окольничего заключалась в том, что он не испросил разрешение на штурм от царя! Далее в наказе Алексей Михайлович подробно наставлял полководца, как готовиться к наступлению, и вот тут-то проступает не военная натура царя, а его проповедническая сущность: «В начале тебе достоит внутрь себя прийти и сокрушити сердце свое пред Богом, и восплакать горце в храмине своей тайно»; затем следует вознести молитвы Богу, Богородице и всем святым, чтобы «сотворили молитву ко Господу Богу за вас, воевод, и за всех наших Великого государя ратных людей, во еже помощи вам и спасти вас от всякого вреда… а не на свое высокоумие полагатца!». Еще один совет Тишайшего — «умыть нози святым и странным», поскольку они — наилучшие молитвенники за людей; царь даже называет их «меньшей братией Христовой», «страждущей вправду за нас, Великого государя, не жалея живота своего, на боех и на приступах телом своим обагряются до крови, и не точию до крови, но и до самыя смерти понуждают себя страдати». (Алексей Михайлович неоднократно прибегал к этому способу снискать Божье благоволение. Именно так он поступил при освящении новых садов в Измайлове — приказал в Троице-Сергиевой обители тайно омыть водой ноги больничных старцев и этой водой окропить измайловские сады!) В конце своего наказа царь делает закономерный вывод: «Покаянию, молитве, милостине, страннолюбию не может никакой неприятель сопротив стати: ни агаряне, ни сам адский князь, — все окрест бегают и трепещут!» Победа дается Богом за смирение… К этому тезису царя многие воеводы приноровились и в своих грамотах загодя смиренно предупреждали, что не могут гарантировать победу, ибо как Бог соблаговолит, так и будет.
Еще в 1658 году Алексей Михайлович приказал ввести в войсках новый клич, которым в 1608–1610 годах пользовались защитники Троице-Сергиева монастыря, отстоявшие обитель от поляков. Теперь шедшие в наступление или на штурм солдаты кричали «Сергиев!».
Царь верил, что это поможет победить. «А Нечая… Сергий Чудотворец дважды побил!» — писал он с восторгом князю Ю. А. Долгорукову и среди зимы 1659 года отправился в Троице-Сергиев монастырь лично благодарить святого за помощь.
В том же духе были и другие предложения государя по усилению боеспособности русского войска. Занятые города он хотел переименовать то в Борисоглебск в честь святых воинов-покровителей Бориса и Глеба, то в «Дмитриев царевичев город», поскольку во сне ему явился угличский царевич. В захваченных крепостях он приказывал строить церкви особого посвящения. Так, получив в 1660 году известие о взятии Бреста, Алексей Михайлович распорядился построить там храм в честь Богоявления, поскольку штурм был в канун этого праздника, но затем передумал и повелел освятить главный престол в честь Архистратига Михаила, а придел — в честь священномученика Афанасия Брестского — игумена Брестского Симоновского монастыря Афанасия Филипповича, живьем закопанного поляками 5 сентября 1648 года за верность православию. Однако было бы неправильно думать, что государь не мог или не хотел вникать в суть военного дела; просто вера наполняла всю его жизнь, каждый ее штрих.
Царь Алексей пристально следил за выполнением своих приказов о наступлении или отступлении. Воеводы на своей шкуре почувствовали, что лучше дождаться царского решения, а не лезть на рожон с собственной инициативой, которая могла обернуться провалом. А если полководец не дай бог ослушивался царского приказа, наказание, как правило, было суровым. «Тишайший» монарх не терпел неподчинения, ставя его в грех. То, какие чувства обуревали государя во время подобных столкновений, показывает письменный разнос, учиненный им Григорию Ромодановскому: «…воздаст тебе Господь Бог за твою к нам, великому государю, прямую сатанинскую службу!..и ты дело Божие и наше государево потерял, потеряет тебя самого Господь Бог!..и сам, треокаянный и безславный ненавистник рода христианскаго — для того, что людей не послал, — и нам верный изменник и самого истиннаго сатаны сын и друг диаволов, впадаешь в бездну преисподнюю, из неяже никто не возвращался. Вконец ведаем, завистниче и верный наш непослушниче, как то дело ухищренным и злопронырливым умыслом учинил…»
Справедливости ради следует сказать, что Алексей Михайлович всерьез интересовался и состоянием вооружения своей армии, и налаживанием продовольственного снабжения, и взаимоотношениями между военачальниками — всем, что касалось войны и служилых людей. Царь решил вознаградить участников всех походов и сражений русско-польской войны. Сохранились списки жалованных грамот, переводивших дворянские поместья в статус вотчин, в которых Алексей Михайлович подробно и трепетно излагал причины войны и давал оценку русским победам: «…за те досадительства з Божиею помощию и надеждой християнския Пречистыя Богородицы молитвою, взяв непобедимое оружие — крест Господен, — мы, великий государь… на Полское и Литовское королевство ходили и Смоленск и Вильну и Брест и иные многие городы в Литве и на Белой России поймали». В годы, когда государь не участвовал непосредственно в походах, он разрабатывал конструкцию артиллерийского орудия, о чем свидетельствует его собственноручный чертеж Артиллерия вообще сильно занимала монарха, он уделял изучению этого вопроса массу времени и сил.
