Никона сменил Иоасаф, именно с его помощью продвигавшийся по иерархической лестнице и до избрания патриархом занимавший пост архимандрита Троице-Сергиева монастыря. Он был возведен на святительский престол незадолго до вынесения приговора опальному патрону, и так уж получилось, что в мае 1667 года именно под его председательством прошло заключительное заседание Большого собора, принявшее постановление о преследовании старообрядцев и предании их гражданскому (государственному) суду. Для сторонников старой веры это означало резкое ужесточение наказаний вплоть до смертной казни. Иоасаф пробыл в сане патриарха недолго — до 1672 года и все пять лет верой и правдой служил царским интересам, не проявляя ни инициативы, ни воли, ни тем более упрямства. На время его патриаршества приходится появление большого количества публикаций, разъясняющих постановления Большого собора. В 1667 году вышел «Жезл правления» Симеона Полоцкого, в котором ученый монах упрекал сторонников старой веры в «неразумии», «слепоте зрящих на солнце», а по сути — в отсутствии рационального взгляда на вещи; в том же году было опубликовано «Сказание о соборных деяниях». В следующем году было написано увещевание, разъясняющее решения Большого московского собора, — «Глас к священноначальникам», а также «Выписка от Божиих писаний о благолепном писании икон и обличение на неистово пишущих оные», в которой речь шла в основном о недопустимости изображения святых с двуперстным сложением пальцев десницы. В другие издания того времени (служебник, Триодь постная, Триодь цветная и др.) также вошли отдельные постановления против старообрядцев. Одни грамоты публиковались от имени Иоасафа и церковного собора, другие — от имени трех патриархов: Иоасафа, Паисия и Макария. Известно также воззвание Иоасафа к царю с просьбой о защите Церкви от раскольников.
Следующий патриарх, Иоаким (в миру Иван Савелов), происходил из дворян и начал военную карьеру, но, овдовев в молодости, постригся в монахи. Он довольно быстро восходил по карьерной лестнице: в 1657 году стал строителем Валдайского Иверского монастыря, не побоялся примкнуть к опальному Никону и стать «строителем» Новоиерусалимского монастыря (1661), но вскоре оказался келарем московского Новоспасского монастыря, а затем и архимандритом Чудова в Кремле (1664). В 1672 году он уже митрополит Новгородский, а еще через два года — «милостию Божиею Патриарх царствующего великаго града Москвы и всея России». В его возвышении на первом этапе сыграл роль Никон, а впоследствии — Алексей Михайлович и Артамон Матвеев, поскольку в бытность главой кремлевского монастыря он часто общался и с тем и с другим и произвел на обоих благоприятное впечатление. Иоаким напоминал неукротимого Никона — мог стоять «за правду» до конца, невзирая на лица.
Он пережил двух царей и скончался в 1690 году. С Алексеем Михайловичем у него были сложные отношения. Он не боялся конфликтов и шел напролом: в ноябре 1674 года, уличив протопопа Благовещенского собора Андрея Савинова в прелюбодействе, арестовал его и посадил на цепь. Царь упросил патриарха не доводить дело своего духовника до суда Освященного собора.
С Федором Алексеевичем отношения у Иоакима были уже куда стабильнее, но всё же не его, а опального Никона реформаторы планировали сделать «российским папой». Интерес к судьбе осужденного и сосланного Никона возник у молодого государя под влиянием его тетки-царевны Татьяны Михайловны — та уговорила его осмотреть недостроенный Новый Иерусалим, который произвел на монарха неизгладимое впечатление. Федор начал ездить туда, давать деньги на завершение постройки этого удивительного комплекса.
В ближайшем окружении царя родилась идея противопоставить католическому папе православного, под управлением которого находились бы четыре патриарха, 12 митрополитов и 70 епископов. Эта реформа могла бы стать одной из самых грандиозных в правление Федора Алексеевича. Он обратился к Иоакиму с просьбой вернуть Никона из ссылки, но получил ответ, что патриарх сделать этого не может, поскольку Никон осужден восточными патриархами и Большим церковным собором 1666–1667 годов. Спустя некоторое время монахи Новоиерусалимского Воскресенского монастыря обратились к Федору с челобитной, в которой говорилось о тяжелой болезни Никона. На этот раз Иоаким смилостивился и разрешил перевод больного с севера под Москву, в его любимую обитель. По дороге, в Ярославле, Никон умер 17 августа 1681 года, а вскоре окончил свои дни и молодой государь.
Патриарх Иоаким впоследствии сыграл не последнюю роль и в наречении царем после смерти Федора его единокровного брата Петра в обход старшего брата Ивана в 1682 году, и в событиях августа 1689 года, когда Петр I бежал из Преображенского в Троице-Сергиев монастырь. Сторонники регентши-царевны Софьи не просто желали Иоакиму скорейшей смерти, а даже помышляли об ускорении его кончины, что и было инкриминировано им после свержения Софьи в 1689 году.
Иоаким был у власти 18 лет и за это время успел проявить себя непримиримым борцом с новшествами. Он ненавидел поляков и латинян, не садился обедать за один стол с иноземцами, не обращался за помощью к немецким врачам и запрещал это делать своим людям, называл бритье бороды «еллинским (древнегреческим языческим. — Л.Ч.) блудническим гнусным обычаем» и пр. Видимо, памятуя о конфликте патриарха Никона с царем, Иоаким заявлял, что полностью подчиняется светской власти и делает только то, что «велят начальницы». Однако в церковной сфере он проявлял себя как безусловный самовластец, которому светские начальники не указ. Человек действия, он не только писал сочинения, обличавшие старообрядцев: «О сложении трех перстов» (1677), «Поучение ко всем православным христианам» (1682), «Слово благодарственное об избавлении церкви от отступников» (1683), «Слово против Никиты Пустосвята» (1684) и др., — но и подвергал их суду, и следил за отправкой в ссылку или на казнь. Патриарх контролировал изъятие дониконовских богослужебных книг и различных «тетрадей» раскольничьего толка, распространяемых по Москве, и засылал в старообрядческие центры своих увещевателей.
При Иоакиме 5 июля 1682 года произошел знаменитый спор о вере в Грановитой палате между Никитой Пустосвятом и никонианами. Восставшие 15 мая стрельцы, принудившие пересмотреть вопрос о царской власти в пользу партии Милославских и поставившие рядом с малолетним Петром его единокровных брата Ивана и сестру Софью, подали челобитную с просьбой вернуть дониконовские обряды и книги. Прения о вере были обречены на победу официальной Церкви. Вскоре была написана книга «Увет духовный» (ее также приписывали перу патриарха Иоакима, но, по мнению исследователей, автором был холмогорский архиепископ Афанасий), вышедшая из печати в сентябре традиционным по тем временам тиражом в 1200 экземпляров, в которой подробно излагались реформы Никона и история церковного раскола и давались ответы на все пункты старообрядческой челобитной.
Вторым направлением борьбы патриарха Иоакима была полемика против взявших верх при дворе «латинствующих». Патриарх преследовал всех «еретиков», начиная с Симеона Полоцкого, издававшего свои труды без его цензуры в придворной Верхней типографии, его ученика Сильвестра Медведева, бывшего «строителем» Заиконоспасского монастыря и защитником хлебопоклонной ереси, и заканчивая иноземным мистиком Квирином Кульманом. Но если немец в 1689 году был сожжен на Красной площади, то белорус Симеон Полоцкий при жизни наказания не понес, так как за его спиной стоял его выученик царь Федор Алексеевич. Однако после смерти монарха все сочинения Симеона были преданы анафеме и запрещены. Сильвестр Медведев посмел оспаривать православный греческий обряд пресуществления Святых Даров и навязывать католический вариант осмысления таинства евхаристии. Сначала Сильвестр Медведев, вошедший в ближайшее окружение царевны Софьи, был выдвинут на роль учителя царевича Петра, но патриарх добился назначения на эту должность Никиты Зотова; затем Медведева уже начали прочить в патриархи при живом Иоакиме. После падения партии царевны Софьи патриарх добился опалы Медведева: на церковном соборе 1690 года он был обвинен в «хлебопоклонной ереси», а 11 февраля 1691 года обезглавлен.
