Большая Золотая палата интересна исключительно своей замечательной росписью, созданной после пожара 1547 года при непосредственном участии благовещенского попа Сильвестра, автора «Домостроя» и члена Избранной рады молодого Ивана Грозного. Поскольку фрески были крайне необычны для русского глаза, привыкшего к единообразию и повторению известных византийских образцов, то дьяк Иван Висковатый возмутился: «В палате царской притчи писаны не по подобию: написан образ Спасов, да туто же близко него написана жонка, спустя рукава кабы пляшет, а подписано под нею “блужение”, а иное “ревность”, и иные глумления». Дьяку, конечно, дали понять, что критиковать изображения — не его дело («Смотри, свитки свои не растеряй!»), но всё же устроили церковный собор, на котором митрополит Макарий разъяснил, что псковские художники изобразили «приточне (притчами, то есть иносказательно. — Л.Ч.) Спасово человеколюбие, еже о нас ради покаяния». Далее подробно описывались аллегории: «…на средине Спас на херувимех, а подпись: “Премудрость. Иисус Христос”. С правые страны у Спаса дверь, а пишет на ней 1) мужество, 2) разум, 3) чистота, 4) правда. А с левые страны у Спаса же другая, а пишет на ней: 1) блужение, 2) безумие, 3) нечистота, 4) неправда. А меж дверей высподи диавол седмиглавный, а стоит над ним Жизнь, а держит светильник в правой руке, а в левой копие, а над тем стоит ангел, дух страха Божия…» Таким же образом в актах церковного собора рассказано и обо всех остальных сюжетах фресок, изображавших «земное основание и море», воды и твердь, солнце и четыре ветра, «годовое колесо», по обе стороны от которого были опять-таки помещены притчи: справа — «Любовь да стрелец да волк», а слева — «Зависть, а от нее слово к зайцу: “зависть лют вред, от того бо начен и прискочи братоубийц”, а Зависть себе пронзе мечем, да Смерть». Немудрено, что у Висковатого при виде этих росписей с непривычки голова пошла кругом — да, наверное, и не у него одного. А вот царь Алексей Михайлович их очень любил ив 1672 году потребовал, чтобы было сделано точное описание с перечнем всех деталей изображений и воспроизведением подписей.
Малая Золотая (Царицына) палата, где также бывали торжественные приемы, вторила Большой — правда, на «женский лад». Она тоже была украшена росписями на библейские и исторические сюжеты, но посвящены они были в основном царицам: обретение Животворящего Креста Господня равноапостольной Еленой, подвиги византийских цариц Ирины, Феодоры и Софьи, крещение княгини Ольги, эпизоды повести об иверской царице Динаре и т. п. Эти фрески по золотому фону были выполнены еще в 1580 году для царицы Ирины Федоровны (в девичестве Годуновой).
При Алексее Михайловиче не случилось крупной перестройки дворца, как при его предшественнике и преемнике, зато были внесены существенные и яркие новации в его украшение. Возможно, не случайно первой постройкой, возведенной в Московском Кремле по приказу семнадцатилетнего царя, стали Потешные хоромы, срубленные дворцовым плотником Васькой Романовым. В дальнейшем государь указал отремонтировать одну из дворцовых палат, в которую поместил Аптекарский приказ и придворную аптеку. В 1661 году вместо старой Столовой избы была создана новая, украшенная росписью на потолочной подволоке. Это была замечательная картина, написанная масляными красками по полотну в 1662 году по «вымыслу» инженера полковника 1устава Декенпина и представлявшая, по описанию австрийца Адольфа Лизека, видевшего ее в 1675 году, «звездотечное небесное движение, двенадцать месяцев и беги небесные»: «…на потолке изображены небесные светила ночи, блуждающие кометы и неподвижные звезды, с астрономическою точностию. Каждое тело имело свою сферу, с надлежащим уклонением от эклиптики; расстояние двенадцати знаков небесных так точно размерено, что даже пути планет были означены золотыми тропиками и такими же колюрами равноденствия и поворота солнца к весне и осени, зиме и лету». Роспись настолько поражала современников, в особенности царских детей и родню, что «беги небесные» были пять раз повторены в покоях царевичей и царевен, деревянном дворце в Коломенском, а кроме того — на бумаге, чтобы обучать началам астрономии маленького царевича Петра Алексеевича.
Новые Постельные (Покоевые) хоромы Алексея Михайловича были выстроены в 1674 году. Они включали в себя передние теплые сени, приемную, кабинет («Комнату»), Крестовую палату (молельню) и спальню, именуемую также «постельной», «ложницей» или «опочивальней». В трех комнатах царь указал написать на плафонах библейские притчи: о пророках Ионе и Моисея и о Есфири (судя по всему, он имел особое пристрастие к этим сюжетам, в особенности к истории Есфири, которая неоднократно исполнялась на сцене придворного театра).
Другой новацией Алексея Михайловича стала обивка стен и дверей «фряжскими листами» (западноевропейскими гравюрами) и тисненой кожей. Так, в 1666 году двери в царский кабинет (Комнату) были обиты золоченой кожей с выдавленными на ней изображениями цветов, трав, птиц и зверей. Это новшество приглянулось всем членам царского семейства; в 1681 году Федор Алексеевич захотел, чтобы комнаты и сени его новых покоев были покрыты подобными кожами, а позднее царевна Софья решила не отставать от отца и брата.
После русско-польской войны в царских покоях появилась мебель «на польское дело» (по польским образцам), а деревянную резьбу во внутреннем убранстве дворца и на домашней утвари стали делать не плоской, а объемной, в немецком барочном стиле.
По указанию Алексея Михайловича было построено новое каменное здание Посольского приказа напротив Архангельского собора; над его входом поместили глобус, что было весьма необычно, но, видимо, отвечало вкусам государя и его окружения. После смерти царя Алексея в Посольский приказ по указанию его преемника Федора были переданы три иконы из кабинета отца — Христа, Богоматери и Иоанна Предтечи.
Помимо больших палат во дворце была еще масса помещений поменьше, предназначенных для самых разных целей. Так, к паперти Благовещенского собора примыкала Панихидная (Сборная) палата, в которой проводились поминальные «столы». За ней следовала Ответная посольская палата, предназначенная для переговоров с иностранными дипломатами. В Ответной палате, как и в Грановитой, была сделана тайная каморка с окном, чтобы царь мог наблюдать за переговорами, не обнаруживая своего присутствия.
Среди важнейших дворцовых строений следует также назвать Казенный двор, где держали золото и серебро, по большей части в виде посуды; драгоценные предметы, подаренные иноземными послами; дорогие, затканные золотом и серебром или шелковые ткани; запас соболиных и других мехов. Здесь же находилась Образовал, или Иконная палата с множеством икон, крестов, ковчегов и других предметов церковной утвари. Всё, что приберегалось на Казенном дворе, использовалось в царском обиходе во время пиров или царских выходов, а также предназначалось для подарков. Поэтому Казенный двор тщательно стерегли стрельцы, как и Оружейную палату, в нескольких помещениях которой хранились мушкеты, пистоли, карабины, шпаги, панцыри, латы, шишаки, стрелы, «государевы оправные сабли» и другое оружие, а также краски для иконного дела, ртуть, ящик с деньгами, приходные и расходные книги. Сам государь постоянно контролировал состояние этих хранилищ. Однажды в 1627 году «за полтора часа до света» Михаил Федорович прислал грамоту о срочном опечатывании государственной печатью Оружейной и Иконной палат из-за внезапной кончины подьячего, отвечавшего за их сохранность. Из ответа, присланного царю, мы знаем, что в Оружейной палате были две железные двери: первые запечатывались главой приказа князем Борисом Александровичем Репниным, вторые закрывались на ключ, хранившийся у него же.