27 апреля эскадра подошла к Анапе и стала на якорь. На следующий день фрегат «Воин» снялся с якоря и направился к берегу с целью вызвать огонь турецких батарей и засечь их расположение. Около 17 часов одна из батарей открыла сильный огонь, но была быстро сбита артиллерией «Воина». Из-за маловетрия эскадра в этот день стояла на якоре. 29 апреля десант, высаженный с эскадры при поддержке огнем линейного корабля «Варахаил» и фрегата «Воин», взял крепость. Русскими взято было 98 орудий со снарядами и на рейде два небольших судна. Потери составили: убиты 1 офицер и 6 нижних чинов, ранены 11 нижних чинов. Потери турок около 100 человек. И.И. де Траверсе на бриге «Диана» ушел в Феодосию.
Крепость Анапа была разрушена: пушки, оружие, годные снаряды и материалы были погружены на суда эскадры, все, что нельзя было погрузить, было испорчено, сброшено в колодцы и засыпано землей. 6 мая эскадра ушла от Анапы и 12 мая бросила якорь на Севастопольском рейде.
В конце мая С.А. Пустошкин с эскадрой (4 линейных корабля, 5 фрегатов, 5 канонерских лодок, 2 бомбардирские лодки, 6 мелких судов и 8 наемных транспортов с 2,5 тыс. чел. десанта) был отправлен в Трапезунд с целью овладеть городом и, укрепившись в нем, установить связь с главнокомандующим кавказским корпусом графом И.В. Гудовичем. По словам находившегося в Трапезунде нашего консула, овладение городом не могло представить трудности по малочисленности находящихся там войск и еще потому, что местное немусульманское население было очень недовольно вновь присланным пашой и готово содействовать русским.
Подойдя 6 июня к Трапезунду, С.А. Пустошкин после неудавшейся попытки вступить в переговоры с местными властями действовал крайне нерешительно. Эскадра бомбардировала Трапезунд и соседний с ним город Платану, но попытка высадить десант не удалась. Было взято одно купеческое судно и потоплено другое. Между тем засвежевший северо-западный ветер со шквалами мешал успешному действию артиллерии, а грунт рейда оказался до того нехорош, что якоря не держали, и суда дрейфовали. Такая опасная якорная стоянка и недостаток пресной воды заставили эскадру перейти в Феодосию, а затем 10 июля возвратиться в Севастополь.
Этой неудачной экспедицией начальник ее С.А. Пустошкин навлек на себя «особенное неудовольствие» начальства и, как видно по дальнейшей его службе, лишился доверия, которым до того времени пользовался.
В 1807 году Черноморский флот не встречался с турецким флотом, действовавшим против эскадры Д.Н. Сенявина у Дарданелл.
25 июня 1807 г был заключен Тильзитский мир между Россией и Францией. Турция лишилась своего могущественного союзника. Успешные действия эскадры Д.Н. Сенявина и Дунайской армии вынудили Турцию вступить в переговоры с Россией. 12 августа в Слободзее между Россией и Турцией было заключено перемирие с августа 1807 по март 1808 года, в действительности продолжавшееся, по политическим обстоятельствам, еще целый год. Военные действия возобновились только весной 1809 года, когда Турция, заключившая союзный трактат с Англией, в надежде на значительную ее помощь, получила полную уверенность в успехе. Но надежды эти не оправдались.
Несмотря на перемирие, с ранней весны 1808 г. Черноморский корабельный флот, под начальством контр-адмирала И.Л. Трескина, находился в готовности к выходу в море, и главному командиру маркизу И.И. де Траверсе было дано министром право «распоряжаться движением флота по востребованию надобности». Флот пополнился тремя судами, построенными в Херсоне — 74-пушечные линейные корабли «Анапа» и «Мария» и 36-пушечный фрегат «Лилия».
Мирная деятельность флота ограничивалась тем, что в продолжение всего лета команды судов обучались управлению парусами и действию артиллерией, а на Севастопольском рейде стояли в готовности линейный корабль и фрегат, сменявшиеся через две недели; отряды мелких судов также по очереди высылались в крейсерство к Сулинским гирлам Дуная.
После возобновления в 1809 году военных действий, в Севастополе, под начальством того же контр-адмирала И.Л. Трескина, в полной готовности к выходу в море находилось 7 линейных кораблей, 7 фрегатов и 8 мелких судов (3 брига, 1 шхуна, 1 требака и 3 брандера). В ожидании нападения турецко-английского флота укреплялись наиболее нуждавшиеся в защите порты, особенно Севастополь. Для защиты Одессы были отправлены 5 канонерских лодок, а к Очакову — 10 лодок и 3 плавучие батареи. Отряды же из фрегатов и мелких судов посменно крейсировали близ устьев Дуная.
Для занятия уже успевшей отстроиться крепости Анапы был направлен отряд под начальством капитан-лейтенанта А.И. Перхурова (линейные корабли «Варахаил» и «Победа», фрегаты «Лилия» и «Назарет», бомбардирское судно «Евлампий», военный 26-пушечный транспорт и требака) с десантом в 1170 человек. 15 июня крепость была обстреляна, после чего занята без сопротивления. Оставив в крепости русский гарнизон, отряд 23 июня вернулся в Севастополь.
Получив сведения о занятии нашими войсками приморских городов Кюстенджи и Мангалии, к румелийскому берегу 22 сентября 1809 г. был направлен отряд — фрегаты «Назарет», «Лилия», «Воин» и бриг «Алексей» под командованием капитан-лейтенанта С.И. Стулли, которому предписывалось «прикрывать берега, занятые нашими войсками, наносить по всей возможности вред неприятелям, истреблять их суда и распространять страх на них около самой Варны». Но, к сожалению, энергичная деятельность ограничилась только предписанием. Небольшой русский отряд не мог выполнить поставленную задачу. Увидев турецкую эскадру из 33 вымпелов (1 корабль, 2 фрегата, 1 корвет и 29 мелких судов), С.И. Стулли отправил в Севастополь бриг с известием о появлении турок и продолжал держаться около Варны, где 3 октября встретил неприятельский отряд из 5 кораблей, в числе которых было два 100-пушечных. Но турки почему-то на наши суда не обратили внимания и к вечеру скрылись из вида.
Один только 36-пушечный фрегат «Назарет», входивший в отряд С.И. Стулли, не разобрав поднятого флагманом сигнала о повороте, отделился от отряда и с рассветом 4 октября оказался среди неприятельских судов. Два корабля (один из них 100-пушечный), пройдя с подветренной стороны фрегата, сделали по нему несколько выстрелов, но, не продолжая боя, дали ему возможность удалиться. В донесении командира фрегата «Назарет» лейтенанта П.И. Ланге этот случай представлен таким подвигом, каким впоследствии прославился бриг «Меркурий». На самом же деле раскрытые следствием подробности этого случая доказали растерянность командира и готовность его сдаться неприятелю, отсутствие на фрегате должной дисциплины, ссоры и интриги, бывшие между П.И. Ланге, начальником отряда С.И. Стулли и также между офицерами фрегата. После разбора дела генерал-аудиториат присудил командира фрегата и четырех офицеров разжаловать в матросы, но впоследствии офицеры были помилованы и разжалован только один командир.
На помощь отряду С.И. Стулли из Севастополя 9 октября вышли два линейных корабля «Анапа» и «Правый» и требака «Константин». Прибыв 16 октября к Варне, они не обнаружили ни турок, ни первого отряда и 26 октября возвратились в Севастополь.
Дело затянулось, из Севастополя 23 октября был послан к Варне еще отряд под командованием капитана 1-го ранга П.М. Макшеева (линейные корабли «Ратный» и «Мария», фрегаты «Воин» и «Лилия», бриги «Алексей» и «Елизавета», шхуна «Экспедицион»). Обнаружив в Варне 6 турецких линейных кораблей, П.М. Макшеев не решился атаковать сильнейшую турецкую эскадру, ушел к Одессе, а затем вернулся в Севастополь.
