Выгодное военно-географическое положение Моонзундских островов определяет их значение для обороны входов в Финский и Рижский заливы и обеспечения активных действий в Балтийском море. Поэтому после начала Первой мировой войны Моонзунд использовался как район базирования миноносцев и подводных лодок. Именно здесь, в Моонзунде и Рижском заливе, развернулись самые ожесточенные бои между русским и германским флотами в годы Первой мировой войны.
Командованием КБФ район Моонзундских островов предполагалось использовать как базу для легких сил флота, он был удобен для базирования кораблей до крейсеров включительно. С этой целью в Рохукюля было начато строительство маневренной базы. В феврале 1941 г. был произведен промер и обвеховывание Моонзунда и написано наставление для плавания проливами Соэла-Вяйн и Муху-Вяйн, а также намечены дноуглубительные работы. В качестве маневренных баз могли быть использованы также порты Пярну и Курессааре. Силы, базирующиеся на порты Моонзундского архипелага и Рижского залива, могли выходить в Балтийское море через проливы Ирбенский и Соэла-Вяйн.
Однако до начала войны ничего сделано не было. Если бы часть средств, вложенных в Либаву и Ригу, были направлена в Моонзунд, события в Рижском заливе могли развиваться по другому сценарию.
Береговая оборона Моонзундских островов и Рижского залива строилась с расчетом на взаимодействие с береговой обороной военно-морских баз Ханко и Либава и прикрытие минных рубежей в устье Финского залива и в Ирбенском проливе.
Строительство батарей на Моонзундских островах началось с весны 1940 г. и было рассчитано до 1944 г. и шло усиленными темпами. Так, например, 180-мм башенная батарея на полуострове Сырве (мыс Церель), защищавшая вход в Ирбенский пролив, была построена менее чем за год.
Вся береговая оборона Моонзундских островов и острова Осмуссар входила в одно соединение — Береговую оборону Балтийского района (БОБР).
За полтора года КБФ сумел создать значительную по силе систему береговой обороны в устье Финского залива, на Моонзундских островах и в Ирбенском проливе.
Предполагалось также в 1942 г. на островах Сааремаа и Хиума оборудовать аэродромы для базирования торпедоносной, бомбардировочной и истребительной авиации. Выгодное стратегическое расположение островов на театре позволяло тяжелой минно-торпедной авиации действовать с их аэродромов на всем Балтийском море вплоть до проливной зоны. К началу войны строительство аэродромов находилось в полном разгаре.
Сухопутная оборона островов периодически переходила из ведения НКВМФ в ведение НКО. Такое неопределенное положение мешало созданию обороны, вносило неясность в вопросы управления и организации взаимодействия. С декабря 1940 г. оборона островов Хиума и Вормси была возложена на Ленинградский военный округ, а Сааремаа и Муху — на Прибалтийский. К строительству инженерных сооружений на островах части Красной Армии приступили только в мае 1941 г.
Ожидая нападения немецких надводных кораблей на Либаву и побережье, с утра 22 июня на подходах к базе были развернуты на позициях четыре подводные лодки: М-79, М-81, М-83 и Л-3, к Клайпеде была выслана С-4. Для действий в южной и средней частях Балтийского моря 23 июня были направлены подводные лодки С-6, С-10, Щ-309, Щ-310 и Щ-311.
В Ирбенском проливе были выставлены два дозора. К западу от линии полуостров Сырве — маяк Овиши несла дозор подводная лодка С-7, к востоку от этой линии — эсминец «Грозящий».
В 14 часов 22 июня была начата постановка мин у Либавы, БТЩ «Фугас» поставил в 10 милях к западу от Либавы 206 мин.
Военно-морская база Либава (командир — капитан 1 ранга М.С. Клевенский), расположенная близко от границы, первая приняла на себя удар немецко-фашистских войск. Приморская группировка войск противника — усиленная 291-я дивизия, имеющая в своем распоряжении значительное количество артиллерии и танков и поддерживаемая авиационной группой, наступавшая из района Клайпеды вдоль побережья на Либаву, около 8 часов заняла Палангу и к 12 часам 22 июня подошла к Руцава (40 км к югу от Либавы), где занимала оборону 67-я стрелковая дивизия. На этом рубеже все атаки были отбиты и продвижение его на север было остановлено. Ночью противник пытался прорваться в город с юго-востока, но был отбит.
Ввиду того что противник подошел к Либаве, командующий флотом вечером 22 июня приказал командиру Либавской ВМБ все корабли, не участвовавшие в боевых действиях, направить в порты Рижского залива. До 24 июня в Усть-Двинск и Пярну были отправлены шесть подводных лодок, пять транспортов и танкер «Железнодорожник», загруженный топливом. В Виндаву ушел БТЩ «Фугас». Переходы транспортов и боевых кораблей из-за отсутствия сил охранения совершались в одиночку без охранения. Подводные лодки С-3 и М-78 на переходе погибли. В Ригу ушла 18-я отдельная железнодорожная батарея.
Потерпев неудачу на южных подступах к Либаве, немецко-фашистские войска начали обходить город с востока и к вечеру 23 июня перерезали железную дорогу Либава — Рига.
Значительные потери в личном составе вынудили командира 67-й стрелковой дивизии сократить фронт обороны и отступить к городу, заняв внутренний рубеж обороны. Таким образом, 24 июня гарнизон Либавы оказался отрезанным от своих войск, но продолжал героически защищать город и базу.
Из состава гарнизона ВМБ были сформированы отряды моряков, которые приняли участие в боях за город. 24 июня отряды моряков несколько раз контратаковали противника в районе Гробиня. Эсминец «Ленин», подводные лодки С-1, М-71, М-80, «Ронис», «Спидола» стояли в ремонте на заводе «Тосмаре». Корабли не могли выйти в море. 24 июня около 18.00 противник начал атаку на восточном участке фронта, наши войска стали отходить к заводу «Тосмаре», возникла угроза захвата кораблей. Тогда командир «Ленина» капитан-лейтенант Ю.М. Афанасьев, как старший группы ремонтирующихся кораблей, приказал взорвать эсминец и подводные лодки. На них подняли сигнал «Погибаю, но не сдаюсь!». В ночь на 25 июня корабли были подорваны. Их экипажи влились в ряды защитников Либавы. Впоследствии за этот приказ, отданный без согласования с командиром базы М.С. Клевенским, Ю.М. Афанасьева расстреляли, обвинив в паникерстве.
С приближением противника к городу 24 июня в бой вступили 130-мм батареи береговой обороны. Батарея № 27, расположенная южнее Либавы, открыла огонь по колонне танков в районе хутора Бернати и уничтожила несколько машин, батарея № 23, расположенная севернее Либавы, вела огонь по скоплению танков и пехоты противника в районе Гробиня.
Береговые батареи сильно мешали продвижению противника, поэтому немцы неоднократно подвергали их ударам с воздуха. Батареи имели лишь по одному комплекту боезапаса (1300 снарядов), и к 26 июня на них оставалось по 10 снарядов на пушку, на зенитных батареях — 30 % боезапаса.
Вечером 26 июня командиры 67-й дивизии и Либавской ВМБ на основании приказов приняли решение на совместный отход на Виндаву. 27 июня в 2.30 береговые батареи, расстреляв боезапас, были взорваны, а в 3.00 начался прорыв защитников города из Либавы. Последним из порта в 4.00 вышел транспорт «Виениба» с семьями военнослужащих и ранеными под конвоем трех торпедных катеров. Между Либавой и Ужавой транспорт и ТКА № 27 были потоплены авиацией противника. На шлюпке спаслось 25 человек, остальные погибли. В этом же районе ТКА № 17 и № 47 выдержали бой с шестью немецкими торпедными катерами. В бою ТКА № 47 получил тяжелые повреждения и оставлен командой. ТКА № 17, на котором находился командир базы М.С. Клевенский со штабом, прорвался на о-в Сааремаа.
