После ухода ОЛСа в Моонзунде были оставлены эсминцы «Сердитый», «Смелый» и «Энгельс». В период борьбы за Рижский залив количество эсминцев и сторожевых кораблей менялось.
2 июля в Моонзунде была организована Прибалтийская военно-морская база, командир — контр-адмирал П.А. Трайнин. В нее вошли: Береговая оборона Балтийского района (БОБР), отряд торпедных катеров, вновь организованная Охрана водного района Моонзунда (ОВР) и военный порт Рохукюля. Командиру базы была также подчинена авиация, базировавшаяся на островах, и оперативно подчинена эскадрилья бомбардировщиков 73-го полка, находившаяся в Пярну. Корабли отряда легких сил, участвовавшие в обороне островов и Рижского залива, были оперативно подчинены командиру базы; подводные лодки — командиру бригады подводных лодок, который должен был копии приказаний лодкам сообщать командиру Прибалтийской базы.
Таким образом, единый командир обороны всего намеченного района, вопреки указаниям наркома, так и не был определен. Это явилось одним из основных недостатков в обороне Рижского залива.
В состав ОВРа Моонзунда вошли четыре малых охотника за подводными лодками, дивизион катеров-тральщиков типа «Р» (шесть катеров), отряд сторожевых катеров типа «КМ» (шесть катеров), «ТЩ-297» («Вирсайтис»), два буксира, транспорт «Космос» и Охраны рейдов Рохукюля, Триги, Кярда и Куйвасту.
Условия базирования в Моонзунде оказались значительно хуже, чем в Усть-Двинске: не было складов, запаса топлива, мастерских даже для элементарного ремонта кораблей и катеров, рейды не были защищены ни с моря, ни с воздуха.
4 июля начальник штаба флота приказал командиру Прибалтийской ВМБ в случае отхода 8-й армии на восток перенести базу на остров Сааремаа. В тот же день из Пярну на восточные аэродромы перелетел 73-й авиационный полк.
Около 4 часов 5 июля контр-адмирал П.А. Трайнин получил от командующего флотом приказание немедленно приступить к вывозу на Сааремаа и Хиума всего имущества, которое может быть использовано для усиления обороны островов. Все остальное, что не удастся вывезти, предписывалось уничтожить в последний момент, сообразуясь с обстановкой. Командир Прибалтийской базы, не имея связи с армейским командованием и не уточнив обстановки, решил отойти на острова. К 9 июля из Рохукюля было вывезено все имущество и снаряжение, а 30 т бензина и четыре вагона мин при отходе были уничтожены.
Был оставлен и полуостров Виртсу, имевший важное значение для обороны Моонзундских островов. На Виртсу проходила железная дорога, по которой шло снабжение Моонзундских островов и кораблей. Между Виртсу и островом Муху расположен рейд Куйвасту и проходит фарватер пролива Вире-Курк, связывающий Моонзунд с Рижским заливом. Командующий Прибалтийской ВМБ П.А. Трайнин со своим штабом перешел на эсминец «Грозящий».
8 июля ценное имущество с Виртсу было эвакуировано на Муху, а железнодорожные линии и подвижной состав были уничтожены. В тот же день основные силы 217-й пехотной дивизии противника, захватив Пярну, продолжали наступление вдоль железной дороги Пярну — Таллин. Отдельные отряды моторизованной пехоты противника вели наступление вдоль побережья в направлении Виртсу и Хапсалу. 10 июля немцам удалось прорваться в район Виртсу и обстрелять остров Муху и наши катера и буксиры, стоявшие на рейде.
После оставления Рохукюля Прибалтийская военно-морская база решением Военного совета от 10 июля, просуществовав на новом месте всего 8 суток, была расформирована.
Военный совет флота приказал коменданту БОБРа генералу А.Б. Елисееву и командиру OЛCa В.П. Дрозду организовать высадку десанта, поддержать его артиллерией с берега и кораблей, авиацией, выбить противника с Виртсу и удерживать пристань. На рассвете 18 июля после небольшой артиллерийской подготовки с эсминцев и береговой батареи № 43 десант был высажен, разбил противника и отбросил его на 50 км к Пярну.
Во второй половине июля был восстановлен военный порт Рохукюля, который снабжал базировавшиеся в Моонзунде корабли и части, располагавшиеся на островах.
Вся ответственность за оборону Моонзундских островов и Рижского залива возлагалась на коменданта БОБРа генерал-майора А.Б. Елисеева, в распоряжение которого были переданы силы, ранее входившие в состав Прибалтийской базы. Два сторожевых корабля и три эсминца отряда легких сил, ранее только взаимодействовавшие с Прибалтийской базой, перешли в полное подчинение коменданта БОБРа.
На силы, объединенные решением Военного совета под командованием коменданта БОБРа, возлагались следующие задачи:
оборонять Моонзундские острова;
периодическими действиями нарушать морские сообщения противника в Рижском заливе и Ирбенском проливе;
обеспечивать траление, противолодочную оборону и другие виды обороны в своем районе;
обеспечивать выход в Балтийское море и возвращение подводных лодок, которые могли выходить в Балтийское море и возвращаться в свои базы только через Моонзунд и Соэла-Вяйн.
В начале августа на остров Сааремаа был перебазирован 1-й минно-торпедный полк ВВС КБФ, который нанес ряд ударов по Берлину.
До середины июля противник не предпринимал активных действий против островов и кораблей, базировавшихся в Моонзунде. Немецкое командование ограничивалось постановкой минных заграждений севернее острова Хиума, в Соэла-Вяйн и в Ирбенском проливе, блокированием подводными лодками выходов из Финского и Рижского заливов и отдельными бомбардировочными ударами по батареям, аэродрому и кораблям.
Для того чтобы вовремя обнаруживать корабли противника и не допускать их в Моонзунд и Рижский залив, в зоне БОБРа была организована дозорная служба: к западу от Ирбенского пролива находилась на позиции подводная лодка, а восточнее, в самом проливе, в начале войны несли дозор эскадренные миноносцы. Они имели также задачу препятствовать противнику тралить наши минные заграждения. В поддержке дозора находились торпедные катера, эсминцы и 180-мм батарея мыса Сырве.
Дозорные надводные корабли систематически подвергались атакам авиации и нуждались в постоянном прикрытии истребителями, которых катастрофически не хватало. После того как эсминец «Сметливый» был поврежден авиацией, командование флота решило надводные корабли в дозор в Ирбенский пролив не посылать. Вместо них на позиции между мысом Колкасрагс и островом Рухну была выставлена подводная лодка.
Круглосуточные дозоры в проливах Соэла-Вяйн, Хари-Курк и Вире-Курк несли малые охотники, тральщики и вооруженные буксиры. Торпедные катера оказались малопригодными для несения дозорной службы, так как имели недостаточную мореходность.
Управление дозорами в первое время было неудовлетворительным, корабли уходили в дозор, не зная обстановки. Так, командир эсминца «Грозящий», будучи в дозоре, запрашивал: «Есть ли в Ирбене наши корабли и самолеты?» Связь между кораблями дозора, их поддержкой и командованием не была отработана. Донесения дозорных кораблей запаздывали и приходили в штаб через час и более (до 6 часов), поэтому силы поддержки выходили с большим опозданием.
Действия кораблей по нарушению морских сообщений противника в Рижском заливе заставили его активизировать действия против островов и кораблей. С конца июля немецкая авиация начала минирование рейдов и фарватеров Моонзунда и стала наносить систематические бомбо-штурмовые удары по батареям, аэродромам и кораблям. Особенно интенсивным ударам подвергались эскадренные миноносцы. Так, эсминец «Стерегущий» с 12 по 31 июля отразил 54 атаки самолетов, во время которых на него было сброшено 130 бомб.
